Ю́лемисте — озеро в Таллине, расположено на территории микрорайона Юлемистеярве в южной части района Кесклинн. На озере есть один остров площадью 1,1 га.
Вильянди — озеро на южной окраине города Вильянди (Эстония).
Я́рлепа — продолговатое озеро в уезде Рапламаа, расположено в 10 км к востоку от посёлка Кохила около деревни Ярлепа. Площадь озера — 47,9 га. Длина озера 1570 м, ширина — 530 м. Максимальная глубина — 3,3 м. Берега преимущественно илистые или торфяные, более твёрдым дном характеризуется северный берег. Мощность донных отложений сапропеля достигает более 2 м. На северо-западе из озера вытекает ручей Пахкла (Ангерья), который затем впадает в реку Вяэна. С 1964 года озеро находится под охраной. В озере водятся плотва, окунь, золотой карась, щука, угорь, налим, колюшка девятииглая, линь.
Кыннуярв — овальное озеро в деревне Рабивере волости Кохила. Площадь озера 45 га. Площадь водосборного бассейна 308,7 км². Длина 260 м, ширина 240 м. Глубина до 4 м. С южного берега к озеру примыкает болото Кынну, которое образовалось вследствие зарастания озера. В 1961 году озеро и его окрестности были взяты под охрану. В 1981 году озеро вошло в состав Ландшафтного заповедника Рабивере. Озеро является самым популярным местом отдыха в пределах этой охраняемой территории. Основными негативными факторами влияющими на озеро являются замусоривание его берегов, создание несанкционированных парковок и мест для костра.
А́херуярв или Ка́нтиярв — пресноводное озеро на юге Эстонии в уезде Валгамаа в волости Тахева. В 3,5 км к западу от озера находится деревня Койккюла. Иногда озеро также называют озером Сууръярв.
Э́раствере — долинное сточное эвтрофное озеро, расположенное в юго-восточной Эстонии, в деревне Эраствере волости Канепи. Из озера Эраствере берёт начало река Ахья.
А́алупи — озеро на юго-востоке Эстонии в уезде Пылвамаа, располагается в пределах территории деревни Ребасте на юго-западе волости Канепи.
Ке́рну — деревня на севере Эстонии в волости Сауэ уезда Харьюмаа.
Ру́йла — деревня на севере Эстонии в волости Сауэ уезда Харьюмаа.
Ве́йсъярв — озеро на юге Эстонии, в волости Вильянди уезда Вильяндимаа. Площадь поверхности — 4,807 км².
Па́да — деревня в волости Виру-Нигула уезда Ляэне-Вирумаа, Эстония.
Ди́бю, ранее также Диби, Дийби и Дюбю, на местном наречии Ди́бе — деревня в волости Вормси уезда Ляэнемаа, Эстония. Расположена на острове Вормси.
Боррбю, также Бо́рбю, на местном наречии Бо́рбе (Borrbe) — деревня в волости Вормси уезда Ляэнемаа, Эстония. Расположена на острове Вормси.
Ка́йавере — проточное озеро на востоке материковой части Эстонии, располагается на территории деревни Отслава волости Тарту в уезде Тартумаа. Относится к водосборному бассейну реки Амме, левого притока Эмайыги.
Ка́лли — проточное озеро на востоке материковой части Эстонии, располагается на территории деревни Ахунапалу волости Кастре в уезде Тартумаа. Относится к водосборному бассейну реки Калли, правого притока Эмайыги.
Э́листвере — проточное озеро на востоке материковой части Эстонии, располагается на территории одноимённой деревни волости Тарту в уезде Тартумаа. Относится к водосборному бассейну реки Амме, левого притока Эмайыги.
У́льясте или Ульясти — эвтрофное озеро в северо-восточной части Эстонии. Располагается на территории деревни Ульясте волости Люганузе в уезде Ида-Вирумаа; к северной оконечности озера прилегает территория деревни Ульясте волости Винни уезда Ляэне-Вирумаа. Относится к бассейну реки Пада, впадающей в Финский залив. Входит в состав ландшафтного заповедника Ульясте.
У́дсу, Ко́ка или Ли́нси — олиготрофное озеро в южной части Эстонии. Располагается на территории деревни Ети волости Тырва в уезде Валгамаа. Относится к бассейну реки Ыхне.
Пи́йганди — олиготрофное озеро в юго-восточной части Эстонии. Располагается на территории одноимённой деревни волости Канепи в уезде Пылвамаа. Относится к бассейну Пюхайыги.
Ке́эма — проточное озеро на юго-востоке Эстонии. Располагается на территории деревни Кеэма волости Выру в уезде Вырумаа. Шестое по глубине среди озёр Эстонии. Входит в состав озёрной группы Кеэма, состоящей из семи небольших озёр. Относится к бассейну Мустйыги.
