Нерль — река в Ярославской, Ивановской и Владимирской областях России, левый приток реки Клязьмы. Для отличия от одноимённой реки, впадающей в Волгу, иногда применяются уточняющие названия — «Нерль Малая», «Нерль Клязьменская».
Ша́ха — река в Александровском и Юрьев-Польском районах Владимирской области и Переславском районе Ярославской области. Длина реки — 65 км. Площадь водосборного бассейна — 429 км². Устье реки находится в 207 км по правому берегу реки Нерль.
Са́бля — река в России, протекает по Ярославской и Тверской областям. Устье реки находится в 30 км по правому берегу реки Нерль. Длина реки составляет 78 км, площадь водосборного бассейна — 871 км².
Богдановка — река в России, протекает по Ильинскому району Ивановской области. Длина реки — 18 км, площадь водосборного бассейна — 54,5 км².
Даниловка — река в России, протекает по Ивановской области. Устье реки находится в 45 км от устья Ухтомы по правому берегу. Исток реки — на границе Ильинского района Ивановской области и Ярославской области. Длина реки составляет 26 км, площадь водосборного бассейна — 98,2 км². Не судоходна.
Желтуха (Печегда) — река в России, протекает в основном в Гаврилово-Посадском районе Ивановской области. Исток и первые два километра течения в Юрьев-Польском районе Владимирской области. Устье реки находится в 142 км по правому берегу реки Нерль. Длина реки составляет 15 км, площадь водосборного бассейна — 68,7 км².
Ирмес, встречается также название Ирспис — река в России, протекает по Ивановской и Владимирской областях.
Курка — река в России, протекает по Ивановской области. Устье реки находится в 81 км по правому берегу реки Нерль. Исток в 1,5 км северо-западнее населённого пункта Шухра Шекшовского сельского поселения Гаврилово-Посадского района Ивановской области. Длина реки составляет 13 км. Не судоходна.
Незванка, иначе Названка — река в России, протекает по Ивановской области. Устье реки находится в 118 км от устья Нерли по левому берегу. Исток теряется в лесах Тейковского района Ивановской области. Длина реки составляет 12 км. Не судоходна.
Печуга — река в России, протекает по Суздальскому и Камешковскому районам Владимирской области. Устье реки находится в 32 км от устья реки Нерль по левому берегу. Длина реки составляет 34 км, площадь водосборного бассейна — 423 км².
Подыкса — река во Владимирской области России. Устье реки находится в 76 км от устья Нерли по левому берегу. Длина реки составляет 35 км, площадь водосборного бассейна — 255 км².
Сахта, иначе Сохта — река в России, протекает по Ивановской области. Устье реки находится в 21 км по правому берегу реки Ухтома. Длина реки составляет 32 км, площадь водосборного бассейна — 238 км². Исток — в одноимённом болоте Сахта, расположенном на границе Ильинского района Ивановской области и Ярославской области.
Селекша — река в России, протекает по территории Юрьево-Польского района Владимирской области. Устье реки находится в 159 км от устья Нерли по правому берегу. Длина реки составляет 68 км, площадь водосборного бассейна — 395 км².
Синюха (Булгаковка) — река в России, протекает по Ивановской области. Устье реки находится в 82 км от устья Нерли по левому берегу, в Гаврилово-Посадском районе. Исток реки — в лесах Тейковского района Ивановской области. Длина реки составляет 14 км. Не судоходна.
Туга — река в России, протекает по Ивановской области. Устье реки находится в 130 км по левому берегу реки Нерль, в Гаврилово-Посадском районе. Исток у села Крапивново Тейковского района Ивановской области. Длина реки составляет 18 км, площадь водосборного бассейна — 103 км². Не судоходна.
Уечка — река в России, протекает в Суздальском и Камешковском районах Владимирской области. Исток находится на 1 км к северо-востоку от деревни Ляховицы. Река течёт на юго-восток, протекает мимо деревень Песочное, Пруды, Санино. Устье реки находится в 7 км по правому берегу притока Нерли реки Печуга, между деревнями Дмитриково и Зауречье. Длина реки составляет 12 км.
Уловка — река в России, протекает в Суздальском районе Владимирской области. Устье реки находится в 16 км по правому берегу реки Нерль. Длина реки составляет 14 км.
Ухтома — река в России, протекает по Ивановской области. Устье реки находится в 148 км по левому берегу реки Нерль. Исток реки — в лесах Ярославской области на границе с Ильинским районом Ивановской области. Длина реки составляет 71 км, площадь водосборного бассейна — 1220 км².
Шора — река в России, протекает в Комсомольском и Ильинском районах Ивановской области. Устье реки находится в 23 км по правому берегу реки Сухода. Длина реки составляет 18 км, площадь водосборного бассейна — 87,8 км².
Шоса — река в России, протекает по Юрьев-Польскому району Владимирской области. Устье реки находится в 192 км по правому берегу реки Нерль. Длина реки составляет 14 км.