Масю — бессточное кратерное озеро в восточной части японского острова Хоккайдо. Располагается на территории округа Кусиро в префектуре Хоккайдо. Входит в состав национального парка Акан.
Инава́сиро — четвёртое по величине озеро Японии, располагается в центральной части префектуры Фукусима на острове Хонсю. Акватории озера является охраняемой природной территорией и входит в состав национального парка Бандай-Асахи.
Тадзава — кратерное озеро в Японии.
Куття́ро — кратерное озеро на востоке японского острова Хоккайдо. Располагается на территории округа Кусиро в восточной части префектуры Хоккайдо. Относится к бассейну Тихого океана. Входит в состав национального парка Акан.
Саро́ма — солоноватое лагунное озеро на северо-восточном берегу японского острова Хоккайдо. Располагается на территории округа Охотск в префектуре Хоккайдо. Относится к бассейну Охотского моря, сообщаясь с ним через пролив на северо-западе. Вместе с озёрами Ноторо, Тофуцу и Абасири входит в состав квазинационального парка Абасири.
Накауми — солоноватое лагунное озеро на севере юго-западной части японского острова Хонсю. Располагается на границе префектур Симане и Тоттори. Относится к бассейну Японского моря, сообщаясь с ним на северо-востоке через пролив Накаэносето (Сакай), впадающий в бухту Михо.
Синдзи — солоноватое озеро лагунного происхождения на севере юго-западной части японского острова Хонсю. Располагается на территории префектуры Симане. Относится к бассейну Японского моря, сообщаясь с ним на северо-востоке через канал Сада-Гава, впадающий в бухту Этомо. Седьмое по площади озеро Японии.
Аба́сири — солоноватое озеро лагунного происхождения на востоке японского острова Хоккайдо. Располагается на территории округа Охотск в префектуре Хоккайдо. Относится к бассейну Охотского моря, сообщаясь с ним через реку Абасири на северо-востоке, впадающую в залив Абасири. Вместе с озёрами Ноторо, Тофуцу и Сарома входит в состав квазинационального парка Абасири. В озеро впадают реки Абасири, Мемамбецу и Томаппу.
Акке́си — солоноватое лагунное озеро юго-восточного побережья японского острова Хоккайдо. Располагается на территории округа Кусиро в префектуре Хоккайдо. Относится к бассейну Тихого океана, сообщаясь с ним через пролив на западе, впадающий в бухту Аккеси.
Дзюсан или Дзюсан-Ко (яп. 十三湖 дзю:сан-ко) — солоноватое лагунное озеро западного побережья полуострова Цугару на севере японского острова Хонсю. Располагается на территории префектуры Аомори. Относится к водосборному бассейну Японского моря, сообщаясь с ним через пролив шириной 250 м на северо-западе. В 1959 году через пролив был перекинут деревянный мост, в 1979 заменён на бетонный.
Куттяро — солоноватое озеро лагунного происхождения на северо-восточном побережье северной части японского острова Хоккайдо. Располагается на территории округа Соя в префектуре Хоккайдо. Относится к бассейну Охотского моря, сообщаясь с ним через реку Куттяро на востоке.
Акан — пресноводное горное озеро в восточной части японского острова Хоккайдо. Располагается на территории округа Кусиро в префектуре Хоккайдо. Относится к бассейну Тихого океана. Сток из озера идёт на юго-восток через реку Акан, впадающую в залив у города Кусиро. Входит в состав национального парка Акан.
Тюдзендзи — пресноводное горное озеро на северо-востоке центральной части японского острова Хонсю. Располагается на территории префектуры Тотиги. Входит в состав национального парка Никко. Относится к бассейну реки Тоне. Сток из озера идёт на восток через реку Дайя, впадающую в Кину.
Юноко — горное озеро на северо-востоке центральной части японского острова Хонсю. Располагается на территории префектуры Тотиги. Входит в состав национального парка Никко. Относится к бассейну реки Тоне. Сток из Юноко идёт на юг через реку Юкава, впадающую в озеро Тюдзендзи.
Ике́да — пресноводное кратерное озеро юго-восточной оконечности полуострова Сацума на юге японского острова Кюсю. Располагается на территории префектуры Кагосима. Входит в состав национального парка Кирисима-Яку. Относится к водосборному бассейну Восточно-Китайского моря. Сток из озера идёт на юг через реку, впадающую в залив у населённого пункта Кавадзири.
Тофуцу — лагунное озеро на востоке японского острова Хоккайдо. Располагается на территории округа Охотск в префектуре Хоккайдо. Относится к бассейну Охотского моря, сообщаясь с ним на северо-западе через протоку, впадающую в залив Абасири. Вместе с озёрами Ноторо, Абасири и Сарома входит в состав квазинационального парка Абасири.
Инбанума — пресноводное озеро на востоке центральной части японского острова Хонсю. Располагается на территории префектуры Тиба. Входит в состав префектурного природного парка Инба-Тега.
Комуке-То — солоноватоводное эвтрофное озеро на северо-восточном побережье японского острова Хоккайдо. Располагается на территории округа Охотск в префектуре Хоккайдо. Относится к бассейну Охотского моря, сообщаясь с ним через пролив на северо-востоке. В 1987 году на базе озера создана одноимённая особо охраняемая природная территория.
Онума — пресноводное эвтрофное озеро на юге западной части японского острова Хоккайдо. Располагается на территории округа Осима в префектуре Хоккайдо. Входит в состав одноимённой особо охраняемой природной территории площадью 158,2 км², учреждённой в 1982 году.
Онума — пресноводное дистрофное озеро на побережье северной оконечности японского острова Хоккайдо. Административно располагается на территории города Вакканай, входящего в состав округа Соя в префектуре Хоккайдо Относится к бассейну реки Коэтои-Гава, впадающей в залив Соя. В 1993 году на базе озера создана особо охраняемая природная территория площадью 8,54 км².