CHD3

Перейти к навигацииПерейти к поиску
Хеликазный хромодомен ДНК-связывающего белка 3
Идентификаторы
СимволCHD3 ; Mi-2a; Mi2-ALPHA; ZFH
Внешние IDOMIM: 602120 MGI: 1344395 HomoloGene: 62693 GeneCards: Ген CHD3
номер EC3.6.4.12
Генная онтология
Функция• DNA binding

• ATP-dependent DNA helicase activity
• helicase activity
• protein binding
• ATP binding
• zinc ion binding

• poly(A) RNA binding
Компонент клетки• nucleus

• nucleolus
• cytoplasm
• centrosome
• NuRD complex

• intermediate filament cytoskeleton
Биологический процесс• ATP catabolic process

• chromatin assembly or disassembly
• transcription, DNA-templated
• regulation of transcription, DNA-templated
• regulation of transcription from RNA polymerase II promoter
• spindle organization
• chromatin modification
• DNA duplex unwinding

• centrosome organization
Источники: Amigo / QuickGO
Профиль экспрессии РНК
Больше информации
Ортологи
ВидЧеловекМышь
Entrez1107216848
EnsemblENSG00000170004ENSMUSG00000018474
UniProtQ12873B0QZH7
RefSeq (мРНК)NM_001005271NM_146019
RefSeq (белок)NP_001005271NP_666131
Локус (UCSC)Chr 17:
7.79 – 7.82 Mb		Chr 11:
69.34 – 69.37 Mb
Поиск в PubMedИскатьИскать

CHD3 (от англ. Chromodomain-Helicase-DNA-binding protein 3) — фермент, кодируемый у человека геном CHD3.[1][2][3]

Этот ген кодирует члена CHD семейства белков, которые характеризуются наличием хромодоменов (организация модификатора хроматина) и SNF2-связанных хеликазных/АТФазных доменов. Этот белок является одним из компонентов комплекса гистондеацетилаз, называемого Mi-2/NuRD комплексом, который участвует в ремоделировании хроматина при деацетилировании гистонов. Ремоделирование хроматина имеет важное значение для многих процессов, включая транскрипцию. Аутоантитела против этого белка содержатся в подгруппе пациентов с дерматомиозитом. Существуют три альтернативных варианта транскриптов сплайсинга, кодирующих различные изоформы.[3]

Взаимодействия

CHD3, как было выявлено, взаимодействует с HDAC1,[4][5] гистондезацетилаза 2[4][6][7] и SERBP1.[8][9]

