Метод молекулярной динамики — метод, в котором временная эволюция системы взаимодействующих атомов или частиц отслеживается интегрированием их уравнений движения
Математическая химия — раздел теоретической химии, область исследований, посвящённая новым применениям математики к химическим задачам. Основная область интересов — это математическое моделирование гипотетически возможных физико-химических и химических явлений и процессов, а также их зависимость от свойств атомов и структуры молекул. Математическая химия допускает построение моделей без привлечения квантовой механики. Критерием истины в математической химии являются математическое доказательство, вычислительный эксперимент и сравнение результатов с экспериментальными данными. Важнейшую роль в математической химии играет математическое моделирование с использованием компьютеров. В связи с этим математическую химию, в узком смысле, иногда называют компьютерной химией, которую не следует путать с вычислительной химией.
Молекулярное моделирование (ММ) — собирательное название методов исследования структуры и свойств молекул вычислительными методами с последующей визуализацией результатов, обеспечивающие их трехмерное представления при заданных в расчете условиях.
Поиск количественных соотношений структура-свойство — процедура построения моделей, позволяющих по структурам химических соединений предсказывать их разнообразные свойства. За моделями, позволяющими прогнозировать количественные характеристики биологической активности, исторически закрепилось англоязычное название Quantitative Structure-Activity Relationship (QSAR). Аббревиатура QSAR часто трактуется расширенно для обозначения любых моделей структура-свойство. За моделями, позволяющими прогнозировать физические и физикохимические свойства органических соединений, закрепилось англоязычное название Quantitative Structure-Property Relationship (QSPR). При качественном описании соотношений между структурами химических соединений и их биологической активностью употребляют англоязычный термин Structure-Activity Relationship (SAR).
Вычисли́тельная хи́мия — раздел химии, в котором математические методы используются для расчёта молекулярных свойств, моделирования поведения молекул, планирования синтеза, поиска в базах данных и обработки комбинаторных библиотек. Вычислительная химия использует результаты классической и квантовой теоретической химии, реализованные в виде эффективных компьютерных программ, для вычисления свойств и определения структуры молекулярных систем. В квантовой химии компьютерное моделирование заменило не только традиционные аналитические методы расчета, но во многих случаях и сложный эксперимент. Вычислительная химия позволяет в некоторых случаях предсказать ранее ненаблюдаемые химические явления.
Gaussian — программный пакет для расчета структуры и свойств молекулярных систем в газофазном и конденсированном состоянии, включающая большое разнообразие методов вычислительной химии, квантовой химии, молекулярного моделирования. Создана нобелевским лауреатом Джоном Поплом и его исследовательской группой и с тех пор постоянно обновляется. Программные пакеты серии «Gaussian» считаются специалистами одними из самых мощных в плане предоставляемых возможностей и распространенных в повседневном использовании.
GAMESS (US) — программа пакета вычислительной квантовой химии. Аббревиатура расшифровывается как General Atomic and Molecular Electronic Structure System. В 1981 году появилось две стабильных ветви GAMESS: GAMESS (US) и GAMESS (UK), с тех пор их развитие шло самостоятельно и на сегодняшний день эти две программы отличаются довольно существенно. Проект GAMESS поддерживается членами исследовательской группы Гордона в Государственном Университете штата Айова.
eOn — проект добровольных вычислений, построенный на платформе BOINC. Целью проекта является моделирование эволюции молекулярных процессов с использованием метода Монте-Карло, вызывающее интерес в теоретической химии, физике конденсированного состояния и материаловедении. По сравнению с колебаниями атомов кристаллической решётки рассматриваемые процессы являются достаточно редкими, поэтому прямое моделирование, отслеживающее каждое движение атома, потребовало бы несколько тысяч лет вычислительного времени. На платформе BOINC вычисления в рамках проекта стартовали в сентябре 2010 года. Проект поддерживается исследовательской группой Хенкельмана из Техасского университета в Остине.
Алгоритм Любачевского — Стилинжера — вычислительная процедура, имитирующая процесс механического сжатия набора твёрдых частиц.
Арье Варшель — израильский и американский биохимик и биофизик, лауреат Нобелевской премии по химии за 2013 год совместно с Майклом Левиттом и Мартином Карплусом с формулировкой за «компьютерное моделирование химических систем».
ChemSpider — база данных химических соединений и смесей, принадлежащая королевскому химическому обществу Великобритании .
Молекулярная машина — отдельная молекула или молекулярный комплекс, которая способна осуществлять квазимеханические движения, направленные на совершение полезной работы. Такой термин обычно применяется к молекулам, которые в той или иной мере имитируют работу макромашин. Название широко распространено в нанотехнологии, в которой с целью создания наноассемблера был предложен целый ряд сложных молекулярных машин. В общем случае молекулярные машины можно разделить на две большие категории: искусственные и биологические.
Гидри́д фра́нция — бинарное химическое соединение водорода и щелочного металла франция с формулой FrH. В весовых количествах не получен ввиду высокой радиоактивности всех нуклидов франция. Однако существуют теоретические исследования молекулы этого соединения. Молярная масса FrH для наиболее долгоживущего изотопа (франций-223) составляет 224,028 г/моль.
ReaxFF — потенциал для расчётов методом молекулярной динамики.
Норман Джулиус Забуски — американский физик-теоретик и математик, автор работ по нелинейной физике, вычислительной гидродинамике и экспериментальной математике, наиболее известный по совместному с Мартином Крускалом открытию солитонов в уравнении Кортевега — де Фриза.
Берни Джулиан Алдер — американский физик, специалист по статистической механике, пионер метода молекулярной динамики. Сотрудник Ливерморской национальной лаборатории, член Национальной академии наук (1970). Удостоен Национальной научной медали (2009).
Ион гидрида гелия или ион гидридогелия (1+) представляет собой катион (положительно заряженный ион) с химической формулой HeH+. Его молекула состоит из атома гелия, связанного с атомом водорода, с одним удалённым электроном. Это самый лёгкий гетероядерный ион, сравнимый с молекулярным ионом водорода, H2+.
Goodyear Massively Parallel Processor — суперкомпьютер с массово-параллельной архитектурой, созданный американской компанией Goodyear Aerospace для Центра космических полётов имени Годдарда в НАСА. Разработан для обеспечения огромной вычислительной мощности при меньших затратах, чем другие существующие архитектуры суперкомпьютеров, с использованием тысяч простых элементов обработки, а не одного или нескольких очень сложных процессоров. Разработка велась примерно с 1979 года; запущен в 1983 году, и эксплуатировался в основном с 1985 по 1991 годы.
Алекса́ндр Па́влович Сави́цкий — российский учёный, специалист в области физической биохимии, доктор химических наук (1991), профессор (1995), лауреат премии правительства РФ в области науки и техники (2010). Заведует лабораторией физической биохимии в Федеральном исследовательском центре «Фундаментальные основы биотехнологии» РАН, читает курсы лекций по методам биохимии и флуоресцентной спектроскопии на Химическом факультете МГУ им. М.В. Ломоносова.
Анна Игоревна Крылова — профессор химии Университета Южной Калифорнии (USC), работает в области теоретической и вычислительной квантовой химии. Она является изобретателем метода спин-флип. Крылова является президентом Q-Chem, Inc. и избранным членом Международной академии квантовых молекулярных наук и Европейской академии.
