Индейские языки Южной Америки отличаются необыкновенной генетической дробностью, сравнимой только с папуасскими языками. Согласно наиболее авторитетной классификации Кауфмана (1994) и Кэмпбелла (1997) выделяются следующие семьи, изоляты и неклассифицированные языки, распределённые по предложенным Кауфманом геолингвистическим областям.
Юракаре — генетически изолированный язык боливийских индейцев-юракаре.
Чокоа́нские языки — небольшая семья южноамериканских индейских языков, распространённых в Колумбии и Панаме. Общее число говорящих ок. 66 тыс. чел..
Барбакоа́нские языки — небольшая семья южноамериканских индейских языков, распространённых в Колумбии и Эквадоре. Общее число говорящих ок. 30 тыс. чел..
Дьяпа́нские языки — небольшая семья южноамериканских индейских языков, распространённых в Бразилии, в штатах Амазонас и Акри. Общее число говорящих около 650 чел..
Амери́ндские языки́ — это языковая макросемья, предложенная Дж. Гринбергом в его книге 1987 года «Language in the Americas». В этой книге Гринберг предположил, что все индейские языки Америки принадлежат к одной из трёх языковых семей. Согласно его гипотезе, только незначительное количество языков, сконцентрированных в Северной Америке, принадлежат к предложенным ранее языковым семьям На-дене и эскимосско-алеутских языков. Все остальные языки, которые обычно рассматриваются как относящиеся к десяткам отдельных и неродственных между собой языковых семей, Гринберг относит к америндской макросемье. Из-за большого количества методологических просчётов в исследовании отношений между языками эта гипотеза была отклонена большей частью лингвистического сообщества.
Языки на-дене́ — семья индейских языков Северной Америки, включающая атабаскские языки, эякский язык, тлингитский язык и, вероятно, язык хайда. Название этно-культурной общности на-дене происходит от самоназвания одного из крупнейших её племён — атабасков.
Пано-таканские языки, или языки пано-такана — семья индейских языков Южной Америки. Распространена в Перу, западной Бразилии, Боливии и на севере Парагвая.
Сапарские языки — малочисленная семья южноамериканских языков, распространённых в Перу и Эквадоре. Общее число носителей — менее 700 человек.
Хивар(оан)ские языки, или языки хиваро (хибаро), — небольшая языковая семья, распространённая на севере Перу и востоке Эквадора.
Макуанские языки, надахупские языки, или языки маку — малочисленная семья индейских языков, распространённая в Бразилии, Колумбии и Венесуэле. Название Makú — уничижительное, на языке лингва-жерал означает «раб, низкий человек».
Хикакские языки — семья индейских языков Мезоамерики, распространённых в Гондурасе.
Чимуанские или юнканские языки — гипотетическая небольшая исчезнувшая семья языков, существовавшая на территории современных Перу и Эквадора в долине между Андами. На языках данной семьи говорили представители древних государств Чиму и Мочика. Предполагается родство с языками уру-чипайя.
Алакалуфские языки — семья индейских языков Южной Америки, носителями которых были алакалуфы. Состоит из двух языков: какауа к настоящему времени исчез, а язык кавескар находится под угрозой исчезновения.
Языки аймара или языки хаки — наряду с языками кечуа, одна из двух доминирующих языковых семей в Андах.
Медиа-ленгуа — смешанный язык на основе испанского и кечуа, на вариантах котором разговаривают в районе Сальседо (Salcedo), в районе Сарагуро. Нидерландский лингвист П. Мёйскен, описавший этот язык, определяет медиа-ленгва как разновидность кечуа, словарь которой почти полностью заимствован из испанского, но который во многом сохраняет синтаксическую и семантическую структуру кечуа. Вместе с тем, наблюдается влияние испанского языка на синтаксис котопахийского медиа-ленгуа.
Язык ваорани — изолированный язык, на котором говорят представители народности ваорани, живущие в амазонской сельве в междуречье Напо и Курарая. Незначительное число говорящих, возможно, проживает в Перу.
Эмбера́ — диалектный континуум, на котором говорят 100 000 человек народа эмбера на северо-западе Колумбии и юго-востоке Панамы.
Кечумара́ — гипотетическая южноамериканская языковая макросемья, объединяющая языки аймара и кечуанские языки. Предложена американским лингвистом Терренсом Кауфманом, его соавтор Лайл Кэмпбелл поддерживает гипотезу, хотя считает её ещё недостаточно доказанной. Против гипотезы выступает специалист по языкам кечуа Виллем Аделаар, который считает сходство языков результатом взаимных заимствований в результате долгого контакта.
Капак сими — тайный, сакральный язык Инков, представителей правящей династии и высшей знати государства инков. В настоящее время является мёртвым языком.