Ви́рус — неклеточный инфекционный агент, который может воспроизводиться только внутри клеток. Вирусы поражают все типы организмов, от растений и животных до бактерий и архей. Обнаружены также вирусы, способные реплицироваться только в присутствии других вирусов (вирусы-сателлиты).
Ретрови́русы — семейство РНК-содержащих вирусов, заражающих преимущественно позвоночных. Наиболее известный и активно изучаемый представитель — вирус иммунодефицита человека.
Мимивирус — род вирусов, включающий в себя единственный вид Acanthamoeba polyphaga mimivirus (APMV), хозяевами которого являются амёбы рода Acanthamoeba.
Герпесви́русы — большое семейство ДНК-содержащих вирусов, вызывающее разнообразные болезни не только у человека и других млекопитающих, но и у птиц, рептилий, амфибий, рыб. Герпесвирусами болеет большинство населения нашей планеты.
Спу́тник — вирофаг, который способен заражать клетки (амёб) исключительно в присутствии вируса-хозяина, которым может быть мамавирус или другой мимивирус. Спутник также зависит от вируса-хозяина из-за отсутствия некоторых ферментов, ключевых для осуществления его жизненного цикла.
Лентивирусы — род вирусов из семейства ретровирусов (Retroviridae) с длительным инкубационным периодом.
Pandoravirus (лат.) — род вирусов из монотипного семейства Pandoraviridae. Включает 6 видов. Один из крупнейших известных вирусов.
Колимовирусы — семейство ДНК-содержащих вирусов растений с механизмом обратной транскрипции и двуцепочечной ДНК, то есть вирусов, содержащих стадию обратной транскрипции в своём репликативном цикле.
Парвовирусы — семейство самых мелких ДНК-содержащих сферических вирусов, лишенных липопротеидной оболочки. Вирионы имеют диаметр 18—26 нм и содержат 60 капсомеров, тип симметрии икосаэдрический Т1. Геном вируса содержит одноцепочечную ДНК, обычно имеющую две открытые рамки трансляции. Рамка считывания, расположенная на 5’-конце генома, кодирует неструктурные белки, а вирионные белки закодированы ближе к 3’-концу генома. На концах генома формируются шпилечные структуры.
Nucleocytoviricota (лат.) — тип вирусов эукариот, относимый к царству Bamfordvirae и включающий классы Megaviricetes и Pokkesviricetes. Также представители типа известны как крупные ядерно-цитоплазматические ДНК-содержащие вирусы или гигантские вирусы, поскольку отличаются очень большими геномами и крупными вирионами, достигающими от 200 нм до 1000 нм в диаметре, и, таким образом, сравнимы по этим параметрам с бактериями.
Вирофа́ги — группа вирусов, которые могут размножаться в клетках только в присутствии другого вируса (вируса-хозяина), однако имеющих более сложные геномы и вирионы, чем другие вирусы-сателлиты. Вирофаги имеют икосаэдрические капсиды, их геномы представлены двуцепочечными молекулами ДНК. Первые представители этой группы вирусов описаны в 2008 году, и к концу 2016 года было известно 18 геномов вирофагов, два из которых почти полностью секвенированы. Вирофаги обнаружены в самых разных местообитаниях — в глубоководных районах океанов и на суше; один вирофаг был выделен из жидкости для контактных линз, поэтому, возможно, вирофаги взаимодействуют и с организмом человека.
Гигантские вирусы — группа очень крупных вирусов, которые можно рассмотреть под световым микроскопом; по размерам не уступают бактериям, из-за этого сначала были отнесены к грамположительным бактериям. Их геномы чрезвычайно велики и часто содержат гены, кодирующие компоненты синтеза белка, что никогда не наблюдается у остальных вирусов; кроме того, некоторые гены, выявленные у представителей этой группы вирусов, неизвестны ни для каких иных организмов. Большинство гигантских вирусов имеют белковый капсид, характерный для остальных вирусов, однако некоторые гигантские вирусы окружены особым тегументом. Как правило, гигантские вирусы поражают протистов. На некоторых гигантских вирусах паразитируют вирофаги. Считается,[кем?] что для человека гигантские вирусы безвредны, однако появляется[где?] всё больше фактов, свидетельствующих об обратном.
Cedratvirus (лат.) — род гигантских вирусов из семейства Pithoviridae, имеющий вирионы яйцевидной формы. Cedratvirus отличается от других вирусов наличием двуслойных покровов.
Faustovirus (лат.) — гигантский вирус, который морфологически и генетически близок к двум другим гигантским вирусам, Pacmanvirus и Kaumoebavirus, а также вирусам семейства Asfarviridae. Faustovirus был выделен в 2015 году из протиста Vermamoeba vermiformis.
Medusavirus — гигантский вирус, поражающий амёбу Acanthamoeba castellanii. Имеет икосаэдрический капсид с необычными придатками, имеющими сферические наконечники. Морфологически и филогенетически Medusavirus сильно отличается от остальных гигантских вирусов, поэтому предлагается выделить его в отдельное семейство Medusaviridae.
Все известные на данный момент ви́русы архе́й имеют геномы, представленные ДНК: одноцепочечной или двухцепочечной, кольцевой или линейной. Недавно, однако, в горячих источниках Йеллоустонского национального парка, которые населены почти исключительно видом архей Sulfolobus solfataricus, с помощью метагеномики обнаружили вирусный РНК-геном, отдалённо напоминающий эукариотические РНК-содержащие вирусы, поэтому, возможно, существуют и РНК-содержащие вирусы архей.
Marseillevirus (лат.) — род гигантских вирусов из семейства Marseilleviridae. По состоянию на 2019 год в базе данных Международного комитета по таксономии вирусов (ICTV) зарегистрированы два вида, относящиеся к этому роду: Marseillevirus marseillevirus и Senegalvirus marseillevirus. Представители рода поражают амёб Acanthamoeba polyphaga.
Monodnaviria (лат.) — реалм ДНК-содержащих вирусов. Геном большинства членов реалма представлен кольцевой одноцепочечной ДНК, которая реплицируется по типу катящегося кольца, причём инициация репликации обеспечивается эндонуклеазой из суперсемейства HUH, закодированной в геномах Monodnaviria. В состав реалма также включаются вирусы, произошедшие от «типичных» Monodnaviria и имеющих либо линейный геном, представленный одноцепочечной ДНК, либо геном в виде кольцевой двуцепочечной ДНК.
Adnaviria (лат.) — реалм ДНК-содержащих вирусов, на июль 2020 года включающий единственный класс Tokiviricetes.
Finnlakeviridae (лат.) — семейство ДНК-содержащих бактериофагов неясного систематического положения. По состоянию на 2022 год в семейство входит единственный род Finnlakevirus, представленный единственным видом Flavobacterium phage FLiP. Этот вирус был описан в 2010 году и стал первым известным вирусом с геномом в виде одноцепочечной ДНК (оцДНК), который имеет внутреннюю мембрану. Длина генома Finnlakevirus составляет около 9,2 тысяч нуклеотидов. По геномной последовательности Finnlakevirus не демонстрирует сходства с какими-либо другими описанными вирусами.
