
Ретрови́русы — семейство РНК-содержащих вирусов, заражающих преимущественно позвоночных. Наиболее известный и активно изучаемый представитель — вирус иммунодефицита человека.

Пикорнави́русы — семейство, объединяющее маленькие икосаэдрические вирусы высших позвоночных, содержащих одноцепочечную геномную РНК положительной полярности. Размер капсида составляет около 27—30 нм, размер генома — около 7—8 тысяч оснований. Размножение пикорнавирусов происходит в цитоплазме заражённой клетки. К пикорнавирусам относятся возбудители таких заболеваний, как полиомиелит, ринит, ящур, гепатит A и др. В мире вирусов пикорнавирусы выделяются очень высокой скоростью мутирования, что обуславливает высокую вероятность появления вредоносных для человека их вариантов.

Рибозимы типа hammerhead — это малые саморазрезающие РНК, которые имеют консервативную последовательность и обнаружены у некоторых вироидов и ассоциированы с сателлитными РНК некоторых вирусов растений.
Виро́иды — инфекционные агенты, состоящие только из кольцевой РНК. Они вызывают различные болезни растений, в том числе веретеновидность клубней картофеля, экзокортис цитрусовых и карликовость хризантемы. По оценкам учёных, более трети вирусных заболеваний растений вызываются вироидами.

Поксви́русы или вирусы оспы — семейство вирусов животных, объединяющее самые крупные ДНК-содержащие вирусы, вирионы которых имеют кирпичеобразную или овоидную форму; включает виды, патогенные для человека, например, возбудителей оспы, пустулезного дерматита.

Totiviridae (лат.) — семейство РНК-вирусов, инфицирующих грибы и протисты. Содержат линейную двухцепочечную РНК длиной 4,6—6,7 kb.

Вирус кори — вид РНК-содержащих вирусов из семейства парамиксовирусов (Paramyxoviridae), типовой вид рода Morbillivirus. Инфицирует человека и некоторые виды обезьян, являясь возбудителем кори и подострого склерозирующего панэнцефалита.

Гепаднавирусы — семейство вирусов, вызывающих заболевания печени у человека и животных.

Orthobornavirus (лат.) — род вирусов из семейства борнавирусов (Bornaviridae) порядка Mononegavirales.
Pospiviroidae (лат.) — семейство вироидов, к которому относят первый открытый вироид — PSTVd. Их вторичная структура имеет ключевое значение для их биологической активности. Классификация этого семейства основана на различиях в последовательности в области неизменного центрального участка вироида. Геном этих вироидов включает : концевой участок LH, патогенный участок, неизменяющийся центральный участок, переменный участок и конечный RH-участок. Репликация Pospiviroidae идёт асимметрично, за счёт РНК-полимеразы, рибонуклеазы и РНК-лигазы хозяйской клетки.

Репликация по типу катящегося кольца — процесс однонаправленной репликации нуклеиновой кислоты, в ходе которого быстро синтезируются множественные копии кольцевых молекул ДНК или РНК, например, плазмид, геномов бактериофагов и кольцевых РНК вироидов. Некоторые вирусы эукариот также подвергают свой геном репликации по такому механизму.
Колимовирусы — семейство ДНК-содержащих вирусов растений с механизмом обратной транскрипции и двуцепочечной ДНК, то есть вирусов, содержащих стадию обратной транскрипции в своём репликативном цикле.

Ви́рус гепати́та де́льта, или ви́рус гепати́та D , — инфекционный агент, вызывающий гепатит D у человека. Строго говоря, этот небольшой РНК-содержащий инфекционный агент является вирусом-сателлитом, поскольку для его размножения в клетках и развития инфекции необходимо, чтобы клетки были заражены вирусом гепатита B (HBV). HDV использует оболочечные белки вируса гепатита B (HBsAg) для упаковки своего генома.
Вироид веретеновидности клубней картофеля — первый обнаруженный вироид. Представляет собой маленькую кольцевую молекулу РНК. В природе поражает картофель и томаты, все виды которых подвержены PSTVd и не имеют никакой формы естественного иммунитета. В природе также обнаружено инфицирование авокадо, а возможное инфицирование других пасленовых было вызвано в лабораторных условиях.
РНК-содержащие вирусы — вирусы, геном которых представлен рибонуклеиновой кислотой. Обычно она одноцепочечная (оцРНК), но может быть и двуцепочечной (дцРНК). Наиболее серьёзными заболеваниями человека, вызываемыми РНК-вирусами, являются геморрагическая лихорадка Эбола, ТОРС, COVID-19, бешенство, простуда, грипп, гепатит C, гепатит E, лихорадка Западного Нила, полиомиелит и корь.

Riboviria (лат.) — реалм РНК-содержащих вирусов, которые реплицируются с помощью РНК-зависимых РНК-полимераз и всех вирусов, кодирующих собственную РНК-зависимую ДНК-полимеразу. В состав реалма входят вирусы из нескольких групп классификации вирусов по Балтимору: группа III (дцРНК-вирусы), группа IV (+оцРНК-вирусы), группа V (-оцРНК-вирусы), группа VI и группа VII.

Monodnaviria (лат.) — реалм ДНК-содержащих вирусов. Геном большинства членов реалма представлен кольцевой одноцепочечной ДНК, которая реплицируется по типу катящегося кольца, причём инициация репликации обеспечивается эндонуклеазой из суперсемейства HUH, закодированной в геномах Monodnaviria. В состав реалма также включаются вирусы, произошедшие от «типичных» Monodnaviria и имеющих либо линейный геном, представленный одноцепочечной ДНК, либо геном в виде кольцевой двуцепочечной ДНК.

Negarnaviricota — тип вирусов, представители которого имеют геном состоящий из негативной (антисмысловой), одноцепочечной рибонуклеиновой кислоты. Их геном представляют комплиментарную цепь, на матрице которой, при помощи вирусного фермента РНК-зависимая РНК-полимераза (RdRp) синтезируется матричная РНК (мРНК). Во время репликации генома вируса, RdRp синтезирует смысловую (положительную) цепь вирусного РНК генома, которая используется в качестве матрицы для создания негативных цепей РНК, являющихся потомством вируса. РНК-вирусы с негативной цепью также обладают рядом других общих характеристик: большинство имеет вирусную оболочку, окружающую капсид с РНК вируса, геном вирусов обычно представляет линейную молекулу, и их геном чаще всего сегментирован.

Ribozyviria (лат.) — реалм РНК-содержащих вирусов, выделенный в 2020 году и по состоянию на 2020 год содержащий единственное семейство Kolmioviridae. Представители Ribozyviria — вирусы-сателлиты, которые могут размножаться в заражённых клетках только в присутствии вируса-хозяина. Вирусы реалма Ribozyviria заражают только клетки животных, а наиболее изученным представителем реалма является патоген человека вирус гепатита дельта, который является сателлитом вируса гепатита B.

Orthornavirae — царство вирусов, геномы которых состоят из рибонуклеиновой кислоты (РНК) и кодируют РНК-зависимую РНК-полимеразу (RdRp). RdRp используется для транскрипции генома вирусной РНК в информационную РНК (мРНК) и для репликации генома. Вирусы этого царства также имеют ряд общих характеристик, связанных с эволюцией, включая высокую скорость генетических мутаций, рекомбинаций и реассортации.