Штамм — чистая культура бактерий, грибов, и иных микроорганизмов, а также вирусов и прионов, выделенная из определённого источника и идентифицированная по тестам современной классификации. Поскольку многие микроорганизмы размножаются бинарным делением или митозом, без участия полового процесса, по существу, виды у таких микроорганизмов состоят из клональных линий, генетически и морфологически идентичных исходной клетке. Штамм не является таксономической категорией, один и тот же штамм не может быть выделен второй раз из того же источника в другое время.
Кал, фека́лии, также экскреме́нты — совокупность отходов жизнедеятельности и непереваренных остатков пищи животных и человека, выделяемых во внешнюю среду из дистального окончания кишечника в процессе акта дефекации.
Бактерии группы кишечной палочки (БГКП), также колиморфные или колиформные бактерии — условно выделяемая по морфологическим и культуральным признакам группа бактерий семейства энтеробактерий, используемая санитарной микробиологией в качестве маркера фекальной контаминации; относятся к группе так называемых санитарно-показательных микроорганизмов. К бактериям группы кишечных палочек относят представителей родов Escherichia, Citrobacter, Enterobacter, которые объединены в одно семейство Enterobacteriaceae благодаря общности морфологических и культуральных свойств. Колиморфные бактерии различаются ферментативными свойствами и антигенной структурой.
Плазми́ды — небольшие молекулы ДНК, физически обособленные от хромосом и способные к автономной репликации. Главным образом плазмиды встречаются у бактерий, а также у некоторых архей и эукариот. Чаще всего плазмиды представляют собой двухцепочечные кольцевые молекулы. Несмотря на способность к размножению, плазмиды, как и вирусы, не рассматриваются в качестве живых организмов.
Конъюга́ция — однонаправленный перенос части генетического материала при непосредственном контакте двух бактериальных клеток. Открыт в 1946 году Джошуа Ледербергом и Эдвардом Татумом. Явление конъюгации было открыто и хорошо изучено у кишечной палочки, но в дальнейшем конъюгация была описана у множества как грамположительных, так и грамотрицательных бактерий. Посредством конъюгации бактерии обмениваются генетическим материалом, поддерживая своё генетическое разнообразие.
Антимикробные пептиды – молекулы, состоящие из 12–50 аминокислотных остатков, обладающие антимикробной (антибактериальной) активностью, являющиеся ключевым компонентом систем иммунной защиты организмов.
Шигеллы — род грамотрицательных палочковидных бактерий, не образующих спор. По происхождению близки к Escherichia coli и Salmonella. Для человека и приматов являются возбудителями болезней из группы шигеллёзов.
Escherіchіa colі O157:H7 — энтерогеморрагический штамм бактерии Escherichia coli; частая причина пищевых отравлений.
Деление прокариотических клеток — процесс образования дочерних прокариотических клеток из материнской. Ключевыми событиями клеточного цикла как прокариот, так и эукариот являются репликация ДНК и деление клетки. Отличительной чертой деления прокариотических клеток является непосредственное участие реплицированной ДНК в процессе деления. В подавляющем большинстве случаев прокариотические клетки делятся с образованием двух одинаковых по размеру дочерних клеток, поэтому этот процесс ещё иногда называют бинарным делением. Так как чаще всего прокариотические клетки имеют клеточную стенку, бинарное деление сопровождается образованием септы — перегородки между дочерними клетками, которая затем расслаивается посередине. Процесс деления прокариотической клетки подробно изучен на примере Escherichia coli.
Долговременный эксперимент по эволюции E. coli — уникальный эксперимент по эволюции бактерии Escherichia coli в искусственных условиях, проводимый группой под руководством Ричарда Ленски в университете штата Мичиган. В процессе эксперимента прослежены генетические изменения, происходившие в 12 популяциях E. coli на протяжении более чем 60000 поколений. Эксперимент начался 24 февраля 1988 года и продолжается более 30 лет.
Кише́чная па́лочка — вид грамотрицательных палочковидных бактерий, широко распространённых в нижней части кишечника теплокровных животных. Большинство штаммов E. coli являются безвредными, однако серотип O157:H7 может вызывать тяжёлые пищевые отравления у людей и животных. Безвредные штаммы являются частью нормальной флоры кишечника человека и животных. Кишечная палочка приносит пользу организму хозяина, например, синтезируя витамин K, а также предотвращая развитие патогенных микроорганизмов в кишечнике.
