О́страя респирато́рная ви́русная инфе́кция (ОРВИ) — общий термин для обозначения клинически и морфологически подобных острых воспалительных заболеваний дыхательных путей и лёгких, вызываемых вирусами, тропными к мерцательному эпителию дыхательных путей. Является самой распространённой в мире группой заболеваний, объединяющей грипп, респираторно-синцитиальную, риновирусную, коронавирусную, аденовирусную и другие инфекции, вызывающие катаральные воспаления дыхательных путей. ОРВИ вызываются вирусами более 200 видов, в ряде случаев могут быть вызваны одновременно несколькими видами возбудителей. ОРВИ включают в себя различные инфекции, включая грипп и COVID-19, могут также протекать как простуда, гриппоподобное заболевание, реже как тяжёлая острая респираторная инфекция. Простудой принято обозначать ОРВИ лёгкого течения, затрагивающие преимущественно носовые ходы.
Грипп — острое респираторное вирусное заболевание, вызываемое вирусами гриппа и поражающее в первую очередь верхние дыхательные пути, а также бронхи и, в более редких случаях, — лёгкие. Выделяется среди острых респираторных вирусных инфекций у людей из-за возможного тяжёлого течения болезни. Грипп ассоциируется с высокой смертностью во время пандемий, эпидемий и спорадических вспышек. Пандемии гриппа случаются примерно каждые 50 лет, эпидемии же наблюдаются чаще. Вспышки сезонного гриппа ежегодно происходят почти во всём мире. Наиболее частой причиной сезонного гриппа являются вирусы гриппа A, также только эти вирусы гриппа известны как причина пандемий.
Вируле́нтность — степень способности данного инфекционного агента вызывать заболевание или гибель организма. Вирулентность является мерой патогенности.
Бактериофа́ги, или фа́ги (от др.-греч. φᾰ́γω — «пожираю»), — вирусы, заражающие бактериальные клетки. Ранее бактериофагами называли и вирусы архей, однако в настоящее время этот термин принято относить исключительно к бактериальным вирусам. Бактериофаги, как и любые иные вирусы, размножаются внутри клетки хозяина. Высвобождение потомства большинства бактериофагов происходит путём лизиса инфицированной бактериальной клетки, однако при размножении бактериофагов некоторых групп, например, нитчатых фагов, выход вирусных частиц происходит без разрушения клетки, которая сохраняет свою жизнеспособность. Вирусная частица или вирион бактериофага состоит из оболочки, как правило белковой, и генетического материала — одноцепочечной или двуцепочечной нуклеиновой кислоты (ДНК или, реже, РНК). Общая численность бактериофагов в большинстве природных местообитаний примерно равна численности бактерий или превышает ее в 2—10 раз, при этом общее количество фаговых частиц в биосфере Земли составляет 1030—1032 частиц. Бактериофаги активно участвуют в круговороте химических веществ и энергии, оказывают заметное влияние на состав, динамику и активность микробных сообществ, влияют на эволюцию микробов, на их взаимодействия между собой и с многоклеточными организмами и даже участвуют в контроле экспрессии собственных генов микроорганизмов. У бактерий существует также большое число генетических элементов и кодируемых ими молекулярных структур, имеющих общее происхождение с бактериофагами, «приспособленных» микробами для тех или иных собственных нужд: дефектные профаги, бактериоцины типов R и F, AFP-профаги (от англ. antifeeding prophage — профаги, препятствующие питанию), системы секреции VI типа (T6SS), сократимые системы, ассоциированные с метаморфозом (MAC), агенты переноса генов (GTA — gene tranfer agents) и другие. Бактериофаги, а также антивирусные (противофаговые) системы бактерий послужили источником большей части инструментария современной генетической инженерии и ряда других технологий.
Инфе́кция — заражение живого организма инфекционным агентом, процесс его размножения или развития в организме, а также реакция организма на присутствие в тканях инфекционного агента и на выделяемые им токсины. Под инфекционными агентами обычно понимают вирусы, микроорганизмы, прионы, а также черви-паразиты (гельминты). В случае бактерий инфекция может быть вызвана бактериофагами. Если в результате инфекции развивается заболевание, то такая инфекция называется инфекционным заболеванием. Инфекция подразумевает различные виды взаимодействия чужеродных микроорганизмов с организмом человека, животных или растений.
Ви́рус — неклеточный инфекционный агент, который может воспроизводиться только внутри клеток. Вирусы поражают все типы организмов, от растений и животных до бактерий и архей. Обнаружены также вирусы, способные реплицироваться только в присутствии других вирусов (вирусы-сателлиты).
Вирусы гриппа — четыре монотипных рода вирусов из семейства ортомиксовирусов (Orthomyxoviridae), представители которых вызывают заболевания у рыб, птиц и млекопитающих, в том числе грипп у человека. В филогенетике образуют кладу.
Паразити́зм — один из типов сосуществования организмов. Явление, при котором два и более организма, не связанных между собой филогенетически, генетически разнородных — сосуществуют в течение продолжительного времени и при этом находятся в антагонистических отношениях. Это вид взаимосвязей между различными видами, при котором один из них — паразит — определённое время использует другого в качестве источника питания и среды обитания, частично или полностью возлагая на него регуляцию своих взаимоотношений с окружающей средой.
