Нью-Йоркский метрополитен представляет собой сеть линий с большим количеством развилок и рельсовых соединений. Движение поездов организовано по маршрутам, в связи с чем понятие «линии» — «классическое» следование поезда строго по одному отрезку пути в одном направлении до смены направления движения — в Нью-Йоркском метрополитене как таковое отсутствует — линией является отрезок пути со станциями. По каждой линии может проходить несколько разных маршрутов, которые, в свою очередь, могут переходить с одной линии на другую и менять свой режим — с локального на экспресс.
Линия Ленокс-авеню, Ай-ар-ти — линия дивизиона Ай-ар-ти Нью-Йоркского метро.
Eighth Avenue Line — линия дивизиона IND метрополитена Нью-Йорка.
Concourse Line — линия дивизиона IND метрополитена Нью-Йорка.
Линия Си-Бич, Би-эм-ти — линия дивизиона BMT Метрополитена Нью-Йорка.Она проходит в Бруклине. Начинается на станции на пересечении 59-й стрит и 4-й авеню BTM Fourth Avenue Line, до конечной Кони-Айленд, по 4-путной широкой «канавке». На сегодняшний день, линия обслуживается маршрутами N (круглосуточно) и W. Долгое время по этой линии ходил самый быстрый экспресс-маршрут, который не останавливался на протяжении всей линии и далее шёл экспрессом под 4-й авеню.
L 14th Street — Canarsie Local — маршрут Нью-Йоркского метрополитена, проходящий в Манхэттене и Бруклине. Маршрут проходит по линии Канарси, Би-эм-ти. На картах, станциях, вагонах и т. д. он обозначается светло-серым цветом, поскольку проходит по линии Канарси.
14-я улица / Шестая авеню — пересадочный узел Нью-Йоркского метрополитена в Манхэттене, на границе округов Челси и Гринвич-Виллидж, на пересечении 14-й улицы с 6-й и 7-й авеню. Каждая из станций узла имеет свои «персональные» выходы.
«Седьмая авеню» — станция Нью-Йоркского метрополитена, расположенная на линиях Шестой авеню, Ай-эн-ди, и Куинс-бульвара, Ай-эн-ди. Находится в Манхэттене, на пересечении 7-й авеню и 53-й улицы. Станция двухуровневая, на каждом уровне находятся два пути и одна островная платформа между ними. Платформы расположены друг под другом. На станции останавливаются маршруты: B, D (круглосуточно) и E (круглосуточно). С северной стороны островных платформ на обоих уровнях станции проходят поезда маршрута E, а с южной — маршрутов B и D. Таким образом, на станции можно совершать кросс-платформенную пересадку. С западного конца станции проходит линия Бродвея, но на ней в этом месте станций нет.
Бродвей-Джанкшен — один из пересадочных узлов Нью-Йоркского метро. В состав пересадочного узла входят две надземные станции и одна подземная. В его состав также входила станция эстакадной BMT Fulton Street Line, которая была закрыта в 1956 году. Узел находится в Бруклине, на границе районов Бедфорд — Стайвесант и Ист-Нью-Йорк, на пересечении Ван-Синдерен-авеню, Бродвея и Фултон-стрит. Рядом с ним находится станция East New York пригородной ж/д LIRR, на которую есть пересадка.
IND Fulton Street Line — одна из многочисленных линий Нью-Йоркского метро. Линия начинается на Джей-стрит — Метротек около Ист-ривер в Бруклине и заканчивается на Озон-парк — Леффертс-бульвар в Куинсе, следуя в основном через центральный Бруклин. От линии в восточной её части ответвляется Линия Рокавей, Ай-эн-ди. На большей своей части линия четырёхпутная, обслуживается экспрессами и локальными поездами. Подземная часть линии располагается в Бруклине, эстакадная — в Куинсе. Имеются также трёх- и двухпутные участки. Двухпутный участок очень короткий — от Юклид-авеню до выхода линии на поверхность. Трёхпутный участок — вся эстакадная часть линии, причем средний экспресс-путь для движения поездов не используется.