Коли-инфекция — группа инфекционных болезней, вызываемых патогенными серотипами кишечных палочек. Наиболее часто эти бактерии вызывают острые кишечные расстройства, а у детей раннего возраста и у ослабленных лиц могут также явиться причиной поражения мочевыводящих путей, иногда - развития холецистита, менингита, сепсиса. Различают энтеропатогенную, энтеротоксигенную, энтероинвазивную, энтерогеморрагическую, энтероадгезивную инфекцию и другие инфекции. Наиболее частые возбудители диареи путешественников.
Escherichia coli O104:H4 — высоко патогенный энтерогеморрагический штамм кишечной палочки, до 2011 года редкий в Европе. Инфицирование этим штаммом вызывает гемолитико-уремический синдром. В мае—июне 2011 года штамм вызвал пищевые отравления в Германии, а также в ряде других стран.
Биоплёнка — множество (конгломерат) микроорганизмов, расположенных на какой-либо поверхности, клетки которых прикреплены друг к другу. Обычно клетки погружены в выделяемое ими внеклеточное полимерное вещество — слизь. Развитие биоплёнки, а иногда и саму биоплёнку также называют биообрастанием. Термин «биоплёнка» определяется по-разному, но в целом можно сказать, что биоплёнка — обладающее пространственной и метаболической структурой сообщество (колония) микроорганизмов, расположенных на поверхности раздела сред и погружённых во внеклеточный полимерный матрикс. Обычно биоплёнки образуются в контакте с жидкостями при наличии необходимых для роста веществ. Поверхность, к которой прикреплена биоплёнка, может быть как неживой (камни), так и поверхностью живого организма. Считается, что 95-99% всех микроорганизмов в естественной среде существует в виде биоплёнки.
Эпидемия заболевания, вызванная патогенным штаммом кишечной палочки — эпидемия в Европе, вызванная штаммом e.coli O104:H4. Штамм O104:H4 привёл к многочисленным случаям гемолитико-уремического синдрома в Германии и других странах Европейского союза. С 30 мая 2011 года Россия ввела полный запрет на ввоз овощей из Испании и Германии. 8 июня поступила информация, что Главный санитарный врач РФ Геннадий Онищенко приостановил ввоз на территорию РФ и оборот ягод, произведенных в странах ЕС после 15 апреля 2011 г.. Под запрет попали земляника и клубника, клюква, черника, брусника и некоторые другие ягоды. Кишечная эпидемия вызвала «овощной психоз» в Европе. Из-за эпидемии потребление свежих овощей в Германии резко снизилось. 22 июня эмбарго на ввоз в Россию овощей из Европы было снято.
Vero — линия клеток, используемая для культивирования. Была получена из эпителия почки, взятой у африканской зеленой мартышки 27 марта 1962 года Ясумурой и Кавакитой в университете города Тиба. Культура клеток была названа эсп. vero — истина, как аббревиатура от эсп. verdo — зелёный цвет и эсп. reno — почка.
Систе́ма токси́н-антитокси́н — набор двух и более тесно связанных генов, которые в совокупности кодируют и белок-«яд», и соответствующее ему «противоядие». Когда такая система локализована на плазмиде, то в результате деления исходной клетки, содержащей плазмиду, дочерняя клетка выживет только в том случае, если унаследует плазмиду. Если дочерняя клетка лишена плазмиды, то нестабильный антитоксин, унаследованный с цитоплазмой матери, разрушается, а стабильный токсичный белок убивает клетку; это явление получило название «постсегрегационное убийство». Системы токсин-антитоксин широко распространены среди прокариот, и зачастую один прокариотический организм содержит множество копий таких систем.
Caedibacteria (лат.) — род бактерий, являющихся симбионтами инфузорий. В цитоплазме инфузорий образуют так называемые каппа-частицы, внутри которых при определенных условиях образуются R-тела, что придает инфузориям-хозяевам свойства киллеров.
Цефтаролин — антибиотик класса цефалоспоринов V поколения.
Пангено́м, также супрагеном — совокупность всех генов рассматриваемой группы организмов, для которой возможно генетическое разнообразие между близкородственными штаммами или экотипами. Пангеном объединяет набор генов всех штаммов, составляющих кладу: вид, род или таксон более высокого порядка. Традиционно понятие пангенома применяется к видам бактерий и архей.
