Внутреннее Японское море (яп. 瀬戸内海 Сэто-Найкай, букв. «Внутреннее море-пролив») — море в составе Тихого океана. На севере и востоке омывает западную часть южного берега острова Хонсю, на юго-западе — берег Кюсю, на юге — берег Сикоку. На западе через пролив Каммон соединяется с Японским морем, с Тихим океаном соединяется через проливы Хаясуи и Бунго на юго-западе, и Кии и Наруто на востоке.
Харима-Нада (яп. 播磨灘) — плёс в восточной части Внутреннего Японского моря.
Мост Сэто (яп. 瀬戸大橋 Сэто о:хаси, «Великий/большой мост через пролив») — мостовой переход через пролив Бисан Внутреннего Японского моря (Сэто-Найкай), соединяющий острова Хонсю и Сикоку, Япония.
Аки-Нада (яп. 安芸灘) — плёс в западной части Внутреннего Японского моря. Расположен между юго-западом префектуры Хиросима и северо-западом префектуры Эхиме. Назван в честь исторической провинции Аки.
Каммо́н (яп. 関門海峡 Каммон кайкё:) — морской пролив, разделяющий японские острова Хонсю и Кюсю. Иногда его называют Анато (яп. 穴戸海峡 Анато кайкё:), Бакан (яп. 馬関海峡 Бакан кайкё:) или Симоносеки (яп. 下之関海峡 Симоносэки кайкё:), а также говорят во множественном числе, упоминая не пролив, а проливы: непосредственно между Хонсю и Кюсю пролив называется Осэто (яп. 大瀬戸 О:сэто), между Хонсю и Хикосимой — Косэто (яп. 小瀬戸 Косэто) или Одо (яп. 小門海峡 Одо кайкё:). Узкое место Осэто шириной до 600 метров называют Хаятомо-но-Сэто (яп. 早鞆の瀬戸 Хаятомо но сэто).
Хамана — солоноватое лагунное озеро на юге центральной части японского острова Хонсю. Располагается на территории префектуры Сидзуока. Относится к бассейну Тихого океана, сообщаясь с ним на юге через пролив шириной 200 м, впадающий в залив (плёс) Энсю-Нада.
Сакаи (яп. 境水道 сакаи-суйдо:) — пролив между полуостровами Симане и Юмигахама на острове Хонсю, соединяет озеро Накауми и Японское море. Старое название пролива — Накаэносето (яп. 中江瀬戸 накаэносэто).
Курусима-Кайкё (яп. 来島海峡 курусима-кайкё:, «пролив Курусима») — пролив между островами Сикоку и Осима, соединяет плёсы Хиути-Нада и Ицуки-Нада Внутреннего Японского моря.
Иё-Нада (яп. 伊予灘 иё-нада) — крупнейшее по площади малое море (бассейн) в составе Внутреннего Японского моря.
Суо-Нада (яп. 周防灘 суо:-нада) — самое западное малое море в составе Внутреннего Японского моря. Отделено от малого моря Иё-Нада воображаемой линией, проведённой между островами Химесима и Иваи-сима.
Хаясуи (яп. 速吸瀬戸 хаясуи-но-сэто), также Хоё-Кайкё (яп. 豊予海峡 хо:ё-кайкё:) — пролив между островами Сикоку и Кюсю, соединяет плёс Иё-Нада Внутреннего Японского моря и пролив Бунго. Ширина пролива — около 16 км, глубина — 300—400 м.
Генкай-Нада (яп. 玄界灘 гэнкай-нада) — море или залив в Японии, часть Корейского пролива между островами Ики и Кюсю.
Амакуса-Нада (яп. 天草灘 амакуса-нада) — море (залив) в составе Восточно-Китайского моря, расположенное в Японии у острова Кюсю, к западу от островов Амакуса (Амакуса-Симодзима).
Бинго-Нада (яп. 備後灘 бинго-нада) — малое море в центральной части Внутреннего Японского моря. Омывает берега префектур Хиросима и Кагава.
Акаси-Кайкё (яп. 明石海峡 акаси-кайкё:) — пролив между островами Авадзи и Хонсю в центральной части Внутреннего Японского моря, соединяет плёс Харима-Нада и Осакский залив.
Сёнай (яп. 荘内半島 сё:най-ханто:), также Мисаки (яп. 三崎半島) — полуостров в Японии на острове Сикоку, на северо-западе префектуры Кагава. Административно относится к городу Митоё.
Симо́сима или Ама́куса-Симо́сима (яп. 下島 симосима, «нижний остров») — остров на юге Японии, в архипелаге Амакуса, расположенный в префектуре Кумамото. Его площадь составляет 571—574,95 км². Население — 71523 человек (2015). Высочайшая точка — гора Кадояма.
Хондоносето (яп. 本渡瀬戸 хондо-сэто) — пролив в Японии между островами Симосима и Камисима у острова Кюсю, соединяет заливы Яцусиро и Ариаке.
Нагасима (яп. 長島 нагасима, «длинный остров») — остров на юге Японии, в архипелаге Амакуса, расположенный в префектуре Кагосима. Его площадь составляет 90,63 км². Население — 8304 человек (2020). Длина береговой линии составляет 82 км. Высочайшая точка — гора Ятаке.
Сёурадзима или Сёура-сима (яп. 諸浦島 сёурадзима) — остров на юге Японии, в архипелаге Амакуса, расположенный в префектуре Кагосима. Его площадь составляет 3,87. Население — 754 человек (2020). Высочайшая точка — 104,1 м.