Систе́ма органи́ческого ми́ра — это систематическое описание всех существующих в настоящее время и существовавших ранее организмов.
Пелликула — особый тип покровов у некоторых протист. Представляет собой подстилающий плазмалемму слой плоских мембранных пузырьков ― альвеол. Наличие пелликулы рассматривается как синапоморфия Apicomplexa, Ciliophora и Dinoflagellata, которая позволяет объединять эти три группы в монофилетическую группу Alveolata.
Хроми́сты — большая группа эукариот, которой многие современные макросистематики придают ранг царства. К группе относятся организмы, чьи клетки включают другую эукариотическую клетку, в которой находится хлоропласт, а также эволюционные потомки таких организмов, утратившие эукариотического симбионта. Большинство организмов группы имеют автотрофный тип питания, остальные являются гетеротрофами или сапротрофами. Включает как микроскопические одноклеточные организмы, так и относительно крупные многоклеточные, например, представители рода бурых водорослей Macrocystis могут достигать длины 60 м.
Солнечники — группа протистов, которой долгое время придавали статус таксона, однако позднее с помощью электронной микроскопии и молекулярной филогенетики было показано, что такие организмы возникали в эволюции эукариот многократно. Характерной чертой солнечников является наличие лучевидных псевдоподий — аксоподий. Благодаря аксоподиям клетка имеет очертания, напоминающие солнечный диск с лучами, что и отражено в названии. Аксоподии служат солнечникам для питания, а часто и для передвижения. В отличие от радиолярий — другой группы протистов с аксоподиями, солнечники никогда не имеют внутриклеточного минерального скелета и центральной капсулы
Страменопилы, страминопилы, или гетероконтные, разножгутиковые организмы (лат. Heterokonta), — большая группа одноклеточных, колониальных и многоклеточных эукариотических организмов. Для фотосинтезирующих представителей характерно наличие хлорофиллов a, c1, c2, c3, а также фукоксантина или вашериоксантина. Длинный жгутик в норме покрыт трёхчастными мастигонемами (ретронемами).
Томас Кавалье-Смит (Кавалир-Смит) — английский биолог-эволюционист, профессор эволюционной биологии в Оксфордском университете. Основные публикации касаются классификации протистов. Автор таксономической системы, классифицирующей всех эукариот на два надцарственных монофилетических таксона — Unikonta и Bikonta.
Униконты, или одножгутиковые (лат. Unikonta), — монофилетический надцарственный таксон, предложенный Томасом Кавалье-Смитом. Подразделяется на заднежгутиковых (Opisthokonta) и амёбозоев (Amoebozoa). Unikonta вместе с сестринским таксоном Bikonta составляют домен эукариот.
Экскаваты — большая группа протистов. К данной группе принадлежит множество разнообразных видов: свободно живущих, симбиотических и паразитических, в том числе некоторые важные виды паразитов человека.
Лабири́нтулы, или лабиринтуломице́ты — класс протистов, относящихся к надтипу Heterokonta, или Stramenopiles. Включает около 40 видов — преимущественно морских гетеротрофных грибоподобных организмов.
Центрохелидные солнечники (лат. Centrohelida) — обширная группа эукариот, включающая подвижные и неподвижные формы, найденные в пресноводной и морской среде. Ранее их относили к солнечникам.
Амёбозои (лат. Amoebozoa) — крупная группа простейших, включающая в себя большинство одноклеточных, обычно передвигающихся при помощи образования ложноножек (псевдоподий), и имеющих трубчатые митохондриальные кристы. Многие классификации причисляют амёбозоев к типам царства Протисты или царства Простейшие. По классификации, одобренной Международным обществом протистологов , Amoebozoa считаются внеранговой супергруппой эукариот. Молекулярно-генетическое исследование подтвердило, что эта группа является монофилетической. На большинстве филогенетических деревьев амёбозои представлены как сестринская группа заднежгутиковых, вместе с которой она входит в старший таксон одножгутиковые.
Carpediemonas membranifera (лат.) — вид протистов из клады Metamonada группы экскават. Представляет собой небольшой жгутиконосец, который был первоначально изолирован от анаэробного приливного осадка. Группа отдалённо связана с дипломонадами.
Охрофи́товые во́доросли, или охрофи́ты , — клада одноклеточных, колониальных и многоклеточных водорослей, относящихся к страменопилам (Stramenopiles), или гетероконтам (Heterokonta). Классифицируются как отдел Ochrophyta или Heterokontophyta, либо как подотдел Ochrophytina в составе отдела Gyrista.
Кольподелли́ды (лат. Colpodellida) — клада родственных споровикам свободноживущих протистов из группы альвеолят, которой придают ранг отряда.
Sar, или SAR, также Harosa, — обширная клада эукариот, включающая страменопил, альвеолят и ризарий. Одноклеточные, многоклеточные и колониальные организмы; как автотрофы, так и гетеротрофы, очень различны по местообитанию и образу жизни. Описано более 60 тысяч видов.
Церкозои — тип протистов. Не имеют общих морфологических особенностей на микроскопическом уровне, поэтому определение осуществляется при помощи молекулярной филогении на основе рРНК, строения актина или полиубиквитина.
Retaria (лат.) — тип ризарий, объединяющий фораминифер и радиолярий. Существует спорное мнение о принадлежности к нему и Endomyxa.
Choanozoa — клада заднежгутиковых эукариот, включающая в себя животных и воротничковых жгутиконосцев (хоанофлагеллатов), считающихся их сестринским таксоном. Сестринские отношения между хоанофлагеллатами и животными имеют важное значение для изучения происхождения животных. Группа была выделена в 2015 году учёными Грэхэмом Баддом и Сёреном Дженсеном и имела название Apoikozoa. С 2018 года было рекомендовано название Choanozoa, так как Apoikozoa обозначает «создающие колонии», что не является отличительным признаком группы.
Haptista (лат.) — клада эукариот, которая объединяет центрохелидных солнечников и гаптофитовые водоросли. Филогенетические исследования показали, что Haptista и TSAR образуют сестринскую группу по отношению к Cryptista и Archaeplastida.
Diaphoretickes (лат.) — обширная клада эукариот. Группа включает архепластид (Archaeplastida), страменопил (Stramenopiles), альвеолят (Alveolata) и ризарий (Rhizaria), а также ряд других эукариот. Страменопилы, альвеоляты и ризарии объединяются в кладу Sar, получившую своё имя по первым буквам названий включённых в неё таксонов.
