Эстонская академия наук имеет государственный статус и является группой эстонских учёных, чьей заявленной целью является продвигать научные исследования и разработки, увеличивать международное научное сообщество и распространять знания среди общественности. На июнь 2006 года в Академии состоят 57 полных членов и 15 иностранных членов. С ноября 2014 года президентом Академии является математик Тармо Соомере.
Ханс Хансович Кру́ус — советский и эстонский историк, государственный деятель, министр иностранных дел Эстонской ССР (1946—1950), член-корреспондент АН СССР по Отделению истории и философии (1946), академик и первый президент Академии наук Эстонской ССР (1946). Специалист по истории Эстонии и Прибалтики XIII—XX веков. Заслуженный деятель науки Эстонской ССР (1945).
Харри Альбертович Мо́ора — эстонский и советский археолог и историк.
Эра́ст Ха́нсович Па́рмасто — советский и эстонский миколог, академик АН Эстонии, Заслуженный деятель науки Эстонской ССР, специалист по филогении грибов, а также по микофлоре тропических регионов. Почётный гражданин Тарту.
Аугуст Вага — эстонский и советский фитоценолог и геоботаник, академик АН Эстонской ССР (1954), чл.-корр. с 1946 года.
Хаберман, Харальд Мартович — эстонский и советский энтомолог, гидробиолог и политик, академик АН ЭССР, академик-секретарь Отделения биологических и медицинских наук АН ЭССР, директор Института зоологии и паразитологии АН ЭССР. Почётный гражданин Тарту.
Ханс-Вольдемар Хартмутович Трасс — советский и эстонский ботаник, член-корреспондент Эстонской академии наук (1975), доктор биологических наук (1969), профессор (1970), председатель Эстонского общества естествоиспытателей.
Алекса́ндр Никола́евич Гаври́лов — советский и эстонский онколог; основатель клинической онкологии в Эстонии; заведующий онкологическим сектором Института экспериментальной и клинической медицины Академии наук ЭССР; член президиума Всесоюзного общества онкологов; основатель и многолетний председатель Эстонского онкологического научного общества; заслуженный врач Эстонской ССР.
Освальд Густавович Халлик — советский учёный в области почвоведения и агрохимии, член-корреспондент ВАСХНИЛ (1956).
Вольдемар Мадисович Вади — эстонский советский учёный в области медицины. Член-корреспондент АМН СССР (1945), академик АН Эстонской ССР (1946).
Юхан Ваабель — эстонский советский учёный в области права. Академик АН Эстонской ССР (1946).
Артур Хейнрихович Луха — эстонский советский учёный в области геологии. Академик АН Эстонской ССР (1946).
Фердинанд Лая — эстонский советский учёный в области ветеринарии. Академик АН Эстонской ССР (1946).
Чеслав Брониславович Лущик — советский и эстонский физик, член Эстонской академии наук (1989), заслуженный деятель науки Эстонской ССР (1988).
Павел Александрович Боговский — советский и эстонский онколог-патоморфолог, член-корреспондент Академии медицинских наук СССР (1965), заслуженный деятель науки Эстонской ССР (1977), действительный член Эстонской академии наук (1993). Входит в список 100 великих деятелей Эстонии XX века.
Ю́хан Макси́мович Пе́эгель — эстонский журналист, учёный-лингвист, писатель. Член-корреспондент АН Эстонской ССР (1977).
Анто Викторович Раукас — советский и эстонский учёный-геолог, спортсмен и спортивный деятель. Академик АН Эстонской ССР (1987).
Фред Оттович Куду — советский эстонский легкоатлет и тренер по лёгкой атлетике, заслуженный тренер СССР (1964).
Март Борисович Устав — эстонский и советский учёный в области биоорганической химии. Член Эстонской академии наук (2001).
Юхан Михкелевич Ауль — эстонский и советский антрополог, зоолог, евгенист, педагог, профессор, доктор биологических наук (1938). Основоположник эстонской антропологии.
