Лендерка — река в России и Финляндии, протекает по территории Муезерского района Республики Карелия.
Айта — река в России, протекает по Муезерскому району Карелии.
Васка или Васкийоки — река в России, протекает по Карелии. Берёт исток из одноименного озера на высоте 222,3 м над уровнем моря. Река является левобережным притоком Койтайоки, впадает в неё на государственной границе. Длина реки составляет 32 км, площадь водосборного бассейна — 143 км².
Долгая — река в России, протекает по Муезерскому району Карелии.
Кескимйоки — река в России, протекает по территории Суоярвского района Карелии. Устье реки находится в 20 км по правому берегу реки Толвайоки. Длина реки составляет 17 км.
Мельничья, Колвас или Килвас — река в России, протекает по территории Муезерского района Карелии, впадает в Лексозеро. Длина реки — 14 км, площадь водосборного бассейна — 524 км². Берёт своё начало из озера Колвас, протекает через озёра: Ченус, Руогосельга, Лавансельга, Талвизлакши, плюс имеет приток, вытекающий из озера Струналампи.
Комариная — река в России, протекает по Муезерскому району Карелии, параллельно проходящей менее чем в 10 км западнее государственной границе. Впадает в озеро Шаверы, через которое протекает река Лендерка. Длина реки составляет 16 км, площадь водосборного бассейна 80,2 км².
Кюно — река в России, протекает по Муезерскому району Карелии. Река берёт начало из озера Редъярви, протекает через озеро Кюно и впадает в озеро Киви, которое через озеро Вожъярви связано с Лексозером. Длина реки составляет 17 км, площадь водосборного бассейна — 220 км².
Мурдойоки — река в России, протекает по Муезерскому району Карелии. Впадает в озеро Минсъярви, соединяющегося с озером Ровкульским, связанного протокой с Большим Ровкульским). Длина реки составляет 41 км, площадь водосборного бассейна 349 км².
- В 12 км от устья, по правому берегу реки впадает река Редунийоки.
- В 1,4 км от устья, по правому берегу реки впадает река Немийоки.
Немийоки — река в России и Финляндии, протекает по Муезерскому району Карелии.
Обжанка — река в России, протекает в Олонецком районе Республики Карелия. Длина реки составляет 26 км. Площадь водосборного бассейна — 230 км².
Ожма — река в России, протекает по Муезерскому району Карелии, менее чем в 5 км от государственной границы.
Омельянйоки — река в России, протекает по Муезерскому району Карелии.
Пе́нинга — река в России, протекает по Муезерскому району Карелии.
Поясйоки — река в России, протекает в Карелии. Впадает в залив Хуосиолахти озера Лапинъярви, свободно сообщающегося с Ала-Виексъярви. Длина реки составляет 6,8 км.
Термант — река в России, протекает по Муезерскому району Карелии. Длина реки составляет 10 км, площадь водосборного бассейна — 46,2 км².
Толвайоки — река в России, протекает по территории Суоярвского района Карелии. Впадает в озеро Виксинселькя, в 1 км к северо-западу от нежилой деревни Меласельки. Длина реки составляет 25 км, площадь водосборного бассейна 479 км².
Юдало — река в России, протекает по Муезерскому району Карелии.
Сула — река в России, протекает в Муезерском районе Карелии Берёт своё начало из Лексозера, протекает через Каргиозеро. На берегу этого озера расположен единственный населённый пункт вблизи реки — Кимоваара. Сула впадает в одноимённое озеро. Длина Сулы составляет 21 км, площадь водосборного бассейна 3760 км².
Дёгра — озеро на территории Ребольского сельского поселения Муезерского района Республики Карелия.