Бакте́рии — домен прокариотических микроорганизмов. Бактерии обычно достигают нескольких микрометров в длину, их клетки могут иметь разнообразную форму: от шарообразной до палочковидной и спиралевидной. Бактерии — одна из первых форм жизни на Земле и встречаются почти во всех земных местообитаниях. Они населяют почву, пресные и морские водоёмы, кислые горячие источники, радиоактивные отходы и глубинные слои земной коры. Бактерии часто являются симбионтами и паразитами растений и животных. Большинство бактерий к настоящему времени не описано, и представители лишь половины отделов бактерий могут быть выращены в лаборатории. Бактерии изучает наука бактериология — раздел микробиологии.
Митохо́ндрия — двумембранная сферическая или эллипсоидная органелла диаметром обычно около 1 микрометра. Характерна для большинства эукариотических клеток, как автотрофов, так и гетеротрофов. Энергетическая станция клетки; основная функция — окисление органических соединений и использование освобождающейся при их распаде энергии для генерации электрического потенциала, синтеза АТФ и термогенеза. Эти три процесса осуществляются за счёт движения электронов по электронно-транспортной цепи белков внутренней мембраны. Количество митохондрий в клетках различных организмов существенно отличается: так, одноклеточные зелёные водоросли и трипаносомы имеют лишь одну гигантскую митохондрию, тогда как ооцит и амёба Chaos chaos содержат 300 000 и 500 000 митохондрий соответственно; у кишечных анаэробных энтамёб и некоторых других паразитических простейших митохондрии отсутствуют. В специализированных клетках органов животных содержатся сотни и даже тысячи митохондрий.
16S рРНК — один из трёх основных типов рРНК, образующих основу рибосом прокариот. Цифры в названии рРНК равны значению константы седиментации. Соответственно, для данной молекулы это значение равно 16S. Всего в прокариотических микроорганизмах обнаружено три типа рРНК: 23S и 5S в большой субъединице рибосомы (50S), 16S в малой субъединице рибосомы (30S). Аналогично, константы двух других молекул рРНК равны 23 и 5 S соответственно. Эукариотическим аналогом 16S рРНК является 18S рРНК.
Хитина́зы (КФ 3.2.1.14) — это ферменты, катализирующие деградацию хитина, действующие наиболее часто как эндоферменты, отщепляя хитоолигосахариды длиной в 2 — 6 N-ацетилглюкозаминовых остатков. Хитиназы относятся к группе О-гликозидных гидролаз, разрушающих гликозидную связь между двумя или более углеводными остатками или между углеводным и неуглеводным компонентом. Такие гидролазы объединены в семейства в зависимости от их аминокислотной последовательности. На данный момент известно 110 семейств этих ферментов, большинство хитиназ относится к семействам GH18 и GH19, одна — к семейству GH48. Их важнейшие свойства представлены в таблице 1.
Витамин К — групповое название липофильных (жирорастворимых) и гидрофобных витаминов, необходимых для синтеза белков, обеспечивающих нормальный уровень коагуляции крови. Химически является производным 2-метил-1,4-нафтохинона. Играет значительную роль в обмене веществ в мышцах и в соединительной ткани, а также в здоровой работе почек. Во всех этих случаях витамин участвует в усвоении кальция и в обеспечении взаимодействия кальция и витамина D. В других тканях, например, в лёгких и в сердце, тоже были обнаружены белковые структуры, которые могут быть синтезированы только с участием витамина К.
Цитохром-c-оксида́за (цитохромоксидаза) или цитохром-c-кислород:оксидоредуктаза, также известная как цитохром aa3 и комплекс IV — терминальная оксидаза аэробной дыхательной цепи переноса электронов, которая катализирует перенос электронов с цитохрома с на кислород с образованием воды. Цитохромоксидаза присутствует во внутренней мембране митохондрий всех эукариот, где её принято называть комплекс IV, а также в клеточной мембране многих аэробных бактерий.
Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus (лат.) — подвид Lactobacillus delbrueckii, одна из двух бактерий, используемых для производства йогурта. Ранее бактерия известна как вид Lactobacillus bulgaricus, названа в честь Болгарии, в которой была впервые открыта и использована.
Thermus aquaticus (лат.) — грамотрицательная палочковидная экстремально термофильная бактерия рода Thermus. Обитает в горячих источниках Йеллоустонского национального парка и других подобных регионах, гейзерах при температурах выше 55 °C. Впервые открыта Томасом Броком и Хадсоном Фризом в районе Больших Фонтанов Йеллоустонского национального парка. Термостабильные ферменты используются как инструменты в молекулярно-генетических исследованиях.
Кише́чная па́лочка — вид грамотрицательных палочковидных бактерий, широко распространённых в нижней части кишечника теплокровных животных. Большинство штаммов E. coli являются безвредными, однако серотип O157:H7 может вызывать тяжёлые пищевые отравления у людей и животных. Безвредные штаммы являются частью нормальной флоры кишечника человека и животных. Кишечная палочка приносит пользу организму хозяина, например, синтезируя витамин K, а также предотвращая развитие патогенных микроорганизмов в кишечнике.
