Котло́вка — река в Юго-Западном административном округе Москвы, третий по величине в городе правый приток Москвы-реки. Частично заключена в подземный коллектор, в открытом русле протекает в среднем течении. По правому берегу Котловки довольно далеко от верховья располагалось село Зюзино, возле устья — село Котёл, а позднее — деревни Верхние- и Нижние Котлы. С 1991 года фрагмент долины Котловки, который примыкает к Коробковскому саду, имеет статус памятника природы регионального значения.
Купание в реке запрещено. Котловка и такие реки, как Яуза, Филька и Пресня, относятся к одним из самых загрязнённых рек Москвы, так как в них многократно превышены предельно допустимые концентрации содержания нефтепродуктов, фенолов, хлоридов и солей тяжёлых металлов.
Ка́менка — река в Северо-Восточном административном округе Москвы, правый приток Яузы. Частично заключена в подземный коллектор. Название Каменка характерно для рек с каменистым руслом. К югу от улицы Академика Комарова по правому берегу реки находился Кашёнкин луг, от которого Каменка получила название Кашенка. Приустьевый участок Каменки является прежним руслом Яузы.
Жа́бенка — река в Тимирязевском районе Северного административного округа Москвы, правый приток Лихоборки. Своё название получила от слова «жаба». Речное русло частично заключено в подземный коллектор. Вода Жабенки загрязнена нефтепродуктами и солями тяжёлых металлов. Левым притоком реки является Коптевский ручей, правым — Фермерский ручей.
Я́звенка — водоток в Москве и Московской области, правый приток Городни. На территории города протекает по границе районов Бирюлёво Восточное, Орехово-Борисово Южное и Орехово-Борисово Северное Южного административного округа. Речное русло в некоторых местах искусственно трансформировано, река частично заключена в подземный коллектор. По степени техногенной трансформации относится к I классу — сохранилась в открытом течении более чем на 90%.
Ольша́нка — ручей в районах Лианозово и Бибирево Северно-Восточного административного округа Москвы, правый приток Чермянки. Водоток практически на всём протяжении заключён в подземный коллектор. По степени техногенной трансформации река относится к III классу — в открытом течении проходит на 10—49%, русло сильно трансформировано.
Синичка — малая река на территории районов Соколиная Гора, Лефортово и Басманный города Москвы, левый приток Яузы. По степени техногенной трансформации относится к IV классу — речное русло с 1950 года заключено в подземный коллектор, поверхностный водоток утрачен.
Золото́й Рожо́к — малая река в районе Лефортово Юго-Восточного административного округа города Москвы, левый приток Яузы. С 1935 года протекает в подземном коллекторе. На правом берегу ручья расположена усадьба Строгановых. От гидронима ручья произошли названия: Золоторожская набережная, Золоторожская улица, Золоторожский Вал, Верхний Золоторожский переулок, Средний Золоторожский переулок и Золоторожский проезд.
Ка́пля (Ка́пелька) — ручей в Мещанском районе Центрального административного округа Москвы, левый приток Напрудной. Водоток проходит в подземном коллекторе.
Буда́йка — небольшая река на северо-востоке Москвы, левый приток Яузы. Длина реки — 5,8 км, из них вне коллектора — 4,4 км. Площадь водосборного бассейна составляет по разным оценкам от 6 до 10 км².
Копытовка — река в Северо-Восточном административном округе Москвы, правый приток Яузы.
Черторы́й (Черторо́й) — малая река в Центральном административном округе Москвы, левый приток Москвы-реки. С XIX века протекает в подземном коллекторе. В XVI веке ручей использовали для наполнения рва, который проходил вдоль стен Белого города.
Са́ра — ручей в Таганском районе Центрального административного округа Москвы, левый приток Москвы-реки. По степени техногенной трансформации относится к IV классу — поверхностный водоток утрачен, река канализирована более чем на 90%. Ручей с 1912 года протекает в подземном коллекторе.
Ермако́вский руче́й — малая река в Пресненском районе Центрального административного округа Москвы, левый приток Москвы-реки. Речное русло заключено в подземный коллектор. Правым притоком является ручей Камушки. В 2008 году при строительстве делового центра «Москва-Сити» коллектор ручья был реконструирован.
Ра́стань — ручей в районе Нагатино-Садовники Южного административного округа Москвы, правый приток Москвы-реки. Водосборный бассейн застроен, река протекает в подземном коллекторе.
Журавенка — река в Москве и Московской области, левый приток Битцы. Исток расположен в районе Бирюлёво Восточное Южного административного округа Москвы, устье — в Ленинском районе Московской области на территории городского поселения Видное. Является самым крупным притоком Битцы, в бассейне Журавенки находится 8 водоёмов. Правыми притоками реки являются овраги Никольский, Суслов и Гузеев.
Руче́й Ва́тной фа́брики — небольшая река в районах Измайлово и Северное Измайлово Восточного административного округа Москвы, правый приток Серебрянки. По степени техногенной трансформации относится к IV классу — поверхностный водоток утрачен, река канализирована более чем на 90 %. На берегах реки располагались село Измайлово и слободы Калгановская, Попова, Хохловская и Штатная.
Кероси́новый ручей — ручей в Северо-Западном административном округе Москвы, левый приток Москвы-реки. По состоянию на начало 2018 года заключён в подземный коллектор. Точное происхождение названия неизвестно.
Лени́вка — бывшая малая река в районе Хамовники Центрального административного округа Москвы, левый приток Москвы-реки. Получил название благодаря своему медленному, спокойному течению. На берегу ручья располагался Ленивый Торжок, то есть рынок. Гидроним Волхонка, возник от одноимённой улицы.
По состоянию на начало 2018 года заключена в подземный коллектор или полностью засыпана.
Ма́линский ручей — малая река в районе Крюково города Зеленограда, левый приток Горетовки. Своё название получил от дачного посёлка Малино.
Ольхо́вецкий ручей — малая река в Красносельском районе Центрального административного округа Москвы, правый приток Чечёры. Со второй половины XX века заключён в подземный коллектор. Своё название получил от Чечёры, которую также именуют Ольховкой, из-за зарослей ольхи вдоль водотока.
— исток, 
— устье