Патоге́н — любой микроорганизм, а также особый белок — прион, способный вызывать патологическое состояние (болезнь) другого живого существа. В более общем случае под патогеном понимают любой фактор внешней среды, способный вызвать повреждение каких-либо систем организма или развитие каких-либо заболеваний. Патогенными микроорганизмами называются паразитирующие микроорганизмы по отношению к их хозяину.
Эпидемический процесс — непрерывное взаимодействие на видовом и популяционном уровнях неоднородных по эволюционно-сопряженным признакам отношения друг к другу возбудителя-паразита и организма человека в необходимых и достаточных социальных и природных условиях, проявляющееся манифестными и бессимптомными формами инфекции, распределяющимися среди населения по территории, времени и группам риска заражения и (или) заболевания.
Свиной грипп — условное название заболевания людей и животных, вызываемого штаммами вируса гриппа. Штаммы, ассоциированные со вспышками так называемого «свиного гриппа», обнаружены среди вирусов гриппа серотипа C и подтипов серотипа А. Эти штаммы известны под общим названием «вирус свиного гриппа». Свиной грипп распространён среди домашних свиней в США, Мексике, Канаде, Южной Америке, Европе, Кении, материковом Китае, Тайване, Японии и других странах Азии. При этом вирус может циркулировать в среде людей, птиц и других видов; этот процесс сопровождается его мутациями.
Вирусная пневмония — пневмония, при которой причиной нарушения газообмена на уровне лёгочных альвеол является воспалительный процесс, вызываемый вирусом или являющийся следствием иммунной реакции организма на вирус. Чаще всего вызывается вирусами гриппа, респираторно-синцитиальным вирусом и человеческим метапневмовирусом. К вирусным пневмониям более предрасположены маленькие дети и пожилые люди.
Бакуловирусы — семейство палочковидных вирусов, которые могут быть разделены на две группы: возбудители полиэдрозов и возбудители гранулёзов. Обе болезни являются вирусными заболеваниями насекомых, преимущественно чешуекрылых. Безвредны для человека и теплокровных животных.
Вирусы имеют как сходства, так и различия с остальными живыми организмами. Одной из черт вирусов, указывающих на их принадлежность к живой материи, является их необходимость репликации и создания потомства. Но, в отличие от других живых организмов, вирус не может выжить сам по себе. Он активируется только тогда, когда реплицируется в хозяйской клетке, используя хозяйские ресурсы и питательные вещества. Когда вирус попал в клетку, его единственной целью является создание множества копий себя, чтобы инфицировать другие клетки. Всё, что он делает, направлено на увеличение приспособленности и числа потомков.
Антиге́нный сдвиг — вариант антиге́нной изме́нчивости, процесс, в ходе которого два или более различных штаммов вирусов или штаммы двух и более различных вирусов объединяются с образованием нового подтипа, имеющего смесь поверхностных антигенов двух и более родительских штаммов. Антигенный сдвиг является особым случаем реассортимента, который вызывает изменение фенотипа.
Эволюция вирусов — раздел эволюционной биологии и вирусологии, который посвящён именно эволюции вирусов. Множество вирусов, в частности РНК-вирусы, имеют маленький период размножения и повышенную частоту мутаций. Такая повышенная частота мутаций, в случае комбинации с естественным отбором, позволяет вирусам быстро адаптироваться к изменениям в окружающей среде.
Вирусные векторы — это инструменты, обычно используемые молекулярными биологами для доставки генетического материала в клетки. Этот процесс может выполняться внутри живого организма или в культуре клеток. Вирусы имеют специализированные молекулярные механизмы для эффективного транспорта своих геномов внутри клеток, которые они заражают. Доставка генов или другого генетического материала вектором называется трансдукцией, а инфицированные клетки описываются как трансдуцированные. Молекулярные биологи впервые использовали этот механизм в 1970-х годах. Пол Берг использовал модифицированный вирус SV40, содержащий ДНК бактериофага λ, для заражения клеток почки обезьяны, содержащихся в культуре.
Monodnaviria (лат.) — реалм ДНК-содержащих вирусов. Геном большинства членов реалма представлен кольцевой одноцепочечной ДНК, которая реплицируется по типу катящегося кольца, причём инициация репликации обеспечивается эндонуклеазой из суперсемейства HUH, закодированной в геномах Monodnaviria. В состав реалма также включаются вирусы, произошедшие от «типичных» Monodnaviria и имеющих либо линейный геном, представленный одноцепочечной ДНК, либо геном в виде кольцевой двуцепочечной ДНК.
Антигенный импринтинг — склонность иммунной системы организма предпочтительно использовать уже существующую иммунологическую память при столкновении с новым вариантом — мутацией — инфекции.
Болезнь Марека — высококонтагиозное вирусное неопластическое заболевание кур. Названа в честь Йожефа Марека, венгерского ветеринара. Болезнь Марека вызывается альфагерпесвирусом, известным как «вирус болезни Марека» (MDV) или галлидский альфагерпесвирус 2 (GaHV-2). Болезнь характеризуется наличием Т-клеточной лимфомы, а также инфильтрацией нервов и органов лимфоцитами. Вирусы, родственные MDV, по-видимому, являются доброкачественными и могут быть использованы в качестве вакцинных штаммов для профилактики болезни Марека. Например, родственный герпесвирус, обнаруженный у индеек (HVT), не вызывает никаких видимых заболеваний у птиц и продолжает использоваться в качестве вакцинного штамма для профилактики болезни Марека.