Карбоксисо́мы (полиэдральные тела) — микрокомпартменты в клетках бактерий, содержащие фиксирующие углерод ферменты. Они представляют собой многогранные однослойные белковые тела полиэдрической формы от 80 до 140 нанометров в диаметре. Они являются основной частью механизма концентрирования CO2, что помогает преодолеть неэффективность рибулозодифосфаткарбоксилазы (Рубиско) — главного фермента, лимитирующего скорость фиксации углерода в цикле Кальвина. Эти органеллы обнаружены во всех цианобактериях и многих хемотрофных бактериях, фиксирующих CO2.
ДНК-гира́за — фермент бактерии E. coli и других прокариот, относится к группе топоизомераз. Как типичный представитель топоизомераз класса II, ДНК-гираза в процессе каталитического цикла вносит временные двуцепочечные разрывы в ДНК. Уникальной особенностью ДНК-гиразы является способность направленно вносить отрицательные супервитки в молекулы ДНК с затратой энергии гидролиза АТФ.
Agrobacterium (лат.) — группа грамотрицательных бактерий, впервые выделенная как самостоятельный род Г. Дж. Конном в 1942 году. Представители рода способны к горизонтальному переносу генов при помощи которого вызывают опухоли у растений. Наиболее исследованным и хорошо изученным видом этого рода является Agrobacterium tumefaciens. Agrobacterium широко известен своей способностью осуществлять взаимообратный перенос ДНК между собой и растениями. Благодаря этому свойству представители этого рода стали важным инструментом генной инженерии.
Bradyrhizobium (лат.) — род грамотрицательных почвенных бактерий, часть видов которого способна к фиксации азота.
Bradyrhizobium canariense (лат.) — вид клубеньковых азотофиксирующих эндосимбиотических бактерий. Это ацидотолерантная бактерия, образует клубеньки с эндемиком Канарских островов из трибы Дроковые. Типовой штамм — BTA-1T.
Bradyrhizobium diazoefficiens (лат.) — бактерия из рода Bradyrhizobium. Типовые штаммы: 3I1B110, ACCC 15034, BCRC 13528, CCRC 13528, CCT 4249, CNPSo 46, IAM 13628, IFO 14792, JCM 10833, NBRC 14792, NIFTAL 102, NRRL B-4361, NRRL B-4450, R-12974, SEMIA 5032, TAL 102, TISTR 339, USDA 110.
Bradyrhizobium elkanii (лат.) — вид клубеньковых эндосимбиотических азотфиксирующих бактерий, впервые выделенная как ДНК гомологичная группа II штаммов B. japonicum. В 1988 году выяснилось, что только группа II вызывает обесцвечивание листьев, по-научному называемое «микросимбионт-индуцированный листовой хлорозис». Это заболевание было распространено на соевых полях на юге США. Иной состав жирных кислот вместе с необычным профилем устойчивости к антибиотикам оказались достаточно большими фенотипческими отличием, что бы выделить ДНК гомологичную группу штаммов II в отдельный вид Bradyrhizobium elkanii.
Desulfobulbus propionicus (лат.) — грамотрицательная хемоорганотрофная бактерия класса дельта-протеобактерии, типовой вид рода Desulfobulbus. Известны три штамма этого вида, обозначаемые 1pr3T, 2pr4 и 3pr10. Это первая бактерия из выделенных в чистой культуре, способная осуществлять диспропорционирование элементарной серы на сульфат и сульфид.
Cupriavidus metallidurans (лат.) — неспорообразующая грамотрицательная бактерия, которая эволюционно адаптировалась к высоким концентрациям ионов тяжёлых металлов во внешней среде — концентрациям, заведомо убийственным для большинства других микроорганизмов или, как минимум, существенно нарушающим их размножение и жизнедеятельность. В силу этого данная бактерия является очень удобным субъектом для лабораторного изучения нарушений в протекании биохимических процессов внутри живой клетки, вызываемых интоксикацией ионами тяжёлых металлов.
Bradyrhizobium lupini (лат.) — вид клубеньковых азотофиксирующих эндосимбиотических бактерий. Бактерия образует клубеньки с растениями рода Люпин.
Многокопийная одноцепочечная ДНК представляет собой тип внехромосомной сателлитной ДНК, состоящей из одноцепочечной молекулы ДНК, ковалентно связанной 2'-5' фосфодиэфирной связью с внутренним гуанозином молекулы РНК. Образовавшаяся в результате химера ДНК/РНК обладает двумя стеблями-петлями, соединёнными ветвью, аналогичной ветвям, обнаруживаемым в промежуточных продуктах сплайсинга РНК. Кодирующая область msDNA, называемая «ретрон», также кодирует тип обратной транскриптазы, которая необходима для синтеза msDNA.