Примечания

  1. ↑ Woodage T., Basrai M.A., Baxevanis A.D., Hieter P., Collins F.S. Characterization of the CHD family of proteins (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 1997. — November (vol. 94, no. 21). — P. 11472—11477. — doi:10.1073/pnas.94.21.11472. — PMID 9326634. — PMC 23509.
  2. ↑ Ge Q., Nilasena D.S., O'Brien C.A., Frank M.B., Targoff I.N. Molecular analysis of a major antigenic region of the 240-kD protein of Mi-2 autoantigen (англ.) // J Clin Invest : journal. — 1995. — November (vol. 96, no. 4). — P. 1730—1737. — doi:10.1172/JCI118218. — PMID 7560064. — PMC 185809.
  3. ↑ 1 2 Entrez Gene: CHD3 chromodomain helicase DNA binding protein 3.
  4. ↑ 1 2 Tong, J K; Hassig C A; Schnitzler G R; Kingston R E; Schreiber S L. Chromatin deacetylation by an ATP-dependent nucleosome remodelling complex (англ.) // Nature : journal. — ENGLAND, 1998. — October (vol. 395, no. 6705). — P. 917—921. — ISSN 0028-0836. — doi:10.1038/27699. — PMID 9804427.
  5. ↑ Kuzmichev, A; Zhang Y; Erdjument-Bromage H; Tempst P; Reinberg D. Role of the Sin3-Histone Deacetylase Complex in Growth Regulation by the Candidate Tumor Suppressor p33ING1 (англ.) // Mol. Cell. Biol. : journal. — United States, 2002. — February (vol. 22, no. 3). — P. 835—848. — ISSN 0270-7306. — doi:10.1128/MCB.22.3.835-848.2002. — PMID 11784859. — PMC 133546.
  6. ↑ Hakimi, Mohamed-Ali; Dong Yuanshu; Lane William S; Speicher David W; Shiekhattar Ramin. A candidate X-linked mental retardation gene is a component of a new family of histone deacetylase-containing complexes (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — United States, 2003. — February (vol. 278, no. 9). — P. 7234—7239. — ISSN 0021-9258. — doi:10.1074/jbc.M208992200. — PMID 12493763.
  7. ↑ Hakimi, Mohamed-Ali; Bochar Daniel A; Schmiesing John A; Dong Yuanshu; Barak Orr G; Speicher David W; Yokomori Kyoko; Shiekhattar Ramin. A chromatin remodelling complex that loads cohesin onto human chromosomes (англ.) // Nature : journal. — England, 2002. — August (vol. 418, no. 6901). — P. 994—998. — ISSN 0028-0836. — doi:10.1038/nature01024. — PMID 12198550.
  8. ↑ Lemos, Taíla A; Passos Dario O; Nery Flávia C; Kobarg Jörg. Characterization of a new family of proteins that interact with the C-terminal region of the chromatin-remodeling factor CHD-3 (англ.) // FEBS Lett.[англ.] : journal. — Netherlands, 2003. — January (vol. 533, no. 1—3). — P. 14—20. — ISSN 0014-5793. — doi:10.1016/S0014-5793(02)03737-7. — PMID 12505151.
  9. ↑ Stelzl, Ulrich; Worm Uwe, Lalowski Maciej, Haenig Christian, Brembeck Felix H., Goehler Heike, Stroedicke Martin, Zenkner Martina, Schoenherr Anke, Koeppen Susanne, Timm Jan, Mintzlaff Sascha, Abraham Claudia, Bock Nicole, Kietzmann Silvia, Goedde Astrid, Toksöz Engin, Droege Anja, Krobitsch Sylvia, Korn Bernhard, Birchmeier Walter, Lehrach Hans, Wanker Erich E. A human protein-protein interaction network: a resource for annotating the proteome (англ.) // Cell : journal. — United States: Cell Press, 2005. — September (vol. 122, no. 6). — P. 957—968. — ISSN 0092-8674. — doi:10.1016/j.cell.2005.08.029. — PMID 16169070.

