Сытке — река на северо-востоке Эстонии в уезде Ида-Вирумаа. Впадает в Финский залив. В устье реки Сытке находится город Силламяэ.
На́рва — река на границе Эстонии и Ленинградской области Российской Федерации. В литературе также встречаются названия Алуксе и Бек, последнее было употребимо во времена шведского владычества в XVII веке и упоминается у Олеария. На реке расположены города — российский Ивангород и эстонские Нарва и Нарва-Йыэсуу. Берега реки в настоящее время соединяют три моста. По фарватеру реки с 1991 года проходит российско-эстонская граница. Регион вдоль берегов реки носит название Принаровье.
Вы́ртсъярв — пресноводное озеро на юге Эстонии, на границе уездов Тартумаа, Вильяндимаа и Валгамаа. Площадь составляет около 269,19 км², это крупнейшее озеро Эстонии после Чудского озера и самый большой внутренний водоём страны.
Пи́рита , ранее также Бриги́товка — река на территории Эстонии. Впадает в Финский залив Балтийского моря. Одна из самых больших рек уезда Харьюмаа.
Ма́тсалуский национа́льный парк, Национа́льный парк Ма́тсалу — национальный парк в западной части Эстонии, в нижнем течении реки Казари, прибрежной полосе Матсалуского залива Балтийского моря и на 50 островах Моонзундского архипелага.
Кейла — река на северо-западе Эстонии, берущая начало в болоте Лоосалу, находящемся в Рапласком уезде к югу от Юуру, и впадающая в Финский залив в малом посёлке Кейла-Йоа. Длина реки — 111,8 км, площадь водосборного бассейна — 669,3 км². Кейла — самая длинная река Финского залива. Основными притоками являются Атла и Майдла.
Пе́дья — четвёртая по длине река Эстонии. Берёт начало с возвышенности Пандивере, местечке Симуна и впадает в реку Эмайыги. Длина реки 122 км, площадь бассейна 2710 км².
А́хья — река в Эстонии, является крупнейшим правым притоком реки Эмайыги. Длина реки 103,4 км, площадь бассейна 1074,3 км², высота истока 87 метров. Другое название: Ая (Aya); в верхнем течении: ручей Тиллеоя, река Тилле, в среднем течении: река Таэваскоя.
Ви́гала — река в Эстонии, крупнейший приток реки Казари.
Халлисте — река в юго-западной части Эстонии.
Ка́зелауг — небольшое болотное озеро в центральной части природного парка «Рабивере» севернее деревни Рабивере на территории волости Кохила.
Ра́удна — река в Эстонии. Длина реки составляет 62,9 км, площадь бассейна равна, по разным данным, 1140 или 1124,9 или 1122,5 км². Падение — 24 м. Средний расход воды — 9,5 м³/с.
Кулейская (эст. Kuuliska), также Мяэсовица, — река в России, протекает по территории Кулейской волости Печорского района Псковской области, в верхнем течении погранична с Эстонией на участке длиной 5,8 км.
Пе́дели, Пе́деле — река в Эстонии и Латвии.
А́лайыги — река на северо-востоке Эстонии, течёт по территории волости Алутагузе в уезде Ида-Вирумаа. Впадает в Чудское озеро.
Ве́лизе — река на западе материковой части Эстонии, течёт по территории волостей Мярьямаа, Рапла и Кехтна в уезде Рапламаа, а также волости Ляэнеранна в уезде Пярнумаа. Левый приток нижнего течения реки Вигала.
Элва — река на юго-востоке Эстонии, течёт по территории уездов Пылвамаа, Валгамаа и Тартумаа. Правый приток верхнего течения Суур-Эмайыги (Эмайыги).
Са́лме — река в Эстонии, на острове Сааремаа.
Пу́ртсе — река на северо-востоке Эстонии, течёт по территории волости Винни в уезде Ляэне-Вирумаа и волости Люганузе в уезде Ида-Вирумаа. Впадает в Финский залив.
У́льясте или Ульясти — эвтрофное озеро в северо-восточной части Эстонии. Располагается на территории деревни Ульясте волости Люганузе в уезде Ида-Вирумаа; к северной оконечности озера прилегает территория деревни Ульясте волости Винни уезда Ляэне-Вирумаа. Относится к бассейну реки Пада, впадающей в Финский залив. Входит в состав ландшафтного заповедника Ульясте.