Чу́дско-Пско́вское о́зеро, или Пско́вско-Чудско́е о́зеро — крупный озёрный комплекс на границе между Эстонией и Псковской и Ленинградской областями России. Относится к бассейну Балтийского моря Атлантического океана. Площадь водосборного бассейна — 56 100 км².
Ю́лемисте — озеро в Таллине, расположено на территории микрорайона Юлемистеярве в южной части района Кесклинн. На озере есть один остров площадью 1,1 га.
Халлисте — река в юго-западной части Эстонии.
Вильянди — озеро на южной окраине города Вильянди (Эстония).
Я́рлепа — продолговатое озеро в уезде Рапламаа, расположено в 10 км к востоку от посёлка Кохила около деревни Ярлепа. Площадь озера — 47,9 га. Длина озера 1570 м, ширина — 530 м. Максимальная глубина — 3,3 м. Берега преимущественно илистые или торфяные, более твёрдым дном характеризуется северный берег. Мощность донных отложений сапропеля достигает более 2 м. На северо-западе из озера вытекает ручей Пахкла (Ангерья), который затем впадает в реку Вяэна. С 1964 года озеро находится под охраной. В озере водятся плотва, окунь, золотой карась, щука, угорь, налим, колюшка девятииглая, линь.
Ма́арду — озеро в Эстонии, в уезде Харьюмаа, на юге города Маарду. Озеро и жилой район в его окрестностях составляют одну из шести частей города Маарду.
А́рби — озеро в городе Элва.
Хино — озеро в Эстонии в волости Миссо уезда Вырумаа в 1,5 км от посёлка Миссо. Площадь озера — 208,8 га. Максимальная глубина — 10,4 м. Озеро является крупнейшим на возвышенности Хаанья. Высота над уровнем моря — 180 м.
Ка́зелауг — небольшое болотное озеро в центральной части природного парка «Рабивере» севернее деревни Рабивере на территории волости Кохила.
А́херуярв или Ка́нтиярв — пресноводное озеро на юге Эстонии в уезде Валгамаа в волости Тахева. В 3,5 км к западу от озера находится деревня Койккюла. Иногда озеро также называют озером Сууръярв.
Вальгъярв — пресноводное озеро на юге Эстонии. Расположено в волости Хуммули уезда Валгамаа.
А́лаярв — озеро в Эстонии, расположено в волости Выру уезда Вырумаа, примерно в 5 км к северу от города Выру. Находится на территории поселка Вяймела. Через протоку на северо-западе соединяется с соседним озером Мяэярв.
Ка́кердая — болото в системе верховых болот центральной Эстонии. Расположено в волости Ярва, на границе уезда Ярвамаа с уездом Харьюмаа, в 70 километрах от Таллина. Высота над уровнем моря — 75 метров.
Бобровское озеро — приграничное озеро в Печорском районе Псковской области, РФ и уезде Вырумаа, Эстония. Акватория в границах России составляет 17,0 га. Имеется остров площадью 0,8 га, который также делит граница.
Пу́хату — озеро на северо-востоке Эстонии, располагается на территории одноимённой деревни волости Алутагузе в уезде Ида-Вирумаа. Относится к водосборному бассейну ручья Пухату.
Ю́ммаргуне или Ю́маръярв — озеро на северо-востоке Эстонии, располагается на территории деревни Онгассааре волости Алутагузе в уезде Ида-Вирумаа. Относится к водосборному бассейну реки Алайыги, впадающей в Чудское озеро (Пейпси).
Ка́лли — проточное озеро на востоке материковой части Эстонии, располагается на территории деревни Ахунапалу волости Кастре в уезде Тартумаа. Относится к водосборному бассейну реки Калли, правого притока Эмайыги.
Кро́оди — район города-муниципалитета Маарду, уезд Харьюмаа, Эстония. Бывшая деревня.
У́льясте или Ульясти — эвтрофное озеро в северо-восточной части Эстонии. Располагается на территории деревни Ульясте волости Люганузе в уезде Ида-Вирумаа; к северной оконечности озера прилегает территория деревни Ульясте волости Винни уезда Ляэне-Вирумаа. Относится к бассейну реки Пада, впадающей в Финский залив. Входит в состав ландшафтного заповедника Ульясте.
Пи́йганди — олиготрофное озеро в юго-восточной части Эстонии. Располагается на территории одноимённой деревни волости Канепи в уезде Пылвамаа. Относится к бассейну Пюхайыги.