Лихобо́рка — река в Северном и Северо-Восточном административных округах города Москвы, правый приток реки Яузы.
Би́тца — река на юго-западе Москвы и в Московской области, значительный левый приток Пахры, второй по длине и мощности. В верховьях Битцы находятся памятники природы: усадьба «Малое Голубино», «Старый ельник в усадьбе Знаменское-Садки», Знаменский смешанный лес и Знаменская суборь. В долине реки расположены экологические тропы, по которым проходят экскурсии. Купание в реке запрещено.
Городня́ — река на юге Москвы, второй по длине и расходу воды правый приток Москвы-реки в черте города. Образует Царицынские, Борисовские и ряд более мелких прудов.
И́чка — река в Москве и Московской области России, левый приток Яузы. Большая часть водосборного бассейна находится на лесной территории национального парка «Лосиный Остров», поэтому Ичка — одна из самых чистых московских рек. Часть речной долины в 1991 году объявили памятником природы. По состоянию на 2018-й она является ландшафтным заказником «Долина реки Ички» общей площадью 81,4 га. На берегах Ички находились пустошь Свитягина и деревня Малые Мытищи. Левыми притоками реки являются ручьи Каменный и Лось.
Хи́мка — река в Москве и Московской области, левый приток Москвы-реки. По степени техногенной трансформации относится к I классу — сохранилась в открытом русле более чем на 90 %. По величине Химка является четвёртым левым притоком Москвы в черте города, уступая Яузе, Сходне и Нищенке.
Горе́товка — река в Московской области России, правый приток Сходни.
Чёрный ручей — малая река в районе Ивановское Восточного административного округа города Москвы, левый приток Серебрянки. Водоток трансформирован и частично убран в подземный коллектор. Название ручья связано с характером воды — грязной, тёмной от торфа.
Чура — река на юге Москвы. Правый приток Москвы-реки. Длина 7,2 км. Берёт начало вблизи улицы Гарибальди.
Нато́шенка — река на западе Москвы, правый приток реки Сетуни.
Чури́лиха — река на востоке города Москвы, левый приток реки Нищенки. Частично заключена в коллекторы. На реке четыре крупных пруда: Верхний Кузьминский, Нижний Кузьминский, Шибаевский, Люблинский и ряд более мелких. Притоки: Кусковский и Косинский ручьи. Длина — 13,4 км.
Перекопский пруд — пруд в московском районе Зюзино, на территории бывшей одноимённой усадьбы, в XVII веке принадлежавшей боярыне Морозовой. Общая площадь водоёма 0,4 га. Расположен на безымянном притоке Котловки — это один из четырёх прудов бывшего села Зюзина.
Голови́нские пруды — система водоёмов на одноимённом ручье в Головинском районе Северного административного округа Москвы. Состоит из трёх прудов — Верхнего, Малого и Большого, общей площадью около 18 га. Является частью Лихоборской обводнительной системы реки Яузы. Недалеко от Большого Головинского пруда располагается усадьба Михалково.
Я́сный пруд — водоём в районе Южное Медведково Северо-Восточного административного округа Москвы. Расположен к северо-западу от пересечения проездов Ясного и Дежнёва, между домами № 1 и № 5 по Ясному проезду. Водоём устроен на исчезнувшем левом притоке реки Чермянки. Своё название получил от Ясного проезда.
Пруд на Керченской улице находится в районе Зюзино города Москвы вблизи пересечения Керченской улицы с улицей Каховка, между корпусов д.10, вблизи верховьев Нижнего Зюзинского ручья, правого притока Котловки.
Верхний Коломенский пруд — один из двух прудов по левому берегу Коломенского ручья в низовьях Голосова оврага, на территории музея-заповедника Коломенское, район Нагатинский затон, ЮАО, город Москва.
Нижний Коломенский пруд — один из двух прудов по левому берегу Коломенского ручья в низовьях Голосова оврага, на территории музея-заповедника Коломенское, район Нагатинский затон, ЮАО, город Москва.
Коломенский пруд около Аллеи Любви — пруд Москвы, возле улицы Садовая Слобода, на севере территории музея-заповедника Коломенское, район Нагатинский затон, ЮАО, город Москва.
Кровя́нка — водоток в Гагаринском и Донском районах Юго-Западного административного округа Москвы, левый приток Чуры. Речное русло в 1955—1961 годах было частично заключено в подземный коллектор.
Терле́цкие пруды — каскад искусственных водоёмов на реке Серебрянке в районе Ивановское Восточного административного округа города Москвы. Состоит из пяти прудов — Северного, Восточного, Юго-Восточного, Юго-Западного и Западного. Водоёмы расположены на территории Терлецкого лесопарка в бассейне Чёрного ручья. Каскад является памятником природы, вместе с лесопарком входит в состав природно-исторического парка «Измайлово» и является особо охраняемой природной территорией.
Большой Носков ручей (Носко́вка) — малая река в районе Капотня Юго-Восточного административного округа Москвы, левый приток Москвы-реки. Его длина составляет 2 км, в открытом русле — 0,4 км. Площадь водосборного бассейна — 2 км². По состоянию на начало 2018 года заключен в подземный коллектор, верховья засыпаны. Название реки происходит от фамилии Носков.