Ви́рус — неклеточный инфекционный агент, который может воспроизводиться только внутри клеток. Вирусы поражают все типы организмов, от растений и животных до бактерий и архей. Обнаружены также вирусы, способные реплицироваться только в присутствии других вирусов (вирусы-сателлиты).
Вирусы гриппа — четыре монотипных рода вирусов из семейства ортомиксовирусов (Orthomyxoviridae), представители которых вызывают заболевания у рыб, птиц и млекопитающих, в том числе грипп у человека. В филогенетике образуют кладу.
Ретрови́русы — семейство РНК-содержащих вирусов, заражающих преимущественно позвоночных. Наиболее известный и активно изучаемый представитель — вирус иммунодефицита человека.
Капси́д — внутренняя оболочка вируса, состоящая из белков. Структурной субъединицей капсида является капсомер. Капсид выполняет несколько функций:
- защита генетического материала вируса от механических, физических и химических повреждений. Так, капсид защищает геном вируса от значительных перепадов pH и воздействия нуклеолитических энзимов. От характеристик капсида зависит и устойчивость вируса к воздействию жёсткого излучения и температуры;
- определение потенциала к заражению клетки;
- на начальных стадиях заражения клетки — прикрепление к клеточной мембране, разрыв мембраны и внедрение в клетку генетического материала вируса.
Мимивирус — род вирусов, включающий в себя единственный вид Acanthamoeba polyphaga mimivirus (APMV), хозяевами которого являются амёбы рода Acanthamoeba.
Спу́тник — вирофаг, который способен заражать клетки (амёб) исключительно в присутствии вируса-хозяина, которым может быть мамавирус или другой мимивирус. Спутник также зависит от вируса-хозяина из-за отсутствия некоторых ферментов, ключевых для осуществления его жизненного цикла.
Вирус простого герпеса первого типа (ВПГ-1) или герпесвирус человека тип 1 — вид вирусов семейства герпесвирусов, вызывающий у человека оральный герпес. Является нейротрофным и нейроинвазивным, то есть после заражения мигрирует в нервную систему. Human alphaherpesvirus 1 обычно вызывает простой герпес.
Вирусы имеют как сходства, так и различия с остальными живыми организмами. Одной из черт вирусов, указывающих на их принадлежность к живой материи, является их необходимость репликации и создания потомства. Но, в отличие от других живых организмов, вирус не может выжить сам по себе. Он активируется только тогда, когда реплицируется в хозяйской клетке, используя хозяйские ресурсы и питательные вещества. Когда вирус попал в клетку, его единственной целью является создание множества копий себя, чтобы инфицировать другие клетки. Всё, что он делает, направлено на увеличение приспособленности и числа потомков.
Гигантские вирусы — группа очень крупных вирусов, которые можно рассмотреть под световым микроскопом; по размерам не уступают бактериям, из-за этого сначала были отнесены к грамположительным бактериям. Их геномы чрезвычайно велики и часто содержат гены, кодирующие компоненты синтеза белка, что никогда не наблюдается у остальных вирусов; кроме того, некоторые гены, выявленные у представителей этой группы вирусов, неизвестны ни для каких иных организмов. Большинство гигантских вирусов имеют белковый капсид, характерный для остальных вирусов, однако некоторые гигантские вирусы окружены особым тегументом. Как правило, гигантские вирусы поражают протистов. На некоторых гигантских вирусах паразитируют вирофаги. Считается,[кем?] что для человека гигантские вирусы безвредны, однако появляется[где?] всё больше фактов, свидетельствующих об обратном.
Faustovirus (лат.) — гигантский вирус, который морфологически и генетически близок к двум другим гигантским вирусам, Pacmanvirus и Kaumoebavirus, а также вирусам семейства Asfarviridae. Faustovirus был выделен в 2015 году из протиста Vermamoeba vermiformis.
