Зеравшан, Зарафшан — река в Таджикистане и Узбекистане. В древности являлась притоком Амударьи, в настоящее время не доходит до неё из-за разбора воды на орошение, разделяясь на рукава в Бухарском и Каракульском оазисах. Зеравшан орошает земли с богатой культурной историей.
Карадарья́ — река в Ошской области Кыргызстана, Андижанской и Наманганской областях Узбекистана, левая составляющая реки Сырдарья. Одна из крупнейших рек, впадающих в Сырдарью.
Нары́н — река в Средней Азии. Протекает по территории Иссык-Кульской, Нарынской, Джалал-Абадской областей Кыргызстана и Наманганской области Узбекистана.
Ахангара́н — река в Наманганской и Ташкентской областях Узбекистана, правый приток Сырдарьи. Используются также названия Ангре́н и Культушкан. Ахангаран и Чирчик являются главными реками Ташкентского оазиса.
Исфара́ — река бассейна Сырдарьи в Баткенской области Кыргызстана, Согдийской области Таджикистана и Ферганской области Узбекистана. В верхнем течении носит название Ак-суу (Аксу), в среднем течении — Каравшин, Каравшан.
Ю́жный Ферга́нский кана́л — магистральный ирригационный канал в Андижанской и Ферганской областях Узбекистана и Ошской области Кыргызстана, крупнейший отвод канала Шахрихансай.
Кашга́р — река в Ошской области Кыргызстана и Синьцзян-Уйгурском автономном районе Китая, приток реки Яркенд.
Сох — река в Кыргызстане и Узбекистане. Длина 124 км, площадь водосбора 3510 км².
Санза́р, Сангзар — река в Джизакской области Узбекистана, крупнейшая река области вместе с Зааминсу.
Уга́м — горная река в Казахстане и Узбекистане, наиболее крупный правый приток реки Чирчик.
Шаян (Чаян) — река в Казахстане, протекает по территории Байдибекского района Туркестанской области. Впадает в Арыс-Туркестанский канал.
Ходжабакирган, в верхнем течении Лейлек — река в Таджикистане и Кыргызстане, левый приток Сырдарьи. Длина 130 км. Площадь бассейна 1740 (2360) км².
Гавасай — река в Киргизии и Узбекистане.
Шахимардан — река в Узбекистане и Кыргызстане, левый приток Сырдарьи. Берёт исток в Шахимардане на территории Шахимарданского эксклава Узбекистана при слиянии рек Аксу и Коксу, берущих исток на северных склонах Алайского и Туркестанского хребтов. Начинается в заадырной Ош-Араванской впадине, сечёт всю полосу адыров и прорезает межгорную равнину восточнее гор Катрантау (Катранг-Тоо). Имеет постоянный водоток. Течёт на северо-запад, пересекает границу Кыргызстана и Узбекистана. Восточнее села Орозбеково поворачивает на север, протекает через Джыйделик, Кадамжай и Пульгон, снова пересекает границу Кыргызстана и Узбекистана и выходит на Ферганскую долину в посёлке Вуадиль. Ниже Вуадиля известна как Маргилансай (Margʻilonsoy). На реке Маргилансай расположен город Фергана. Маргилансай пересекает город Маргилан и Большой Ферганский канал. Воды реки полностью разбираются на орошение за счёт сооружения многочисленных водоотводящих каналов и не доносят своих вод до устья.
Чадак — река в Папском районе Наманганской области Узбекистана, левый приток Сырдарьи. Формируются в северо-западной части Ферганской долины, на юго-западном склоне Кураминского хребта. На всём протяжении водоток сохраняет южное направление течения. На берегу реки стоят посёлки Алтынкан и Чадак. Пересекает Северный Ферганский канал у посёлка Пунган. По бассейну реки, вдоль русла проложена автотрасса международного значения Ташкент — Андижан — Ош — Кашгар (А-373), с которой Чадак пересекается. Не доносит своих вод до Сырдарьи, так как они разбираются для орошения и теряются в обширных конусах выноса.
Северный Ферганский канал — крупный ирригационный канал в Узбекистане и Таджикистане, в северной части Ферганской долины. Голова находится в Узбекистане, из реки Нарын, у города Учкурган, ниже плотины Уч-Курганской ГЭС, на границе Киргизии и Узбекистана, устье — в Согдийской области Таджикистана. Построен в 1940 году. Общая протяжённость канала — 160 км, из них 60 км — таджикская часть.
Ысык-Ата или Иссык-Ата — река на севере Кыргызстана, течёт по территории Ысык-Атинского района Чуйской области. Левый приток Чу.
Кара-Суу — река в Кыргызстане, течёт по территории Аксыйского района Джалал-Абадской области. Правый приток реки Нарын.
Кара-Суу — река в Кыргызстане, течёт по территории Тогуз-Тороуского и Токтогульского районов Джалал-Абадской области. Левый приток реки Нарын.
Аксу (Ак-Суу) — река, протекающая по Лейлекскому району Баткенской области Кыргызстана и Согдийской области Таджикистана. Является левым притоком реки Сырдарья. Длина реки составляет 93 км, площадь водосборного бассейна — 1170 км². Средний расход воды — 3,81 м³/с.