Монастырь Зелигенталь — женский монастырь ордена цистерцианцев, располагающийся в баварском городе Ландсхут и относящийся к епархии Регенсбурга. Монастырь был основан герцогиней Людмилой Чешской в 1232 году и освящён в честь Пресвятой Богородицы; в 1236 году, после передачи монастыря в подчинение аббатству Кайсхайма, в его отношении впервые было использовано название «Зелигенталь».
Монастырь Марии Лорето — бывший монастырь ордена капуцинов, в 1835 году ставший францисканским, располагавшийся на площади Мариенплац в баварском городе Ландсхут и относившийся к архиепархии Мюнхена и Фрайзинга. С 2002 года бывшая монастырская церковь Благовещения используется местным приходом Румынской православной церкви.
Монастырь Пиленхофен — бывший женский цистерцианский монастырь в одноименном муниципалитете коммуны Пиленхофен в баварском округе Верхний Пфальц. Был основан в 1240 году; во время Реформации, в 1542, перешел под светское управление. Был распущен в ходе секуляризации в Баварии, в 1803 году.
Монастырь Аухаузен — бывший бенедиктинский монастырь, располагавшийся на территории баварской коммуны Аухаузен и относившийся к епархии Айхштетта. Со времен Средневековья и по сей день данный монастырь регулярно путают с одноимённым монастырем в городе Хербрехтинген. Согласно местным легендам, баварский монастырь на реке Вёрниц был основан в X веке графом Эрнстом фон Трухендингеном и Хартманном из Лобдебурга.
Монастырь Баумбург — бывший августинский монастырь, располагавшийся на территории верхнебаварского района Траунштайн и распущенный в результате секуляризации 1803 года. Монастырь Святой Маргариты был основан графом Беренгаром I фон Зульцбахом в 1107—1109 годах на территории усадьбы Берхтесгаден.
Альтомюнстерское аббатство — бывший монастырь Биргиттинского ордена, располагающийся сегодня на территории баварской общины Альтомюнстер и относящийся к архиепархии Мюнхена и Фрайзинга. По легенде монастырь на вершине холма между Ампером и Лехой был основан около 750 года Святым Альто, прибывшим с Британских островов; сегодня преимущественно известен своей церковью Святого Альта и Святой Биргитты, привлекающей туристов.
Монастырь Михельфельд — бывший бенедиктинский монастырь, располагавшийся на территории одноименного района баварского города Ауэрбах-ин-дер-Оберпфальц и относившийся к архиепархии Бамберга. Монастырь был основан 6 мая 1119 года епископом Оттоном I и освящён в честь Святого Михаила и Иоанна Богослова. В ходе Реформации, в 1556 году, монастырь был распущен, но в 1669 его здание было возвращено бенедиктинскому ордену курфюрстом Фердинандом Марией. Новое здание монастыря и его церковь были перестроены между 1680 и 1700 годами по планам архитекторов Иоганна и Вольфганга Динценхоферов.
Монастырь Аура — бывший бенедиктинский монастырь, располагавшийся на территории баварской общины Аура-ан-дер-Зале и относившийся к епархии Вюрцбурга. Монастырь был основан в 1108 году епископом Оттоном I с целью укрепления власти Бамберга в регионе и освящён в честь Святых Лаврентия и Георгия. В 1809 году, в ходе секуляризации в Баварии, монастырь был разделен на восемь частей и продан.
Монастырь Фолькерсберг — бывший францисканский монастырь, располагавшийся на территории баварской городской общины Бад-Брюккенау. Монастырь, впервые упоминавшийся в документе 1160 года, пострадал от уменьшения числа паломников во время Тридцатилетней войны. В 1707—1710 годах храм и монастырь были расширены: в начале XVIII века в нём проживали 60 монахов-францисканцев. Секуляризация в Баварии не затронула монастырь, поскольку он был классифицирован как «слишком бедный». Сегодня в стенах бывшего монастыря располагаются центр молодёжного образования Фолькерсберг и одноимённая католическая народная школа — обе организации известны под общим названием «Дом Фолькерсберг».
Монастырь Хаузен — бывший монастырь ордена премонстрантов, располагавшийся в одноимённом районе баварской городской общины Бад-Киссинген. Монастырь, освященный в честь Святого Креста, был основан в 1161 году на пожертвование графа Генриха фон Хеннеберга, передавшего землю Вюрцбургской епархии. Возможно, монастырская церковь была построена одновременно с основанием монастыря: при этом первое известное упоминание о церкви датируется 1250 годом. Здание является памятником архитектуры.
