Индонезия является, согласно действующей конституции, унитарной республикой и делится на провинции, которых в настоящее время насчитывается 38. В строгом понимании провинциями являются 36 из них, помимо которых существуют ещё две административно-территориальных единицы, приравниваемые по статусу к провинциям: особый столичный округ Джакарта и особый округ Джокьякарта. Провинция Ачех имеет особый статус автономии, предусматривающий, в частности, использование некоторых норм шариата, а статус шести провинций, расположенных на территории острова Новая Гвинея, предполагает особые условия для реализации прав коренного папуасского населения в социальной и культурной сферах.
Асмат — округ в составе индонезийской провинции Южное Папуа. Население округа составляет 76 577 человек. Столица округа — портовый городок Агатс, находящийся на берегу Арафурского моря. Большая часть населения — представители народа асматов. На территории округа нет крупных городов, местные жители проживают в селениях, население которых редко превышает 500 человек. В округе Асмат находятся знаменитые Асматские болота и Национальный парк Лоренц. В округе Асмат погиб знаменитый путешественник Майкл Рокфеллер. Считается, что он был убит жителями деревень Омасчанеп и Омадесеп.
Кеэром — округ, находящийся на крайнем востоке индонезийской провинции Папуа. Столица носит название Варис.
Каимана — округ индонезийской провинции Западное Папуа. Столица этого округа носит название Каимана. В округ Каимана входят четыре района: Буруваи, Каимана, Телук-Аргуни, Телук-Этна. Каимана занимает площадь 18 500 кв. км, а по переписи 2010 года его население составляло 46 249 человек; последняя официальная оценка составляет 60 216 человек. Административный центр - город Каимана. В регентстве говорят на языках майрази.
Телук-Бинтуни — округ, находящийся в центральной части индонезийской провинции Западное Папуа. Административный центр этого округа носит название Бинтуни. В округ Каимана входят такие районы, как Арандай, Бабо, Бинтуни, Фафувар, Идоор, Кури, Мердей, Москона Селатан, Москона Утара, Симури и Тембуни.
Телук-Вондама — округ, находящийся на востоке индонезийской провинции Западное Папуа. Столица этого округа, носящая название Расиеи и расположенная на западном побережье полуострова Васиор, является также административным центром одного из районов округа Телук-Вондама — Васиор Селатан. В этот округ входят такие районы, как:
- Румберпон;
- Вамеса;
- Васиор;
- Васиор Барат;
- Васиор Селатан;
- Васиор Утара;
- Виндеси.
Раджа-Ампат — округ, находящийся на западе индонезийской провинции Юго-Западное Папуа. Столица этого округа носит название Вайсай. В этот округ входят тринадцать районов.
По состоянию на начало 2020 года 98 населённых пунктов Индонезии имеют статус городов — ко́та. В соответствии с действующим законодательством, городской муниципалитет является автономной административно-территориальной единицей второго уровня и по своему статусу приравнивается к другой административно-территориальной единице второго уровня, округу — кабупа́тену. Город возглавляется мэром — валико́та, избираемым населением. Как и округ, он имеет выборный законодательный орган — Региональный совет народных представителей.
Западный Ачех — округ в провинции Ачех. Административный центр — город Меулабох.
Южный Ачех — округ в провинции Ачех. Административный центр — город Тапактуан.
Асахан — округ в провинции Северная Суматра. Административный центр — город Кисаран.
Мандайлингнатал — округ в провинции Северная Суматра. Административный центр — город Паньябунган.
Симёлуэ — округ в провинции Ачех Индонезии, расположенный на одноимённом острове. Административный центр — город Синабанг.
Южное Тапанули — округ в провинции Северная Суматра. Административный центр — город Сипирок.
Кампар — округ в провинции Риау. Административный центр — город Банкинанг.
Острова Меранти — округ в провинции Риау. Административный центр — город Селат-Панджанг.
Мерангин — округ в провинции Джамби. Административный центр — город Бангко.
Варопен — округ в индонезийской провинции Папуа. Административный центр округа — деревня Ботава.
Бовендигул — округ в составе индонезийской провинции Южное Папуа. Округ отделился от округа Мерауке 12 ноября 2002 года. Округ занимает площадь 27108 км2 с населением 55784 человек по переписи 2010 года; последняя официальная оценка — 52527 человек. Административным центром является город Танахмерах.
Яхукимо — округ в составе индонезийской провинции Папуа-Пегунунган. Площадь — 15 057,90 км², население — 187 021 (2017 г.).