Биосфе́ра — оболочка Земли, заселённая живыми организмами, находящаяся под их воздействием и занятая продуктами их жизнедеятельности, а также совокупность её свойств как планеты, где создаются условия для развития биологических систем; глобальная экосистема Земли.
Органи́зм — живое тело, обладающее совокупностью свойств, отличающих его от неживой материи, в том числе обменом веществ, самоподдерживанием своего строения и организации, способностью воспроизводить их при размножении, сохраняя наследственные признаки. Термин организм введён Аристотелем. Он выявил, что любое живое существо характеризуется чёткой и строгой организацией, в отличие от неживого.
Аммонификáция — процесс разложения азотсодержащих органических соединений в результате их ферментативного гидролиза под действием аммонифицирующих микроорганизмов с образованием токсичных для человека конечных продуктов — аммиака, сероводорода, а также первичных и вторичных аминов при неполной минерализации продуктов разложения:
- трупных ядов, например: путресцин и кадаверин;
- ароматических соединений, например: скатол, индол — образуются в результате дезаминирования и декарбоксилирования аминокислоты триптофана;
- серосодержащих аминокислот, например: цистеина, цистина и метионина, — приводит к выделению сероводорода, тиолов, диметилсульфоксида.
Жва́чные (лат. Ruminantia; от лат. rūma — рубец, первый отдел желудка жвачных) — подотряд китопарнокопытных млекопитающих, содержащий шесть современных семейств. Фитофаги.
По́чва — природный объект, формирующийся в результате преобразования поверхностных слоёв суши при совместном воздействии факторов почвообразования.
Броже́ние — биохимический процесс, основанный на окислительно-восстановительных превращениях органических соединений в анаэробных условиях. В ходе брожения происходит образование АТФ за счёт субстратного фосфорилирования. При брожении субстрат окисляется не полностью, поэтому брожение энергетически малоэффективно в сравнении с дыханием, в ходе которого АТФ образуется не за счёт субстратного фосфорилирования, а за счёт окислительного фосфорилирования. Таким образом, основной биологический смысл брожения заключается не в получении энергии, а в окислении НАДН и обеспечении гликолитических процессов окисленной формой (НАД+) этого кофермента в условиях отсутствия кислорода.
Азотфикса́ция, или азотофиксация, — фиксация молекулярного атмосферного азота, диазотрофия. Процесс восстановления молекулы азота и включения её в состав своей биомассы прокариотными микроорганизмами. Важнейший источник азота в биологическом круговороте. В наземных экосистемах азотфиксаторы локализуются в основном в почве.
Актиномицеты — порядок бактерий, имеющих способность к формированию на некоторых стадиях развития ветвящегося мицелия, которая проявляется у них в оптимальных для существования условиях. Некоторые исследователи, подчёркивая бактериальную природу актиномицетов, называют их аналог грибного мицелия тонкими нитями; их диаметр 0,4—1,5 мкм. Актиномицеты имеют кислотоустойчивый тип клеточной стенки, которая окрашивается по Граму как грамположительно, однако по структуре ближе к грамотрицательным. Характеризуются высоким (60—75 %) содержанием ГЦ пар в ДНК.
Дисбактерио́з — состояние микробного дисбаланса на теле или внутри него. Cам по себе дисбактериоз не является болезнью, но может являться следствием какой-либо болезни или иного вмешательства. В свою очередь, дисбактериоз может способствовать развитию других заболеваний в силу снижения защитных и других функций нормальной микрофлоры.
Круговорот азота — биогеохимический цикл азота. Большая его часть обусловлена действием живых существ. Важную роль в круговороте играют почвенные микроорганизмы, обеспечивающие азотистый обмен почвы — круговорот в почве азота, который присутствует там в виде простого вещества (газа — N2) и ионов: нитритов (NO2-), нитратов (NO3-) и аммония (NH4+). Концентрации этих ионов отражают состояние почвенных сообществ, поскольку на эти показатели влияет состояние биоты (растений, микрофлоры), состояние атмосферы, вымывание из почвы различных веществ. Они способны снижать концентрации азотсодержащих веществ, губительные для других живых организмов. Они могут переводить токсичный для живых существ аммиак в менее токсичные нитраты и в биологически инертный атмосферный азот. Таким образом, микрофлора почвы способствует поддержанию стабильности её химических показателей.
