Вы́ртсъярв — пресноводное озеро на юге Эстонии, на границе уездов Тартумаа, Вильяндимаа и Валгамаа. Площадь составляет около 269,19 км², это крупнейшее озеро Эстонии после Чудского озера и самый большой внутренний водоём страны.
Су́уръярв — проточное озеро ледникового происхождения на реке Рыуге в юго-восточной Эстонии. Расположено на территории волости Рыуге в центральной части уезда Вырумаа. Входит в группу из семи глубоководных озёр на западной окраине возвышенности Хаанья, возникших в результате воздействия талых вод во время отступления последнего ледника.
Ю́лемисте — озеро в Таллине, расположено на территории микрорайона Юлемистеярве в южной части района Кесклинн. На озере есть один остров площадью 1,1 га.
Ы́хне — река в Эстонии. 3,5 км реки протекает по территории Латвии.
Ко́лгакюла — деревня на севере Эстонии. Административно относится к волости Куусалу уезда Харьюмаа.
Са́адъярв или Са́дъярв — эвтрофное озеро в волости Тарту на севере уезда Тартумаа в Эстонии. Расположено в 15 км к северу от Тарту около посёлка Табивере, на территории ландшафтного заповедника Вооремаа.
Пю́хаярв или Пю́хаярве — озеро в юго-восточной части Эстонии, на территории волости Отепя в уезде Валгамаа. Располагается в курортной местности Пюхаярве у города Отепя к юго-западу от Тарту. Считается одним из красивейших озёр страны.
А́алупи — озеро на юго-востоке Эстонии в уезде Пылвамаа, располагается в пределах территории деревни Ребасте на юго-западе волости Канепи.
Ку́ремаа — озеро на востоке центральной Эстонии, административно расположено в пределах территории села Энккюла в волости Йыгева уезда Йыгевамаа. Площадь озера — 398,4 га. Это 10 по величине озеро в Эстонии и третье по величине в уезде Йыгевамаа после Чудского озера и озера Саадъярв.
Э́рмисту — озеро в юго-западной Эстонии, административно относится к деревне Эрмисту в волости Тыстамаа уезда Пярнумаа.
Ва́гула — озеро в Эстонии. Расположено в уезде Вырумаа на территории волости Выру в 2 км к западу от города Выру. Через озеро протекает река Выханду, соединяющая Вагулу с озером Тамула, располагающимся в 1,5 км восточнее.
Ве́йсъярв — озеро на юге Эстонии, в волости Вильянди уезда Вильяндимаа. Площадь поверхности — 4,807 км².
Мурати — озеро в Эстонии. Расположено в уезде Вырумаа на территории волости Рыуге. Расположено в южной части возвышенности Хаанья.
Ре́йу — река в Эстонии и Латвии, течёт по территории Стайцельской волости Алойского края (Латвия) и муниципалитетов Саарде, Хяэдемеэсте и Пярну в уезде Пярнумаа (Эстония). Левый приток нижнего течения реки Пярну.
Ве́лизе — река на западе материковой части Эстонии, течёт по территории волостей Мярьямаа, Рапла и Кехтна в уезде Рапламаа, а также волости Ляэнеранна в уезде Пярнумаа. Левый приток нижнего течения реки Вигала.
Ка́лли — проточное озеро на востоке материковой части Эстонии, располагается на территории деревни Ахунапалу волости Кастре в уезде Тартумаа. Относится к водосборному бассейну реки Калли, правого притока Эмайыги.
Ка́лли — река на юго-востоке материковой части Эстонии, течёт по территории волости Кастре в уезде Тартумаа. Правый приток нижнего течения Эмайыги.
У́льясте или Ульясти — эвтрофное озеро в северо-восточной части Эстонии. Располагается на территории деревни Ульясте волости Люганузе в уезде Ида-Вирумаа; к северной оконечности озера прилегает территория деревни Ульясте волости Винни уезда Ляэне-Вирумаа. Относится к бассейну реки Пада, впадающей в Финский залив. Входит в состав ландшафтного заповедника Ульясте.
У́хтъярв — эвтрофное озеро в южной части Эстонии. Располагается на территории деревни Ухтъярве волости Антсла в уезде Вырумаа. Относится к бассейну Вяйке-Эмайыги.
Ыйсу — озеро в Эстонии, в уезде Вильяндимаа, расположенное рядом с одноимённым посёлком.
