Убиквитин

Перейти к навигацииПерейти к поиску
Убиквитин
Структура убиквитина. Боковые цепи семи остатков лизина показаны жёлтым
Структура убиквитина. Боковые цепи семи остатков лизина показаны жёлтым
Идентификаторы
Символ ubiquitin
PfamPF00240
InterProIPR000626
PROSITEPDOC00271
SCOP1aar
SUPERFAMILY1aar
Доступные структуры белков
Pfamструктуры
PDBRCSB PDB; PDBe; PDBj
PDBsum3D-модель
Логотип Викисклада Медиафайлы на Викискладе

Убиквити́н (от англ. ubiquitous — «вездесущий») — небольшой (8,5 кДа) консервативный белок эукариот, участвующий в регуляции процессов внутриклеточной деградации других белков, а также в модификации их функций. Он присутствует почти во всех тканях многоклеточных эукариот, а также у одноклеточных эукариотических организмов. Убиквитин был открыт в 1975 году Гидеоном Голдштейном с соавторами[1] и охарактеризован в 70—80-х годах XX века[2]. В геноме человека есть четыре гена, кодирующих убиквитин: UBB, UBC, UBA52 и RPS27A[3].

Убиквитинирование — это посттрансляционное присоединение ферментами убиквитинлигазами одного или нескольких мономеров убиквитина с помощью ковалентной связи к боковым аминогруппам белка-мишени. Присоединение убиквитина может оказывать различное воздействие на белки-мишени: оно влияет на внутриклеточную локализацию, оказывает воздействие на их активность, способствует или препятствует белок-белковым взаимодействиям[4][5][6]. Однако первой открытой функцией убиквитина стала протеолитическая деградация белков, помеченных полиубиквитиновыми цепями (в них последующие убиквитиновые звенья присоединяются к боковым аминогруппам предыдущей молекулы убиквитина), с помощью протеасомы 26S. Убиквитин регулирует и такие важные процессы, как пролиферация, развитие и дифференцировка клеток, реакция на стресс и патогены, репарация ДНК.

В 2004 году Аарон Чехановер, Аврам Гершко и Ирвин Роуз были удостоены Нобелевской премии по химии «за открытие убиквитин-опосредованной деградации белка»[7].

История открытия

3D-представление поверхности молекулы убиквитина

Убиквитин (первоначально названный ubiquitous immunopoietic polypeptide — повсеместно встречающийся полипептид, ответственный за иммунопоэз) впервые был идентифицирован в 1975 году[1] как белок с неизвестной функцией, имеющий массу 8,5 кДа и присутствующий во всех эукариотических клетках.

Гены убиквитина

У млекопитающих (в том числе, у человека) есть 4 различных гена, кодирующих убиквитин. Каждый из генов UBA52 и RPS27A кодирует единичную копию убиквитина в составе полибелка (полипептида, состоящего из предшественников нескольких белков, которые впоследствии разделяются в результате ограниченного протеолиза перемычек между ними): продукт гена UBA52 первоначально синтезируется как убиквитин, «пришитый» к рибосомному белку L40, а продукт гена RPS27A как убиквитин, «пришитый» к S27a. Гены UBB и UBC кодируют несколько копий убиквитина в составе полибелков-предшественников[3].

Убиквитинирование

Убиквитинирующая ферментная система (на схеме показана лигаза E3, содержащая RING-домен)

Убиквитинирование (также известное как убиквитилирование) — это ферментативная посттрансляционная модификация (ПТМ), заключающаяся в присоединении убиквитина к белковому субстрату. Чаще всего присоединение происходит с образованием изопептидной связи между карбоксильной группой последнего аминокислотного остатка убиквитина (глицин-76) и аминогруппой боковой цепи остатка лизина белка-субстрата.

Разнообразие убиквитиновых модификаций

Убиквитинирование влияет на клеточные процессы, регулируя деградацию белков (через протеасомы и лизосомы), координируя субклеточную локализацию[англ.] белков, их активацию и инактивацию и модулируя белок-белковые взаимодействия[4][5][6]. Эти воздействия опосредуются различными типами убиквитинирования белков-субстратов, например, присоединением к субстрату единственной молекулы убиквитина (моноубиквитинирование) или присоединением разнообразных убиквитиновых цепочек (полиубиквитинирование)[8].