Мертл-авеню — Уайкофф-авеню — один из пересадочных узлов Нью-Йоркского метро, в его состав входят одна подземная станция и одна эстакадная. Узел находится на границе Бруклина и Куинса, в округах Бушуик (Бруклин) и Риджвуд (Куинс); на пересечении Мертл-, Гейтс- и Вайкофф-авеню.
Лоример-стрит / Метрополитан-авеню — один из пересадочных узлов Нью-Йоркского метрополитена, расположенный в Бруклине, в округе Уильямсберг, на пересечении Лоример-стрит и Метрополитан-авеню. Этот пересадочный узел подземный.
«Грейам-авеню» — станция Нью-Йоркского метрополитена, расположенная на линии Канарси, Би-эм-ти. Станция находится в Бруклине, в округе Уильямсберг, на пересечении Метрополитан и Грейам-авеню. На станции останавливается маршрут L (круглосуточно).
«Гранд-стрит» — станция Нью-Йоркского метрополитена, расположенная на линии Канарси, Би-эм-ти. Станция находится в Бруклине, в округе Уильямсберг, на пересечении Гранд-стрит и Бушуик-авеню. На станции останавливается маршрут L (круглосуточно).
«Джефферсон-стрит» — станция Нью-Йоркского метрополитена, расположенная на линии Канарси, Би-эм-ти. Станция находится в Бруклине, в округе Бушуик, на пересечении Джефферсон-стрит и Уайкофф-авеню. На станции останавливается маршрут L (круглосуточно).
«Декалб-авеню» — станция Нью-Йоркского метрополитена, расположенная на линии Канарси, Би-эм-ти. Станция находится в Бруклине, в округе Бушуик, на пересечении ДеКалб и Уайкофф-авеню. На станции останавливается маршрут L (круглосуточно).
«Атлантик-авеню» — станция Нью-Йоркского метрополитена, расположенная на линии Канарси, Би-эм-ти. Станция находится в Бруклине, в округе Ист-Нью-Йорк, на пересечении Атлантик-авеню и Снидикер-авеню. На станции останавливается маршрут L (круглосуточно).
Линия Кросстаун, Ай-эн-ди — линия Нью-Йоркского метро, построенная компанией «Независимая система метрополитена» (IND) и ныне входящая в состав Дивизиона В. Линия обеспечивает беспересадочный проезд из западного Бруклина в северо-западный Куинс и является единственной крупной линией, не заходящей в Манхэттен. Обслуживается круглосуточно маршрутом G. Линия считается «стволовой»: маршрут G, проходящий по ней, обозначается салатовым цветом.
Линия Нассо-стрит, Би-эм-ти — линия Нью-Йоркского метро, эксплуатировавшаяся «Транспортной компанией Бруклина и Манхэттена» (BMT) и ныне входящая в состав Дивизиона B. Линия обслуживает Манхэттен и является продолжением линии Джамейка, которая идёт из Бруклина. Она начинается у Вильямсбургского моста в округе Лоуэр Ист-Сайд в Манхэттене и идёт до пересечения с линией Бродвея прямо перед тоннелем Монтегью-стрит. Поезда с линии Нассо-стрит не обслуживают этот тоннель с июня 2010 года, заканчивая свой путь на станции Брод-стрит в округе Нижний Манхэттен. Линия обслуживается маршрутами: J (круглосуточно), M и Z. Линия считается «стволовой»: маршруты J и Z, проходящие по ней, обозначаются коричневым цветом. Исторически эту линию обслуживал ещё маршрут M, но 27 июня 2010 года маршрут был перенаправлен через соединение Кристи-стрит на линию Шестой авеню вместо закрытого маршрута V. В настоящее время маршрут M обслуживает лишь одну станцию на линии: Эссекс-стрит.
Линия Калвер — линия Нью-Йоркского метрополитена в боро Бруклин. Обслуживается маршрутами: F (круглосуточно), <F> и G (круглосуточно).
Станция 
Флатландс-авеню
