Пресмыка́ющиеся, или репти́лии (лат. Reptilia), — традиционно выделяемый класс преимущественно наземных позвоночных животных из клады амниот, включающий современных черепах, крокодилов, клювоголовых и чешуйчатых. Пресмыкающиеся являются парафилетической группой, так как дали начало птицам, но не включают их самих. В качестве монофилетической альтернативы класса выделяется клада завропсид, или рептилий в пересмотренном составе, в которую включают представителей традиционного класса пресмыкающихся и птиц.
Новонёбные, или неогнаты (лат. Neognathae, от др.-греч. νέος — «новый», др.-греч. γνάθος — «челюсть»), — клада птиц, охватывающая подавляющее большинство современных птиц, которой обычно придают ранг инфракласса. Противопоставлена кладе бескилевых (Palaeognathae).
Лучепёрые рыбы (лат. Actinopterygii) — класс рыб из группы костных рыб. Подавляющее большинство известных современных видов рыб относятся к лучепёрым. Живут в морских и пресных водах по всему миру. Многие лучепёрые рыбы являются объектом промысла. Размеры живущих ныне видов колеблются от 8 мм (Paedocypris) до 11 м (ремнетелые), а масса достигает 2300 кг (рыба-луна). Научное название класса происходит от др.-греч. ἀκτίς «луч» и πτερόν «перо, крыло» и связано со строением плавников этих рыб.
Фаэто́ны — род водных птиц из монотипических семейства фаэтоновых (Phaethontidae) и отряда фаэтонообразных (Phaethontiformes); в более ранних системах семейство включали в отряд пеликанообразных (веслоногих). Их связь с другими современными птицами неясна, и, кажется, они не имеют близких родственников среди современных птиц.
Лопастепёрые рыбы, или мясистолопастные, или хоа́новые, или саркоптеригии (лат. Sarcopterygii), — класс костных рыб, к которому, согласно кладистическим данным, относятся четвероногие и некоторые родственные им группы. Известны с нижнего девона. Современные лопастепёрые, не являющиеся четвероногими, относятся к отрядам целакантообразных и рогозубообразных.
Гесперорнисы (лат. Hesperornithes) — клада вымерших авиал, включающая всех птицехвостых, более близких к гесперорнису, чем к современным птицам. Некоторые орнитологи используют по отношению к данное кладе типифицированное латинское название Hesperornithiformes (гесперорнисообразные), рассматривая её в качестве отряда.
Амниоты — клада четвероногих, характеризующаяся наличием зародышевых оболочек. Первые амниоты возникли в каменноугольном периоде, около 320 млн лет назад. Группа входит в состав надкласса четвероногих (Tetrapoda) и подразделяется на две дочерние клады: завропсиды и синапсиды.
Завропси́ды, или ящерообра́зные (лат. Sauropsida), или репти́лии (лат. Reptilia), — клада амниот, объединяющая представителей традиционного класса пресмыкающихся и произошедших от них птиц. Все современные таксоны завропсид относятся к кроновой группе заврий (Sauria), давшей большое таксономическое и морфологическое разнообразие. В этой группе выделяется три основных эволюционных ветви : лепидозавры, архозавры и черепахи (Testudines).
Кости́стые ры́бы, или костистые (лат. Teleostei), — клада лучепёрых рыб, которой присваивают ранг от инфракласса до подотдела.
Тетануры (лат. Tetanurae) — клада тероподовых динозавров в составе группы аверостр, включающая птиц и все таксоны, более родственные им, чем цератозаврам. Все тетануры, за исключением базальных родов, входят в состав клады Orionides. В зависимости от того, какая топология принимается за верную, клада Orionides может подразделяться на карнозавров (Carnosauria) и целурозавров (Coelurosauria), либо на мегалозавроид (Megalosauroidea) и аветеропод (Avetheropoda), к последним из которых, в свою очередь, относят целурозавров и аллозавроид (Allosauroidea).
Новопёрые рыбы (лат. Neopterygii) — клада рыб, которая вместе с кладистиями (Cladistia) и хрящевыми ганоидами (Chondrostei) составляют класс лучепёрых рыб (Actinopterygii). Новопёрые рыбы появились в конце пермского периода и теперь являются самой процветающей группой рыб.