Монастырь Святого Зенона — бывший августинский монастырь, располагавшийся на территории баварского города Бад-Райхенхалль. Монастырь — ведший свою историю от одиночной кельи, основанной около 803 года архиепископом Зальцбургским Арно — по легенде был основан императором Карлом Великим. С VIII по IX век считался бенедиктинским монастырем; был восстановлен в 1136 году архиепископом Зальцбургским Конрадом фон Абенсбергом — устав был утверждён 5 апреля.
Монастырь Бенедиктбойерн — бывший бенедиктинский монастырь, располагавшийся на территории баварской общины Бенедиктбойерн и относившийся к Аугсбургской епархии. Был основан около 739/740 года и посвящён Святым Иакову и Бенедикту; в ходе Тридцатилетней войны монастырская школа была распущена, однако уже в 1689 году она была восстановлена и расширена. Сам монастырь был окончательно распущен в 1803 году.
Монастырь Дисен — бывший августинский монастырь, располагавшийся в баварской коммуне Дисен-ам-Аммерзе и относившийся к епархии Аугсбурга; точная дата основания обители регулярных каноников не известна: известно, что монастырь уже существовал в 1150 году; распущен в ходе секуляризации в Баварии — в 1803 году; сегодня комплекс монастырских зданий занят приоратом конгрегации «Diözesankongregation der Benediktinerinnen von St. Alban».
Монастырь Гнаденберг — бывший женский монастырь ордена Святого Спасителя, руины которого располагаются на территории одноимённого района баварской общины Берг-бай-Ноймаркт-ин-дер-Оберпфальц ; относился к епархии Эйхштетт; обитель, ставшая первым монастырём ордена на юге Германии, была основана в 1422 году пфальцграфом Нойбурга Иоганном и его женой Катариной; впервые распался в 1556 году.
Монастырь Лангхайм — бывшее мужское цистерцианское аббатство, располагавшееся в районе Клостерлангхайм баварского города Лихтенфельс и относившееся к архиепархии Бамберга; монастырь был основан в 1132—1133 годах — как вспомогательная обитель при монастыре Эбрах. В 1802 году крупный пожар уничтожил многие монастырские постройки, а сама обитель была распущена в ходе секуляризации в Баварии — в 1803.
Монастырь Фюрстенцелль — бывшее мужское цистерцианское аббатство, располагавшееся на территории баварской ярмарочной общины Фюрстенцелль и относившееся к епархии Пассау; был основан в 1274 году магистром Хартвигом при содействии герцога Генриха XIII — как филиал монастыря Альдерсбах; был распущен в 1803 году — во время секуляризации в Баварии.
Монастырь Зелигенпортен — бывший монастырь, располагавшийся на территории баварской ярмарочной общины Пирбаум и относившийся к епархии Айхштетта; поочерёдно принадлежал орденам цистерцианок, визитанток и цистерцианцев; женская обитель, посвящённая Деве Марии, была основана в 1242 году Готфридом Старшим и его женой Адельхайд фон Хоэнфельс; был окончательно распущен в 1967 году. В 1976—1979 годах бывшая монастырская церковь была реконструирована; в 2003 году была реконструирована и монастырская пивоварня.
Монастырь Вальдербах — бывшее мужское цистерцианское аббатство, располагавшееся на территории баварской общины Вальдербах и относившееся к епархии Регенсбурга; был основан около 1140 года; являлся филиалом монастыря Альдерсбах; был окончательно распущен в 1803 году — в ходе секуляризации в Баварии. Сегодня в его стенах располагается Окружной музей Вальдербах.
Монастырь Вальдзассен — бывшее мужское цистерианское аббатство, располагавшееся на территории баварского города Вальдзассен и относившееся к епархии Регенсбурга; обитель была основана около 1133 года маркграфом Дипольдом III фон Фобург; был впервые распущен в 1543 году и являлся лютеранским на протяжении трёх поколений; после восстановления был повторно распущен в 1803.
Монастырь Оттобойрен — бенедиктинское аббатство, располагающееся на территории баварской общины Оттобойрен (Швабия) и относящееся к Аугсбургской епархии; обитель, посвящённая Феодору Тирону, была основана в 764 году алеманнским дворянином по имени Силах; в 972 году, при императоре Оттоне I, монастырь стал имперским аббатством.