Коро́навирусы — подсемейство вирусов из семейства Coronaviridae, объединяющее оболочечные РНК-содержащие плеоморфные вирусы, вызывающие широкий спектр заболеваний различной тяжести у животных, включая человека. В большинстве случаев коронавирусные инфекции протекают в лёгкой форме, однако в XXI веке происходили вспышки тяжёлых заболеваний, вызываемых бетакоронавирусами MERS-CoV и SARS-CoV, а также SARS-CoV-2. Это вирусы с (+)одноцепочечной РНК-геном и нуклеокапсидом спиральной симметрии. Размер генома коронавирусов варьируется от приблизительно 27 до 34 килобаз, самый большой среди известных РНК-вирусов.
Коронавирусы (лат. Coronaviridae) — семейство РНК-содержащих вирусов, включающее на май 2020 года 45 видов, объединённых в два подсемейства. Поражают млекопитающих, птиц и земноводных. Название связано со строением вируса, шиповидные отростки которого напоминают солнечную корону. Известно 7 коронавирусов, поражающих человека:
- HCoV-229E — альфакоронавирус, впервые выявлен в середине 1960-х годов;
- HCoV-NL63 — альфакоронавирус, возбудитель был выявлен в Нидерландах в 2004 году;
- HCoV-OC43 — бетакоронавирус A, возбудитель выявлен в 1967 году;
- HCoV-HKU1 — бетакоронавирус A, возбудитель обнаружен в Гонконге в 2005 году;
- SARS-CoV-1 — бетакоронавирус B, возбудитель тяжёлого острого респираторного синдрома, первый случай заболевания которым был зарегистрирован в 2002 году;
- MERS-CoV — бетакоронавирус C, возбудитель ближневосточного респираторного синдрома, вспышка которого произошла в 2015 году;
- SARS-CoV-2 — бетакоронавирус B, выявлен во второй половине 2019 года, вызвал пандемию COVID-19, следствием которой стало закрытие границ и введение экстренных мер безопасности.
Реови́русы — семейство сферических вирусов, объединяющих вирусы человека, животных, растений, членистоногих, геном которых состоит из сегментированной двуцепочечной РНК. Реовирусы покрыты двухслойной белковой оболочкой, строение которой варьирует у различных представителей семейства.
Международный комитет по таксономии вирусов — занимается организацией таксономической классификации вирусов. ICTV была разработана универсальная система таксономии для описания всех существующих вирусов. Члены комитета являются признанными мировыми экспертами в области вирусологии. Комитет организован и управляется Отделением Вирусологии International Union of Microbiological Societies. Разделение видов внутри семейств производится отдельными исследовательскими группами, в которых входят эксперты по данным семействам.
Nucleocytoviricota (лат.) — тип вирусов эукариот, относимый к царству Bamfordvirae и включающий классы Megaviricetes и Pokkesviricetes. Также представители типа известны как крупные ядерно-цитоплазматические ДНК-содержащие вирусы или гигантские вирусы, поскольку отличаются очень большими геномами и крупными вирионами, достигающими от 200 нм до 1000 нм в диаметре, и, таким образом, сравнимы по этим параметрам с бактериями.
Миовирусы — нетаксономическая группа бактериофагов класса Caudoviricetes со сходной морфологией. Исторически рассматривалась как семейство. Размножение этих вирусов происходит в клетках бактерий и архей.
Monodnaviria (лат.) — реалм ДНК-содержащих вирусов. Геном большинства членов реалма представлен кольцевой одноцепочечной ДНК, которая реплицируется по типу катящегося кольца, причём инициация репликации обеспечивается эндонуклеазой из суперсемейства HUH, закодированной в геномах Monodnaviria. В состав реалма также включаются вирусы, произошедшие от «типичных» Monodnaviria и имеющих либо линейный геном, представленный одноцепочечной ДНК, либо геном в виде кольцевой двуцепочечной ДНК.
Varidnaviria (лат.) — реалм ДНК-содержащих вирусов. Общей чертой, объединяющей представителей реалма, является присутствие структурного мотива (укладки), известного как вертикальный jelly roll, в составе мажорного капсидного белка. Молекулы мажорного капсидного белка формируют псевдогексамерные капсомеры. Также вирусы из реалма Varidnaviria обладают такими белками, как минорный капсидный белок с мотивом вертикальный jelly roll, АТФазой, упаковывающей вирусный ДНК-геном в капсид, и собственной ДНК-полимеразой, реплицирующий вирусные геномы.
Adnaviria (лат.) — реалм ДНК-содержащих вирусов, на июль 2020 года включающий единственный класс Tokiviricetes.
