Котло́вка — река в Юго-Западном административном округе Москвы, третий по величине в городе правый приток Москвы-реки. Частично заключена в подземный коллектор, в открытом русле протекает в среднем течении. По правому берегу Котловки довольно далеко от верховья располагалось село Зюзино, возле устья — село Котёл, а позднее — деревни Верхние- и Нижние Котлы. С 1991 года фрагмент долины Котловки, который примыкает к Коробковскому саду, имеет статус памятника природы регионального значения.
Купание в реке запрещено. Котловка и такие реки, как Яуза, Филька и Пресня, относятся к одним из самых загрязнённых рек Москвы, так как в них многократно превышены предельно допустимые концентрации содержания нефтепродуктов, фенолов, хлоридов и солей тяжёлых металлов.
Ка́менка — река в Северо-Восточном административном округе Москвы, правый приток Яузы. Частично заключена в подземный коллектор. Название Каменка характерно для рек с каменистым руслом. К югу от улицы Академика Комарова по правому берегу реки находился Кашёнкин луг, от которого Каменка получила название Кашенка. Приустьевый участок Каменки является прежним руслом Яузы.
И́чка — река в Москве и Московской области России, левый приток Яузы. Большая часть водосборного бассейна находится на лесной территории национального парка «Лосиный Остров», поэтому Ичка — одна из самых чистых московских рек. Часть речной долины в 1991 году объявили памятником природы. По состоянию на 2018-й она является ландшафтным заказником «Долина реки Ички» общей площадью 81,4 га. На берегах Ички находились пустошь Свитягина и деревня Малые Мытищи. Левыми притоками реки являются ручьи Каменный и Лось.
Ра́чка — малая река в Басманном и Таганском районах Центрального административного округа Москвы, правый приток Яузы и бывший левый приток Москвы-реки. В 1740 году во время разлива Рачка затопила церковь Троицы на Грязех. В 1750-м архитектор Дмитрий Ухтомский подготовил проект заключения реки в коллектор. В 1759 году речное русло канализировали. В XIX веке приустьевую часть коллектора перенаправили в Яузу. По степени техногенной трансформации Рачка относится к IV классу — река заключена в коллектор, поверхностный водоток утрачен.
Белока́менное шоссе́ — шоссе в Восточном административном округе города Москвы на территории района Богородское.
Буда́йка — небольшая река на северо-востоке Москвы, левый приток Яузы. Длина реки — 5,8 км, из них вне коллектора — 4,4 км. Площадь водосборного бассейна составляет по разным оценкам от 6 до 10 км².
Са́ра — ручей в Таганском районе Центрального административного округа Москвы, левый приток Москвы-реки. По степени техногенной трансформации относится к IV классу — поверхностный водоток утрачен, река канализирована более чем на 90%. Ручей с 1912 года протекает в подземном коллекторе.
Казённый ручей — река, протекающая в северо-восточной части Москвы, является правым притоком Богородского верхнего ручья. Длина составляет 2,7 км. Находится на территории в границах Московской кольцевой автомобильной дороги. У водотока есть и закрытый, и открытый участки водной поверхности. Исток и открытое русло проходит по территории природного парка «Лосиный Остров», проходит под Малым кольцом Окружной железной дороги, Яузской аллеей и Первым Белокаменным проездом, потом течёт вдоль Белокаменного шоссе. Постоянное течение есть в 47 квартале. В устье находится пруд. Затем впадает в Богородский ручей. Есть левый приток, в настоящее время запружен.
Крыла́тский руче́й — водоток в районе Крылатское Западного административного округа Москвы, правый приток Москвы-реки на территории ландшафтного заказника «Крылатские холмы». По степени техногенной трансформации относится к III классу — в открытом течении проходит на 10—49 %, речное русло сильно трансформировано. Река протекает в овраге Каменная Клетва, который является самой длинной и крупной по площади овражно-балочной системой «Крылатских холмов».
Тепляко́вский овра́г — ручей на юге Москвы, в районе Чертаново Южное Южного административного округа, правый приток Городни. Частично протекает в подземном коллекторе. Поверхностный водоток сохранился в приустьевом участке на протяжении 500 метров, в верхнем и среднем течении засыпан.
Лиано́зовский ручей — ручей в районе Лианозово города Москвы, правый приток Алтуфьевской речки (Самотёки), частично сохранился в открытом русле.
Горя́чка — река в Останкинском районе Москвы, правый приток Яузы, заключён в коллектор.
Оле́ний руче́й — ручей в парке «Сокольники» города Москвы, правый приток Яузы, частично заключён в коллектор.
Нижний Богоро́дский ручей — малая река в районе Богородское Восточного административного округа города Москвы, левый приток реки Яузы. По состоянию на начало 2018 года заключена в подземный коллектор. Длина реки с временным водотоком в верховьях составляет 1,7 км, площадь водосборного бассейна — 1,5 км².
Е́льницкий руче́й — ручей в Восточном административном округе Москвы, правый приток реки Сосенки. Своё название получил в конце XX века по бывшей Ельницкой пустоши. По состоянию на начало 2018 года нижняя часть русла заключена в подземный коллектор.
Кобы́лий овраг — бывшая малая река в районе Дорогомилово Западного административного округа Москвы, правый приток Москвы-реки. Название происходит от слова «кобыла».
Лео́новский ручей — малая река в районах Свиблово и Ростокино Северо-Восточного административного округа Москвы, левый приток Яузы. Длина реки составляет 2,6 км. Первый гидроним произошёл от села и усадьбы Леоново, второй — от урочища Высково. Леоновским ручьём ошибочно называли реку Будайку и слив с Капустянского пруда. По состоянию на начало 2018 года почти целиком заключён в подземный коллектор.
Ону́чин овра́г — малая река в районе Раменки Западного административного округа Москвы, правый приток Раменки. Своё название получила от антропонима Онуча, который происходит от слова «онучи» — портянки.
Петря́ев овраг — малая река в Москве и Московской области, левый приток Битцы. На территории города заключена в подземный коллектор. Своё название получила от фамилии Петряев или от личного имени Петряй.
Сенько́вский овраг — малая река в районах Чертаново Южное и Чертаново Центральное Южного административного округа Москвы, правый приток Городни. Речное русло заключено в подземный коллектор. Название антропонимическое.
— исток, 
— устье
