Койтайоки, или Койтаёки — река в России и Финляндии, протекает по территории Карелии и Северной Карелии соответственно.
Лендерка — река в России и Финляндии, протекает по территории Муезерского района Республики Карелия.
Варгуно — река в России, протекает по Муезерскому району Карелии. Исток — озеро Варгуно 2-е. В нижнем течении протекает через озеро Верхнее. Впадает в озеро Салмиозеро — исток Салмы. Длина реки составляет 12 км.
Васка или Васкийоки — река в России, протекает по Карелии. Берёт исток из одноименного озера на высоте 222,3 м над уровнем моря. Река является левобережным притоком Койтайоки, впадает в неё на государственной границе. Длина реки составляет 32 км, площадь водосборного бассейна — 143 км².
Войдома — река в России, протекает по Муезерскому району Карелии. Впадает в озеро Лендерское на реке Лендерке. Длина реки составляет 15 км, площадь водосборного бассейна 590 км².
- В 5,6 км от устья, по правому берегу реки впадает река Пюрика.
- В 0,3 км от устья, по левому берегу реки впадает река Мануноя.
Кескимйоки — река в России, протекает по территории Суоярвского района Карелии. Устье реки находится в 20 км по правому берегу реки Толвайоки. Длина реки составляет 17 км.
Килькон — река в России, протекает по Муезерскому району Карелии.
Конди — река в России, протекает по Муезерскому району Карелии.
Кюно — река в России, протекает по Муезерскому району Карелии. Река берёт начало из озера Редъярви, протекает через озеро Кюно и впадает в озеро Киви, которое через озеро Вожъярви связано с Лексозером. Длина реки составляет 17 км, площадь водосборного бассейна — 220 км².
Мурдойоки — река в России, протекает по Муезерскому району Карелии. Впадает в озеро Минсъярви, соединяющегося с озером Ровкульским, связанного протокой с Большим Ровкульским). Длина реки составляет 41 км, площадь водосборного бассейна 349 км².
- В 12 км от устья, по правому берегу реки впадает река Редунийоки.
- В 1,4 км от устья, по правому берегу реки впадает река Немийоки.
Немийоки — река в России и Финляндии, протекает по Муезерскому району Карелии.
Омельянйоки — река в России, протекает по Муезерскому району Карелии.
Пюрика — река в России, протекает по Муезерскому району Карелии.
Термант — река в России, протекает по Муезерскому району Карелии. Длина реки составляет 10 км, площадь водосборного бассейна — 46,2 км².
Толвайоки — река в России, протекает по территории Суоярвского района Карелии. Впадает в озеро Виксинселькя, в 1 км к северо-западу от нежилой деревни Меласельки. Длина реки составляет 25 км, площадь водосборного бассейна 479 км².
Хауге, в верхнем течении Келарви, — река в России, протекает по Муезерскому району Карелии.
Элин — река в России, протекает по Муезерскому району Карелии. Устье реки находится в 10 км по левому берегу реки Келарви. Длина реки составляет 11 км.
Сула — река в России, протекает в Муезерском районе Карелии Берёт своё начало из Лексозера, протекает через Каргиозеро. На берегу этого озера расположен единственный населённый пункт вблизи реки — Кимоваара. Сула впадает в одноимённое озеро. Длина Сулы составляет 21 км, площадь водосборного бассейна 3760 км².
Перти — река в России, протекает на юге Муезерском районе Карелии. Берёт своё начало из одноимённого озера. Длина реки Перти составляет 13 км. Хотя река протекает вдали от населённых пунктов, через неё переброшены несколько деревянных мостов. Река впадает в озеро Алинен-Айттоярви, расположенное на российско-финской границе, через которое протекает Койтайоки.
Нижнее — озеро на территории Пенингского сельского поселения Муезерского района Республики Карелия.