Zobellviridae — семейство преимущественно морских бактериофагов с подовирусной морфологией.
Anelloviridae (лат.) — семейство ДНК-содержащих вирусов неясного систематического положения. Представители семейства инфицируют позвоночных и имеют капсид без оболочки с икосаэдрическим типом симметрии. Геном представлен одноцепочечной молекулой ДНК отрицательной полярности длиной от 2 до 4 тысяч нуклеотидов, замкнутой в кольцо. Репликация происходит по механизму катящегося кольца с участием ДНК-полимеразы клетки-хозяина. В семейство входит примерно 200 видов вирусов.
Finnlakeviridae (лат.) — семейство ДНК-содержащих бактериофагов неясного систематического положения. По состоянию на 2022 год в семейство входит единственный род Finnlakevirus, представленный единственным видом Flavobacterium phage FLiP. Этот вирус был описан в 2010 году и стал первым известным вирусом с геномом в виде одноцепочечной ДНК (оцДНК), который имеет внутреннюю мембрану. Длина генома Finnlakevirus составляет около 9,2 тысяч нуклеотидов. По геномной последовательности Finnlakevirus не демонстрирует сходства с какими-либо другими описанными вирусами.
В вирусологии реалм — это высший таксономический ранг, созданный для вирусов Международным комитетом по таксономии вирусов, который курирует работу над таксономией вирусов. Примерно соответствует рангу домена клеточных организмов. По состоянию на 2023 год признаны шесть реалмов вирусов, они объединены специфическими высококонсервативными признаками:
- Adnaviria, который содержит архейные нитчатые вирусы с геномами двухцепочечной ДНК A-формы, кодирующей уникальный альфа-спиральный главный капсидный белок;
- Duplodnaviria, который содержит все вирусы с двухцепочечной ДНК, кодирующие главный капсидный белок HK97-fold;
- Monodnaviria, который содержит все вирусы с одноцепочечной ДНК (оцДНК), кодирующие эндонуклеазу суперсемейства HUH, и её потомков;
- Riboviria, в который включены все РНК-содержащие вирусы, кодирующие РНК-зависимую РНК-полимеразу, и все вирусы, кодирующие обратную транскриптазу;
- Ribozyviria, который содержит дельта-подобные вирусы гепатита с кольцевыми геномами negative-sense ssRNA;
- Varidnaviria, который содержит все вирусы с двухцепочечной ДНК, которые кодируют основной капсидный белок с вертикальным желеобразным рулетом.
Ortervirales — это отряд, который включает все общепринятые виды одноцепочечных РНК-вирусов, которые реплицируются через промежуточное звено ДНК, и все принятые виды двухцепочечных ДНК-вирусов, которые реплицируются через промежуточное звено РНК. Название происходит от реверса слова ретро.
Семотивирус — единственный род вирусов семейства Belpaoviridae. Виды существуют как ретротранспозоны в геноме эукариотического хозяина. Транспозоны BEL/pao встречаются только у животных.
Pseudoviridae — семейство вирусов, включающее три рода.
Metaviridae — это семейство вирусов, которые существуют в виде ретротранспозонов Ty3-gypsy LTR в геноме эукариотического хозяина. Они тесно связаны с ретровирусами: члены семейства Metaviridae имеют много общих геномных элементов с ретровирусами, включая длину, организацию и сами гены. Сюда входят гены, кодирующие обратную транскриптазу, интегразу и капсидные белки. Белки обратной транскриптазы и интегразы необходимы для ретротранспозонной активности вируса. В некоторых случаях вирусоподобные частицы могут образовываться из капсидных белков.
Orthornavirae — царство вирусов, геномы которых состоят из рибонуклеиновой кислоты (РНК) и кодируют РНК-зависимую РНК-полимеразу (RdRp). RdRp используется для транскрипции генома вирусной РНК в информационную РНК (мРНК) и для репликации генома. Вирусы этого царства также имеют ряд общих характеристик, связанных с эволюцией, включая высокую скорость генетических мутаций, рекомбинаций и реассортации.
Shotokuvirae — название царства вирусов из реалма Monodnaviria, созданной Международным комитетом по таксономии вирусов (ICTV).
Duplornaviricota — тип РНК-вирусов, который содержит все двухцепочечные РНК-вирусы, за исключением тех, что относятся к типу Pisuviricota. Характерной чертой группы является вирусный капсид, состоящий из 60 гомо- или гетеродимеров капсидного белка на решетке псевдо-T=2. Дуплонавирусы поражают как прокариот, так и эукариот. Название группы происходит от итальянского duplo, что означает двойной, РНК для типа вируса и -viricota, который является суффиксом для типа вируса.
