Крыла́тский руче́й — водоток в районе Крылатское Западного административного округа Москвы, правый приток Москвы-реки на территории ландшафтного заказника «Крылатские холмы». По степени техногенной трансформации относится к III классу — в открытом течении проходит на 10—49 %, речное русло сильно трансформировано. Река протекает в овраге Каменная Клетва, который является самой длинной и крупной по площади овражно-балочной системой «Крылатских холмов».
Со́болевский руче́й — небольшая река в районе Щукино Северо-Западного административного округа Москвы, левый приток Москвы-реки. Протекает в подземном коллекторе, по степени техногенной трансформации относится к IV классу — поверхностный водоток утрачен, русло канализировано более чем на 90 %.
Нижний Богоро́дский ручей — малая река в районе Богородское Восточного административного округа города Москвы, левый приток реки Яузы. По состоянию на начало 2018 года заключена в подземный коллектор. Длина реки с временным водотоком в верховьях составляет 1,7 км, площадь водосборного бассейна — 1,5 км².
Кобы́лий овраг — бывшая малая река в районе Дорогомилово Западного административного округа Москвы, правый приток Москвы-реки. Название происходит от слова «кобыла».
Колоту́шкин овраг — малая река в районе Нагатинский Затон Южного административного округа Москвы, правый приток Москвы-реки. Своё название получил от дома Колотушкиных в деревне Дьяково. Второй гидроним образован от антропонима «Петруха».
Комаро́вская речка — малая река на юге Москвы, в районах Ясенево и Северное Бутово Юго-Западного административного округа, левый приток реки Битцы.
Лени́вка — бывшая малая река в районе Хамовники Центрального административного округа Москвы, левый приток Москвы-реки. Получил название благодаря своему медленному, спокойному течению. На берегу ручья располагался Ленивый Торжок, то есть рынок. Гидроним Волхонка, возник от одноимённой улицы.
По состоянию на начало 2018 года заключена в подземный коллектор или полностью засыпана.
Овра́г Лы́хина — малая река в районе Зябликово Южного административного округа Москвы, левый приток реки Шмелёвки. Длина ручья составляет 900 метров. Название антропонимическое.
Лео́новский ручей — малая река в районах Свиблово и Ростокино Северо-Восточного административного округа Москвы, левый приток Яузы. Длина реки составляет 2,6 км. Первый гидроним произошёл от села и усадьбы Леоново, второй — от урочища Высково. Леоновским ручьём ошибочно называли реку Будайку и слив с Капустянского пруда. По состоянию на начало 2018 года почти целиком заключён в подземный коллектор.
Малый Носков ручей — малая река в районе Капотня Юго-Восточного административного округа Москвы, левый приток Большого Носкова ручья. Своё название получил от гидронима принимающей реки. По состоянию на начало 2018 года заключён в подземный коллектор.

Ону́чин овра́г — малая река в районе Раменки Западного административного округа Москвы, правый приток Раменки. Своё название получила от антропонима Онуча, который происходит от слова «онучи» — портянки.
Песо́чный ручей (Прото́к) — ручей в районе Арбат Центрального административного округа Москвы, левый приток Москвы-реки. «Песочным» водоток назвали по характеру почвы, а «протоком» обычно наименовали сухие речные русла. С конца XIX века ручей заключён в подземный коллектор, а его долина полностью засыпана.
Петря́ев овраг — малая река в Москве и Московской области, левый приток Битцы. На территории города заключена в подземный коллектор. Своё название получила от фамилии Петряев или от личного имени Петряй.
Соровский овраг — малая река в районе Орехово-Борисово Южное Южного административного округа Москвы, нижний правый приток Шмелёвки. Возможно, своё первое название река получила от антропонима. Точное происхождение гидронима «Змеёвка» неизвестно. В книге Юрия Андреевича Насимовича «Реки, озёра и пруды Москвы» указывается, что так обычно называют петляющие реки, что не соответствует прямому руслу Соровского оврага. Вероятно, это наименование обозначает возможное обитание змей вдоль реки.
Сре́дний ручей — малая река в районе Капотня Юго-Восточного административного округа Москвы, верхний левый приток Плинтовки. По состоянию на начало 2018 года заключена в подземный коллектор. Название отражает положение реки по отношению к Лесному ручью — второму притоку Плинтовки.
Плинто́вка — малая река в районе Капотня Юго-Восточного административного округа Москвы, левый приток Москвы-реки. Своё название получила от географического термина «плинтовка», который означает «участок пахотной земли на болоте». Речное русло заключено в подземный коллектор. По сообщению диггеров, вода Плинтовки сильно загрязнена нефтепродуктами. Питание реки осуществляется за счёт её притоков — Лесного и Среднего ручьёв.
Путя́евский ручей — малая река в районе Сокольники Восточного административного округа Москвы, правый приток Яузы. На реке расположен каскад из шести прудов, который способствует очищению загрязнённой воды ручья. Название антропонимическое.
Сенько́вский овраг — малая река в районах Чертаново Южное и Чертаново Центральное Южного административного округа Москвы, правый приток Городни. Речное русло заключено в подземный коллектор. Название антропонимическое.
Тро́ице-Лы́ковский руче́й — малая река в районе Строгино Северо-Западного административного округа Москвы, правый приток Москвы-реки. Верховья засыпаны, речное русло трансформировано и заключено в подземный коллектор. Название получил от бывшего села Троице-Лыково.
Студене́ц — малая река в Алексеевском районе Северо-Восточного административного округа Москвы, правый приток Копытовки. Водоток на всём протяжении заключён в подземный коллектор. Название происходит от географического термина «студенец», который означает «источник, родник, колодец, дающий холодную воду».