Яшильку́ль — пресноводное подпрудное озеро на Южном Памире в Горно-Бадахшанской автономной области на юго-востоке Таджикистана. Из озера вытекает река Гунт, правый приток Пянджа в бассейне Амударьи.
Искандерку́ль — горное озеро в Таджикистане на северных склонах Гиссарского хребта в Фанских горах.
Караку́ль — бессточное озеро, расположенное в северной части Памира, к югу от Заалайского хребта. Крупнейшее озеро на территории Таджикистана. Озеро находится в плоской горной котловине на высоте 3914 м, окружено пустынными скалистыми хребтами, на западе подходящими к озеру, на востоке — отстоящими от него на несколько километров. Наибольшая длина озера — 33 км, ширина — 24 км. Площадь поверхности — 380 км². Объём по данным 1978 года, составлял 26,6 км³.
Булунку́ль — озеро тектонического происхождения, расположенное в Мургабском районе Горно-Бадахшанской автономной области Таджикистана на высоте 3737,4 метра над уровнем моря. Основное питание обеспечивается за счёт реки Койтезак и в малой степени многочисленными родниками на берегах. В озеро впадает река Иссыкбулок, образующая заболоченную дельту. На южном берегу находится родник Суок. Булункуль соединён протокой с соседним озером Яшилькуль.
Шорку́ль — озеро, расположенное в южных отрогах Сарыкольского хребта в Горно-Бадахшанской автономной области Таджикистана. Узким протоком Узюкдарья, длиною в 9 км, соединяется с озером Рангкуль.
Сасыккуль — бессточное озеро с горько-солёной водой в бассейне реки Аличур, расположенное в Мургабском районе Горно-Бадахшанской автономной области Таджикистана на высоте 3820 метров над уровнем моря. В озеро впадает река Чакраборон (Тамды).
Маргузо́р — озеро завального происхождения, расположенное в Пенджикентском районе Согдийской области Таджикистана на высоте 2139,2 метров над уровнем моря. Длина — 2,65 км, средняя ширина — 0,423 км. Наибольшая глубина — 46,7 м. Общая площадь акватории озера 1,16 км². Площадь водосбора — 178 км².
Нежегон, Нежигок, Нежигон или Мижгон — озеро завального происхождения, расположенное в Пенджикентском районе Согдийской области Таджикистана на высоте 1640 метров над уровнем моря.
Соя или Сая — озеро завального происхождения, расположенное в Пенджикентском районе Согдийской области Таджикистана на высоте 1701 метр над уровнем моря. Ширина — 100 м.
Нофин — озеро завального происхождения, расположенное в Пенджикентском районе Согдийской области Таджикистана на высоте 1778,7 метров над уровнем моря.
Азорчашма, Хазорчашма́ — озеро, расположенное в Пенджикентском районе Согдийской области Таджикистана на высоте 2400 метров над уровнем моря.
Изшор, Гушор или Хушьёр — озеро завального происхождения, расположенное в Пенджикентском районе Согдийской области Таджикистана на высоте 1771 метров над уровнем моря.
Пайрон — озеро в Шахринавском районе Районов республиканского подчинения Таджикистана. Расположено в бассейне реки Каратаг на высоте 2200 метров над уровнем моря, в 70 км от Душанбе. С северо-востока в озеро впадает река Пайрон.
Карата́г — трансграничная река протекающая по территории районов республиканского подчинения Таджикистана и Сурхандарьинской области Узбекистана. Одна из составляющих Сурхандарьи. Основные притоки — Ширкент, Дехкондара и Пайрон, а также Большой Гиссарский канал.
Лючоб или Лучоб — река, протекающая в районах республиканского подчинения Таджикистана. Правый приток реки Варзоб. В устьевой части протекает через Душанбе.
Ханака — река, правый приток Кафирнигана, протекающая по территории районов республиканского подчинения Таджикистана. Начало берёт на южных склонах Гиссарского хребта.
Харангон — река, протекающая по территории Варзобского района районов республиканского подчинения Таджикистана. Левый приток реки Варзоб.
Турумтайкуль — сточное озеро расположенное на территории Рошткалинского района Горно-Бадахшанской автономной области Таджикистана.
Тимурдара — проточное озеро, расположенное в низовье реки Казнок на территории Шахринавского района Районов республиканского подчинения Таджикистана.
Шинг — река, протекающая по территории Пенджикентского района Согдийской области Таджикистана. Правый и самый крупный приток реки Могиендарья впадающий в него в 22 км от устья. На реке расположены семь озёр, шесть из которых считаются завальными и входят в систему Маргузорских озёр. В Зеравшанской долине река Шинг считается одним из экологически чистых источников воды.
