Лендерка — река в России и Финляндии, протекает по территории Муезерского района Республики Карелия.
Варгуно — река в России, протекает по Муезерскому району Карелии. Исток — озеро Варгуно 2-е. В нижнем течении протекает через озеро Верхнее. Впадает в озеро Салмиозеро — исток Салмы. Длина реки составляет 12 км.
Васка или Васкийоки — река в России, протекает по Карелии. Берёт исток из одноименного озера на высоте 222,3 м над уровнем моря. Река является левобережным притоком Койтайоки, впадает в неё на государственной границе. Длина реки составляет 32 км, площадь водосборного бассейна — 143 км².
Долгая — река в России, протекает по Муезерскому району Карелии.
Киви — река в России, протекает по Муезерскому району Карелии. Длина реки составляет 15 км, площадь водосборного бассейна 26,7 км². Река берёт своё начало из озера Корпи. Течёт в южном и юго-восточном направлении, протекая через Кивиозеро, Ермоозеро. Впадает в озеро Сула.
Килькон — река в России, протекает по Муезерскому району Карелии.
Мельничья, Колвас или Килвас — река в России, протекает по территории Муезерского района Карелии, впадает в Лексозеро. Длина реки — 14 км, площадь водосборного бассейна — 524 км². Берёт своё начало из озера Колвас, протекает через озёра: Ченус, Руогосельга, Лавансельга, Талвизлакши, плюс имеет приток, вытекающий из озера Струналампи.
Конди — река в России, протекает по Муезерскому району Карелии.
Кюно — река в России, протекает по Муезерскому району Карелии. Река берёт начало из озера Редъярви, протекает через озеро Кюно и впадает в озеро Киви, которое через озеро Вожъярви связано с Лексозером. Длина реки составляет 17 км, площадь водосборного бассейна — 220 км².
Лузингилакши или Лузингийоки — река в России, протекает по Муезерскому району Карелии.
Марья — река в России, протекает по Муезерскому району Карелии.
Мечелоут — река в России, протекает по Муезерскому району Карелии. Устье реки находится в 6 км по левому берегу реки Сулы. Длина реки составляет 10 км, площадь водосборного бассейна 104 км². В реку впадает правобережный приток — река Можоки.
Обжанка — река в России, протекает в Олонецком районе Республики Карелия. Длина реки составляет 26 км. Площадь водосборного бассейна — 230 км².
Омельянйоки — река в России, протекает по Муезерскому району Карелии.
Пе́нинга — река в России, протекает по Муезерскому району Карелии.
Рихилампи — река в России, протекает по Суоярвскому району Карелии. Впадает в озеро Кюляярви. Длина реки составляет 20 км, площадь водосборного бассейна — 90,1 км².
Хауге, в верхнем течении Келарви, — река в России, протекает по Муезерскому району Карелии.
Юдало — река в России, протекает по Муезерскому району Карелии.
Сула — река в России, протекает в Муезерском районе Карелии Берёт своё начало из Лексозера, протекает через Каргиозеро. На берегу этого озера расположен единственный населённый пункт вблизи реки — Кимоваара. Сула впадает в одноимённое озеро. Длина Сулы составляет 21 км, площадь водосборного бассейна 3760 км².
Колвас — озеро на территории Ребольского сельского поселения Муезерского района Республики Карелия.