Я́я — река в Кемеровской и Томской областях, левый приток Чулыма. Длина — 380 км, площадь водосборного бассейна — 11,7 тыс. км².
Чичкаю́л — река в Томской области, правый приток Чулыма.
Улуюл (Улу-Юл) — река в Томской области России, правый приток Чулыма.
Ке́мчуг — река в Красноярском крае России, правый приток Чулыма.
Малая Еловая — река в России, протекает по Томской области и Красноярском крае, по верховьям реки проходит граница между ними. Устье реки находится в 45 км по левому берегу реки Еловая. Длина реки составляет 205 км.
Бакса — река в России, протекает по Новосибирской и Томской областям. Устье реки находится в 213 км по правому берегу реки Шегарка. Длина реки — 206 км, площадь водосборного бассейна — 4800 км².
Тоя — река в России, протекает в Новосибирской области. Исток находится в Тойском займище на высоте 153 м над уровнем моря, в верховье протекает через озёра Соловьёвское, Бакса, Отоково, Долгое и Круглое. Населённые пункты на реке — Середино, Верх-Тоя и Воробьи. Устье реки находится в 100 км по правому берегу реки Бакса, возле деревни Усть-Тоя. Длина реки составляет 114 км, площадь водосборного бассейна 1830 км².
Берёзовка — река в России, левый приток Чулыма, течёт в Шарыповском районе Красноярского края. Длина — 54 км, площадь бассейна — 710 км². Впадает в Чулым в 1273 км от устья у деревни Ершово.
Большая Юкса — река в Томской области России, левый приток Чулыма. Устье реки находится в 180 км от устья по левому берегу Чулыма. Длина реки составляет 177 км, водосборная площадь — 2670 км². Высота истока — 184 м. Высота устья — 79 м.
Ма́лый Ке́мчуг — река в России, протекает по Красноярскому краю. Устье реки находится в 174 км от устья Кемчуга по правому берегу. Длина реки составляет 238 км, площадь водосборного бассейна — 2480 км². Высота устья — 214 м над уровнем моря.
Итатка — река в России, левый приток Чулыма, течёт в Асиновском и Томском районах Томской области.
Кара-Чумыш — река в Кемеровской области России. Сливаясь с Томь-Чумышом, образует реку Чумыш в 644 км от её устья. Длина реки 173 км. Площадь водосборного бассейна — 970 км². На реке сооружено Кара-Чумышское водохранилище.
Бобровка — река в Ханты-Мансийском АО России. Устье реки находится в 17 км по левому берегу реки Амня. Длина реки составляет 139 км. Площадь водосборного бассейна — 1010 км².
Кандат — река в Красноярском крае России. Устье реки находится в 244 км от устья по правому берегу реки Четь.
Сайга — река в Томской области России, правый приток Чулыма. Устье реки находится в 150 км от устья по правому берегу Чулыма. Протяжённость реки 57 км, площадь бассейна — 388 км². Возле истока расположен посёлок Сайга.
Малая Юкса — река в Томской области России, левый приток Чулыма. Устье реки находится в 211 км от устья по левому берегу Чулыма. Протяжённость реки 82 км, площадь бассейна — 696 км². Возле устья расположено село Копыловка.
Чиндат — река в Томской области России, левый приток Чулыма. Устье реки находится в 6 км от устья по левому берегу протоки Стельмаковская старица, впадающей в Чулым в 753 км от устья. Протяжённость реки 126 км, площадь бассейна — 1360 км².
Большой Улуй — река в Красноярском крае России, правый приток Чулыма. Устье реки находится в 1060 км от устья по правому берегу Чулыма. Протяжённость реки 160 км, площадь бассейна — 2150 км².
Тяжин — река в Кемеровской области России, правый приток Кии. Впадает в Кию справа в 212 км от устья. Длина реки составляет 165 км, площадь бассейна 2150 км².
Аммала — река в Красноярском крае России, левый приток Аммалы. Устье реки находится в 7 км от устья по левому берегу Аммалы. Протяжённость реки 14 км. Высота устья — 268 м.
— исток, 
— устье