Биоремедиация — комплекс методов очистки вод, грунтов и атмосферы с использованием метаболического потенциала биологических объектов — растений, грибов, насекомых, червей и других организмов.
Микрофло́ра (микробиота) — собирательное название микроорганизмов, находящихся в симбиозе с человеком.
Загрязнение грунтов — привнесение в грунты или возникновение в них новых, как правило, не характерных для них компонентов-загрязнителей, оказывающих вредное воздействие на экосистемы, включая и социальные (человека).
Маслянокислое брожение — метаболический путь превращения органических веществ облигатно анаэробных бактерий, конечными продуктами которого являются АТФ, а также масляная кислота, бутанол, ацетон, изопропанол, этанол, уксусная кислота, углекислый газ и водород. Этот тип метаболизма характерен в основном для бактерий рода Clostridium, таких как C. pasteurianum, C. buryricum, C. acetobutylicum, C. pectinovorum, а также обитателей рубца жвачных, протистов Butyrivibrio и бактерий микрофлоры кишечника человека Eubacterium и Fusobacterium.. Маслянокисле брожение было открыто Луи Пастером в 1861 году.
Микробиота кишечника — микроорганизмы, которые живут в желудочно-кишечном тракте в симбиозе с носителем.
В структуре наземных биоценозов значительную роль играет почвенная микрофлора. Микроорганизмы способствуют разложению мертвых органических веществ до минеральных, т. е. участвуют в процессе, без которого нормальное существование биоценозов было бы невозможным.
Микробиом — сообщество микроорганизмов, населяющих конкретную среду обитания, или совокупность генов микроорганизмов такого сообщества. Термин часто используется как синоним «микробиоты» или «микрофлоры», впервые был употреблён в статье 1952 года, посвящённой загрязнению воды стоками из канализации. Собственным микробным сообществом (микробиомом) обладают все экосистемы, начиная от тканей и органов отдельных организмов и заканчивая целыми средами обитания. Микробиом участвует в важнейших экосистемных процессах, способствуя как метаболизму хозяина в локальном масштабе, так и биогеохимическому круговороту питательных веществ в глобальном.
Микрофа́уна — совокупность микроскопических организмов, которые проявляют свойства, характерные для животных. Традиционно к микрофауне относят живых существ размером от десятых долей до 2—3 мм. Микрофауна является полифилетической группой и состоит из представителей царства животных, таких как нематоды, мельчайшие клещи, коловратки и другие, и царства протистов, например амёбы, споровики, инфузории. Это отличает микрофауну от микрофлоры. Микроорганизмы представляют собой совокупность микрофлоры и микрофауны.
Микрофлора влагалища, вагинальная микробиота или вагинальный микробиом - это совокупность микроорганизмов, колонизирующх влагалище. Они были обнаружены немецким гинекологом Альбертом Дёдерляйном в 1892 году и являются частью общей флоры человека. Количество и тип присутствующих бактерий имеют большое значение для общего состояния здоровья женщины.
Симулятор кишечной микрофлоры человека (SHIME) — это сложная функциональная симуляционная модель in vitro пищеварительной системы человека. Она позволяет заселить различные отделы кишечника соответствующей микрофлорой на длительный срок. Более того, она имитирует различные сегменты желудочно-кишечного тракта и толстой кишки. И эти смоделированные системы позволяют получить подробную информацию о видах ферментации и их расположении на протяжении всего кишечника. Система позволяет лучше дать реальную оценку воздействия пищи или питательных веществ на пре- и пробиотики, спустя 2-3 недели их продолжительного употребления. Проводимые с подобной длительностью, исследования симулируют повторное переваривание данных продуктов. SHIME применяют для симуляции различных видов желудочно-кишечного тракта, как детского, так и взрослого и пожилого, а также его нетипичных состояний, таких как инфекционные заболевания, вызванные патогенной микрофлорой.