Моноубиквитинирование

Моноубиквитинирование — это присоединение одной молекулы убиквитина к белку-субстрату. Множественное моноубиквитинирование (мультиубиквитинирование) — это присоединение нескольких одиночных молекул убиквитина к отдельным остаткам лизина в белке-субстрате. Моноубиквитинирование и полиубиквитинирование одних и тех же белков может иметь для них различные последствия. Считается, что перед образованием полиубиквитиновых цепочек необходимо присоединить единственную молекулу убиквитина[8].

Полиубиквитинирование

Диубиквитин, образованный присоединением C-концевого остатка глицина к остатку лизина-48. Оранжевым цветом обозначена связь между двумя убиквитиновыми цепочками
Диубиквитин, образованный присоединением C-концевого остатка глицина к остатку лизина-63. Оранжевым цветом обозначена связь между двумя убиквитиновыми цепочками

Полиубиквитинирование — это образование полиубиквитиновых цепочек на единственном остатке лизина белка-субстрата. После присоединения самого первого остатка убиквитина к белку-субстрату следующие молекулы убиквитина могут присоединяться к первой; в результате образуется полиубиквитиновая цепочка[8]. Эти цепочки формируются посредством образования изопептидной связи между карбоксильной группой С-концевого остатка глицина одной молекулы убиквитина и аминогруппой другой молекулы убиквитина, уже связанной с белком-субстратом. Убиквитин имеет семь остатков лизина и N-конец, которые могут служить точками присоединения последующих молекул убиквитина: это остатки лизина в положениях K6, K11, K27, K29, K33, K48 и K63. Первыми были идентифицированы, и поэтому лучше остальных охарактеризованы, полиубиквитиновые цепочки, образованные связями с остатками лизина-48. Цепочки, связанные через лизин-63, также достаточно полно охарактеризованы, в то время как функция цепочек, связанных через другие остатки лизина, смешанных и разветвлённых цепочек, N-терминальных линейных цепочек и гетерологичных цепочек (состоящих из убиквитина вперемежку с другими убиквитин-подобными белками) остаётся не вполне ясной[8][9][10][11][12].

При помощи полиубиквитиновых цепочек, образованных связью через остаток лизина-48, помечаются белки-мишени, подлежащие протеолитическому распаду.

Полиубиквитиновые цепочки, образованные связью через остаток лизина-63, не связаны с протеасомальной деградацией белка-субстрата. Напротив, эти полиубиквитиновые цепочки играют ключевую роль в координации других процессов, таких как направленный эндоцитоз, воспаление, трансляция и репарация ДНК[13].

Меньше известно об атипичных полиубиквитиновых цепочках (не связанных через остатки лизина-48), но начато исследование, направленное на изучение их роли в клетках[10]. Имеются свидетельства, подтверждающие, что атипичные цепочки, образованные связью через остатки лизина 6, 11, 27, 29, и N-терминальные цепочки могут индуцировать протеасомальную деградацию белков[14][15].

Известно о существовании разветвлённых полиубиквитиновых цепочек, содержащих связи многих типов[16]. Функция этих цепочек неизвестна[17].

Структура полиубиквитиновых цепочек

Полиубиквитиновые цепочки, образованные связями различных типов, оказывают специфичное влияние на белки, к которым они присоединены. Специфика этого влияния обусловлена различиями в конформации белковых цепочек. Полиубиквитиновые цепочки, образованные связями через остатки лизина в положениях 29, 33[18], 63, и N-терминальные цепочки по большей части имеют линейную структуру, известную как «цепочки открытой конформации» (open-conformation chains). Цепочки, образованные связями через остатки K6, K11 и K48, образуют закрытую конформацию (closed conformations). Молекулы убиквитина в линейных цепочках не взаимодействуют друг с другом, за исключением соединяющих их ковалентных изопептидных связей[англ.]. Напротив, цепочки с закрытой конформацией имеют на своей поверхности остатки аминокислот, способные взаимодействовать друг с другом. При изменении конформации полиубиквитиновых цепочек одни части молекул убиквитина выставляются наружу, а другие скрываются внутри глобул, поэтому различные связи распознаются белками, специфичными по отношению к уникальным топологиям, характерным для данных связей. Белки, связывающие убиквитин, имеют убиквитинсвязывающие домены (англ. Ubiquitin Binding Domains, UBDs). Расстояния между отдельными субъединицами убиквитина в цепочках, образованных связями через лизин-48, и в цепочках, связанных через лизин-63, отличаются друг от друга. Убиквитинсвязывающие белки используют это свойство, чтобы различать разные типы цепочек: более короткие спейсеры между мотивами, взаимодействующими с убиквитином,[англ.] позволяют связывать лизин-48-связанные (компактные) полиубиквитиновые цепочки, а более длинные — лизин-63-связанные. Существуют механизмы различения линейных цепочек, связанных через лизин-63, и линейных N-терминальными цепочек, о чём свидетельствует тот факт, что линейные N-терминальные цепочки могут индуцировать протеасомальную деградацию белков-субстратов[13][15][17].