Все известные на данный момент ви́русы архе́й имеют геномы, представленные ДНК: одноцепочечной или двухцепочечной, кольцевой или линейной. Недавно, однако, в горячих источниках Йеллоустонского национального парка, которые населены почти исключительно видом архей Sulfolobus solfataricus, с помощью метагеномики обнаружили вирусный РНК-геном, отдалённо напоминающий эукариотические РНК-содержащие вирусы, поэтому, возможно, существуют и РНК-содержащие вирусы архей.
Пепломеры — выраженные структуры в виде отростков на липопротеиновой оболочке (суперкапсиде), окружающей вирион.
Duplodnaviria (лат.) — реалм ДНК-содержащих вирусов, по состоянию на 2023 год включающий единственное царство Heunggongvirae. Выделение данного реалма было предложено в 2019 году.
Monodnaviria (лат.) — реалм ДНК-содержащих вирусов. Геном большинства членов реалма представлен кольцевой одноцепочечной ДНК, которая реплицируется по типу катящегося кольца, причём инициация репликации обеспечивается эндонуклеазой из суперсемейства HUH, закодированной в геномах Monodnaviria. В состав реалма также включаются вирусы, произошедшие от «типичных» Monodnaviria и имеющих либо линейный геном, представленный одноцепочечной ДНК, либо геном в виде кольцевой двуцепочечной ДНК.
Varidnaviria (лат.) — реалм ДНК-содержащих вирусов. Общей чертой, объединяющей представителей реалма, является присутствие структурного мотива (укладки), известного как вертикальный jelly roll, в составе мажорного капсидного белка. Молекулы мажорного капсидного белка формируют псевдогексамерные капсомеры. Также вирусы из реалма Varidnaviria обладают такими белками, как минорный капсидный белок с мотивом вертикальный jelly roll, АТФазой, упаковывающей вирусный ДНК-геном в капсид, и собственной ДНК-полимеразой, реплицирующий вирусные геномы.
Вирусовыделение, или высвобождение вируса из клетки-хозяина — выброс и высвобождение потомства вируса после успешного размножения в клетке-хозяине. После того, как репликация была завершена и клетка-хозяин исчерпала все ресурсы при создании вирусного потомства, вирусы могут начинать покидать клетку несколькими способами.
Anelloviridae (лат.) — семейство ДНК-содержащих вирусов неясного систематического положения. Представители семейства инфицируют позвоночных и имеют капсид без оболочки с икосаэдрическим типом симметрии. Геном представлен одноцепочечной молекулой ДНК отрицательной полярности длиной от 2 до 4 тысяч нуклеотидов, замкнутой в кольцо. Репликация происходит по механизму катящегося кольца с участием ДНК-полимеразы клетки-хозяина. В семейство входит примерно 200 видов вирусов.
Alphavirus — род РНК-вирусов, единственный род в семействе Togaviridae. Альфавирусы принадлежат к группе IV Балтиморской классификации вирусов с одноцепочечным геномом (+)РНК. Существует 32 альфавируса, которые заражают различных позвоночных, таких как люди, грызуны, рыбы, птицы и более крупных млекопитающих, таких как лошади, а также беспозвоночных. Альфавирусы, которые могут инфицировать как позвоночных, так и членистоногих, называются альфавирусами с двойным хозяином, в то время как альфавирусы, специфичные для насекомых, такие как вирус Эйлат и вирус Яда-яда, ограничены их компетентным переносчиком из членистоногих. Передача между видами и отдельными особями происходит в основном через комаров, что делает альфавирусы членом коллекции арбовирусов или вирусов, переносимых членистоногими. Частицы альфавируса имеют оболочку диаметром в 70 нм, сферической формы. Нуклеокапсид изометрический 40 нм в диаметре.
Гаммаретровирус — род из семейства ретровирусов. Примерами видов являются вирус лейкемии мышей и вирус лейкемии кошек. Они вызывают различные саркомы, лейкемии и иммунодефициты у млекопитающих, рептилий и птиц.
Ranavirus (лат.) — род вирусов семейства иридовирусы. Естественными хозяевами служат костные рыбы, земноводные и пресмыкающиеся. Известны случаи заражения не менее 175 видов эктотермных позвоночных.
Вирусы