Литература

  • Bowen N.J., Fujita N., Kajita M., Wade P.A. Mi-2/NuRD: multiple complexes for many purposes (англ.) // Biochim. Biophys. Acta[англ.] : journal. — 2004. — Vol. 1677, no. 1—3. — P. 52—7. — doi:10.1016/j.bbaexp.2003.10.010. — PMID 15020045.
  • Gieser L., Swaroop A. Expressed sequence tags and chromosomal localization of cDNA clones from a subtracted retinal pigment epithelium library (англ.) // Genomics : journal. — Academic Press, 1992. — Vol. 13, no. 3. — P. 873—876. — doi:10.1016/0888-7543(92)90173-P. — PMID 1639417.
  • Seelig H.P., Moosbrugger I., Ehrfeld H., et al. The major dermatomyositis-specific Mi-2 autoantigen is a presumed helicase involved in transcriptional activation (англ.) // Arthritis Rheum.[англ.] : journal. — 1995. — Vol. 38, no. 10. — P. 1389—1399. — doi:10.1002/art.1780381006. — PMID 7575689.
  • Seelig H.P., Renz M., Targoff I.N., et al. Two forms of the major antigenic protein of the dermatomyositis-specific Mi-2 autoantigen (англ.) // Arthritis Rheum.[англ.] : journal. — 1996. — Vol. 39, no. 10. — P. 1769—1771. — doi:10.1002/art.1780391029. — PMID 8843877.
  • Bonaldo M.F., Lennon G., Soares M.B. Normalization and subtraction: two approaches to facilitate gene discovery (англ.) // Genome Res. : journal. — 1997. — Vol. 6, no. 9. — P. 791—806. — doi:10.1101/gr.6.9.791. — PMID 8889548.
  • Aubry F., Mattéi M.G., Galibert F. Identification of a human 17p-located cDNA encoding a protein of the Snf2-like helicase family (англ.) // Eur. J. Biochem.[англ.] : journal. — 1998. — Vol. 254, no. 3. — P. 558—564. — doi:10.1046/j.1432-1327.1998.2540558.x. — PMID 9688266.
  • Tong J.K., Hassig C.A., Schnitzler G.R., et al. Chromatin deacetylation by an ATP-dependent nucleosome remodelling complex (англ.) // Nature : journal. — 1998. — Vol. 395, no. 6705. — P. 917—921. — doi:10.1038/27699. — PMID 9804427.
  • Kleiderlein J.J., Nisson P.E., Jessee J., et al. CCG repeats in cDNAs from human brain (англ.) // Hum. Genet. : journal. — 1999. — Vol. 103, no. 6. — P. 666—673. — doi:10.1007/s004390050889. — PMID 9921901.
  • Kim J., Sif S., Jones B., et al. Ikaros DNA-binding proteins direct formation of chromatin remodeling complexes in lymphocytes (англ.) // Immunity : journal. — Cell Press, 1999. — Vol. 10, no. 3. — P. 345—355. — doi:10.1016/S1074-7613(00)80034-5. — PMID 10204490.
  • Wade P.A., Gegonne A., Jones P.L., et al. Mi-2 complex couples DNA methylation to chromatin remodelling and histone deacetylation (англ.) // Nat. Genet. : journal. — 1999. — Vol. 23, no. 1. — P. 62—6. — doi:10.1038/12664. — PMID 10471500.
  • Cousin P., Billotte J., Chaubert P., Shaw P. Physical map of 17p13 and the genes adjacent to p53 (англ.) // Genomics : journal. — Academic Press, 2000. — Vol. 63, no. 1. — P. 60—8. — doi:10.1006/geno.1999.6062. — PMID 10662545.
  • Minty A., Dumont X., Kaghad M., Caput D. Covalent modification of p73alpha by SUMO-1. Two-hybrid screening with p73 identifies novel SUMO-1-interacting proteins and a SUMO-1 interaction motif (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — 2000. — Vol. 275, no. 46. — P. 36316—36323. — doi:10.1074/jbc.M004293200. — PMID 10961991.
  • Schultz D.C., Friedman J.R., Rauscher F.J. Targeting histone deacetylase complexes via KRAB-zinc finger proteins: the PHD and bromodomains of KAP-1 form a cooperative unit that recruits a novel isoform of the Mi-2α subunit of NuRD (англ.) // Genes Dev. : journal. — 2001. — Vol. 15, no. 4. — P. 428—443. — doi:10.1101/gad.869501. — PMID 11230151. — PMC 312636.
  • Yasui D., Miyano M., Cai S., et al. SATB1 targets chromatin remodelling to regulate genes over long distances (англ.) // Nature : journal. — 2002. — Vol. 419, no. 6907. — P. 641—645. — doi:10.1038/nature01084. — PMID 12374985.
  • Strausberg R.L., Feingold E.A., Grouse L.H., et al. Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 2003. — Vol. 99, no. 26. — P. 16899—16903. — doi:10.1073/pnas.242603899. — PMID 12477932. — PMC 139241.
  • Lemos T.A., Passos D.O., Nery F.C., Kobarg J. Characterization of a new family of proteins that interact with the C-terminal region of the chromatin-remodeling factor CHD-3 (англ.) // FEBS Lett.[англ.] : journal. — 2003. — Vol. 533, no. 1—3. — P. 14—20. — doi:10.1016/S0014-5793(02)03737-7. — PMID 12505151.
  • Fujita N., Jaye D.L., Kajita M., et al. MTA3, a Mi-2/NuRD complex subunit, regulates an invasive growth pathway in breast cancer (англ.) // Cell : journal. — Cell Press, 2003. — Vol. 113, no. 2. — P. 207—219. — doi:10.1016/S0092-8674(03)00234-4. — PMID 12705869.
  • Lee B.H., Yoshimatsu K., Maeda A., et al. Association of the nucleocapsid protein of the Seoul and Hantaan hantaviruses with small ubiquitin-like modifier-1-related molecules (англ.) // Virus Res. : journal. — 2004. — Vol. 98, no. 1. — P. 83—91. — doi:10.1016/j.virusres.2003.09.001. — PMID 14609633.