Характеристика человеческого убиквитина
Количество аминокислот76
Молекулярная масса8564,47 Да
Изоэлектрическая точка(pI)6,79
ГеныRPS27A (UBA80, UBCEP1),
UBA52 (UBCEP2), UBB, UBC

Литература

  • Layfield, Rhonda. The Ubiquitin-Proteasome System (неопр.). — L.: Portland Press[англ.], 2005. — ISBN 9781855781535.

См. также

  • NEDD8 (белок) (англ. Neural precursor cell expressed developmentally downregulated protein 8)) — это полипептид состоящий из 81 аминокислоты, который на 60% идентичен и на 80% гомологичен убиквитину и который ковалентно присоединяется к остатку лизина белкового субстрата посредством процесса, известного как неддиляция, катализируемого каскадом ферментов, а именно активирующим NEDD8 ферментом E1, конъюгирующим NEDD8 ферментом E2 и NEDD8 лигазой E3. Субстраты неддиляции подразделяются на куллины и некуллиновые белки. Неддиляция куллинов активирует куллин-RING убиквитинлигазы (CRL), крупнейшее семейство лигаз E3, тогда как неддиляция некуллиновых субстратов изменяет их стабильность и активность, а также субклеточную локализацию. Примечательно, что путь неддиляции и многие субстраты неддиляции аномально активируются или сверхэкспрессируются при различных заболеваниях человека, таких как метаболические нарушения, дисфункция печени, нейродегенеративные расстройства, рак и старение.[19]