Ornithothoraces (лат.) — клада птиц, которая включает в себя всех энанциорнисовых и современных птиц. Самый ранний известный представитель группы — Protopteryx fengningensis, найден в формации Huajiying в Китае, который датируется примерно 130 млн лет.
Веерохвостые птицы, или новые птицы (лат. Neornithes), — подкласс птиц, объединяющий всех современных и вымерших птиц, которые пережили мел-палеогеновое вымирание, для которых характерно резкое укорочение хвостового отдела позвоночника и слияние последних позвонков в специальную косточку — пигостиль, к которой веером прикрепляются рулевые перья. Входит в состав клады птицехвостых (Ornithurae).
Архозавроморфы (лат. Archosauromorpha) — инфракласс пресмыкающихся из подкласса диапсид. Впервые появились в поздней перми и распространились в триасе. В этот инфракласс включают непосредственно архозавров и некоторые вымершие отряды. В 1991 году была опубликована работа, в которой архозавроморфы рассматривались как клада, включающая наиболее раннего общего предка групп Prolacerta, архозавров, Trilophosaurus, Hyperodapedon и всех их потомков. В 1998 Дэвид Дилкс опубликовал работу, где сформулировал более общее определение для клады, включив в неё Protorosaurus и близких к нему диапсид.
Baptornis (лат.) — род вымерших нелетающих водных авиал, живших во время коньякского — верхнего кампанского веков позднемеловой эпохи. Остатки представителя единственного вида Baptornis advenus обнаружены на территории современного Канзаса (США), во времена позднего мела в основном покрывавшейся шельфовым Западным внутренним морем. Впервые их обнаружил в 1870-е годы Отниел Чарлз Марш. Возможно, эти птицы обитали на территории современной Швеции и по всей Голарктике.
Авиа́лы (лат. Avialae, буквально: птичьи крылья) — клада летающих динозавров, включающая птиц, их ныне живущих представителей. Обычно определяется как «все тероподы, более родственные современным птицам, чем дейнонихозаврам», хотя используются и альтернативные определения.
Га́ньсус — род водных птиц, ископаемые остатки которых найдены в аптских отложениях меловой системы на территории провинций Ганьсу и Ляонин (Китай). В род включают 2 вида: Gansus yumenensis и Gansus zheni.
Птицехво́стые, также орниту́ры, орниту́рные (лат. Ornithurae), — клада авиал, включающая ближайшего общего предка ихтиорнисов, гесперорнисов и веерохвостых птиц, а также всех его потомков. В разных системах классификации рассматриваются как безранговая клада, подкласс или когорта.
Ихтио́рнис — род зубастых морских птиц из клады птицехвостых, живших в позднем меловом периоде на территории Северной Америки. Единственным валидным видом признан Ichthyornis dispar. Ископаемые остатки найдены в меловых залежах Альберты, Алабамы, Канзаса, Нью-Мексико, Саскачевана, Техаса и Мексики, которые образовывались в районе Западного внутреннего моря с туронского по поздний кампанский века. Ихтиорнисы являются типичными представителями ниобрарской фауны. Найдено большое количество окаменелых остатков, принадлежащих этим птицам.
Ящерохво́стые пти́цы, или ящеропти́цы, или ящерохво́стые (лат. Sauriurae, букв. «ящерохвостые»), — ныне расформированный подкласс птиц, введённый в 1866 году Эрнстом Геккелем. Учёный включил в состав подкласса археоптерикса, чтобы противопоставить его всем прочим известным птицам, которых он сгруппировал в сестринский подкласс птицехвостых (Ornithurae). Археоптерикс обладал длинным рептильным хвостом, в то время как все известные на то время птицы имели короткие хвосты из нескольких слитых позвонков. Этот элемент скелета называется пигостиль. Таксон не употребляли широко, а когда в 1893 году немецкий орнитолог Ганс Фридрих Гадов ввёл в систематику группу Archaeornithes для описания тех же окаменелостей, новое название стало основным для обозначения ранних рептилеподобных птиц. В некоторых источниках таксоны Sauriurae и Archaeornithes синонимизируют.