Примечания

  1. ↑ 1 2 Goldstein G., Scheid M., Hammerling U., Schlesinger D. H., Niall H. D., Boyse E. A. Isolation of a polypeptide that has lymphocyte-differentiating properties and is probably represented universally in living cells (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 1975. — January (vol. 72, no. 1). — P. 11—5. — doi:10.1073/pnas.72.1.11. — PMID 1078892. — PMC 432229.
  2. ↑ Wilkinson K. D. The discovery of ubiquitin-dependent proteolysis (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 2005. — October (vol. 102, no. 43). — P. 15280—15282. — doi:10.1073/pnas.0504842102. — PMID 16230621. — PMC 1266097.
  3. ↑ 1 2 Kimura Y., Tanaka K. Regulatory mechanisms involved in the control of ubiquitin homeostasis (англ.) // J Biochem[англ.] : journal. — 2010. — Vol. 147, no. 6. — P. 793—798. — doi:10.1093/jb/mvq044. — PMID 20418328.
  4. ↑ 1 2 Glickman M. H., Ciechanover A. The ubiquitin-proteasome proteolytic pathway: destruction for the sake of construction (англ.) // Physiol. Rev.[англ.] : journal. — 2002. — April (vol. 82, no. 2). — P. 373—428. — doi:10.1152/physrev.00027.2001. — PMID 11917093.
  5. ↑ 1 2 Mukhopadhyay D., Riezman H. Proteasome-independent functions of ubiquitin in endocytosis and signaling (англ.) // Science : journal. — 2007. — January (vol. 315, no. 5809). — P. 201—205. — doi:10.1126/science.1127085. — PMID 17218518.
  6. ↑ 1 2 Schnell J. D., Hicke L. Non-traditional functions of ubiquitin and ubiquitin-binding proteins (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — 2003. — September (vol. 278, no. 38). — P. 35857—35860. — doi:10.1074/jbc.R300018200. — PMID 12860974.
  7. ↑ Lenta.ru: Прогресс: Нобелевскую премию по химии получили израильтяне и американец за исследования белков. Дата обращения: 25 ноября 2010. Архивировано из оригинала 11 ноября 2010 года.
  8. ↑ 1 2 3 4 Komander D. The emerging complexity of protein ubiquitination (англ.) // Biochem. Soc. Trans.[англ.] : journal. — 2009. — October (vol. 37, no. Pt 5). — P. 937—953. — doi:10.1042/BST0370937. — PMID 19754430.
  9. ↑ Peng J., Schwartz D., Elias J. E., Thoreen C. C., Cheng D., Marsischky G., Roelofs J., Finley D., Gygi S. P. A proteomics approach to understanding protein ubiquitination (англ.) // Nature Biotechnology : journal. — Nature Publishing Group, 2003. — August (vol. 21, no. 8). — P. 921—926. — doi:10.1038/nbt849. — PMID 12872131.
  10. ↑ 1 2 Ikeda F., Dikic I. Atypical ubiquitin chains: new molecular signals. 'Protein Modifications: Beyond the Usual Suspects' review series (англ.) // EMBO Rep.[англ.] : journal. — 2008. — June (vol. 9, no. 6). — P. 536—542. — doi:10.1038/embor.2008.93. — PMID 18516089. — PMC 2427391.
  11. ↑ Xu P., Peng J. Characterization of polyubiquitin chain structure by middle-down mass spectrometry (англ.) // Anal. Chem.[англ.] : journal. — 2008. — May (vol. 80, no. 9). — P. 3438—3444. — doi:10.1021/ac800016w. — PMID 18351785. — PMC 2663523.
  12. ↑ Kirisako T., Kamei K., Murata S., Kato M., Fukumoto H., Kanie M., Sano S., Tokunaga F., Tanaka K., Iwai K. A ubiquitin ligase complex assembles linear polyubiquitin chains (фр.) // EMBO J. : magazine. — 2006. — Octobre (vol. 25, no 20). — P. 4877—4887. — doi:10.1038/sj.emboj.7601360. — PMID 17006537. — PMC 1618115.
  13. ↑ 1 2 Miranda M., Sorkin A. Regulation of receptors and transporters by ubiquitination: new insights into surprisingly similar mechanisms (англ.) // Mol. Interv. : journal. — 2007. — June (vol. 7, no. 3). — P. 157—167. — doi:10.1124/mi.7.3.7. — PMID 17609522.
  14. ↑ Kravtsova-Ivantsiv Y., Ciechanover A. Non-canonical ubiquitin-based signals for proteasomal degradation (англ.) // Journal of Cell Science[англ.] : journal. — The Company of Biologists[англ.], 2012. — February (vol. 125, no. Pt 3). — P. 539—548. — doi:10.1242/jcs.093567. — PMID 22389393.
  15. ↑ 1 2 Zhao S., Ulrich H. D. Distinct consequences of posttranslational modification by linear versus K63-linked polyubiquitin chains (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 2010. — April (vol. 107, no. 17). — P. 7704—7709. — doi:10.1073/pnas.0908764107. — PMID 20385835. — PMC 2867854.
  16. ↑ Kim H. T., Kim K. P., Lledias F., Kisselev A. F., Scaglione K. M., Skowyra D., Gygi S. P., Goldberg A. L. Certain pairs of ubiquitin-conjugating enzymes (E2s) and ubiquitin-protein ligases (E3s) synthesize nondegradable forked ubiquitin chains containing all possible isopeptide linkages (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — 2007. — June (vol. 282, no. 24). — P. 17375—17386. — doi:10.1074/jbc.M609659200. — PMID 17426036.
  17. ↑ 1 2 Komander D., Rape M. The ubiquitin code (англ.) // Annu. Rev. Biochem.[англ.] : journal. — 2012. — Vol. 81. — P. 203—229. — doi:10.1146/annurev-biochem-060310-170328. — PMID 22524316.
  18. ↑ Michel M. A., Elliot P. R., Swatek K. N., et al. Assembly and Specific Recognition of K29- and K33-Linked Polyubiquitin (англ.) // Mol Cell[англ.] : journal. — doi:10.1016/j.molcel.2015.01.042. — PMID 25752577.
  19. ↑ Zhang, S., Yu, Q., Li, Z., Zhao, Y., & Sun, Y. (2024). Protein neddylation and its role in health and diseases. Signal Transduction and Targeted Therapy, 9(1), 85. PMID 38575611 PMCID: PMC10995212 DOI: 10.1038/s41392-024-01800-9

Ссылки