Открытое программное обеспечение — программное обеспечение с открытым исходным кодом. Исходный код таких программ доступен для просмотра, изучения и изменения, что позволяет убедиться в отсутствии уязвимостей и неприемлемых для пользователя функций, принять участие в доработке само́й открытой программы, использовать код для создания новых программ и исправления в них ошибок — через заимствование исходного кода, если это позволяет совместимость лицензий, или через изучение использованных алгоритмов, структур данных, технологий, методик и интерфейсов.
arXiv.org — электронный архив с открытым доступом для научных статей и препринтов по физике, математике, астрономии, информатике, биологии, электротехнике, статистике, финансовой математике и экономике. Перед публикацией статьи не рецензируются, однако проходят первичную проверку модераторов.
R — язык программирования для статистической обработки данных и работы с графикой, а также свободная программная среда вычислений с открытым исходным кодом в рамках проекта GNU. Язык создавался как аналогичный языку S, разработанному в Bell Labs, и является его альтернативной реализацией, хотя между языками есть существенные отличия, но в большинстве своём код на языке S работает в среде R. Изначально R был разработан сотрудниками статистического факультета Оклендского университета Россом Айхэкой и Робертом Джентлменом ; язык и среда поддерживаются и развиваются организацией R Foundation.
Препри́нт — предварительная версия публикации для ознакомления, до её официального окончательного выхода в тираж.
Откры́тый до́ступ — собирательный термин, обозначающий ряд принципов и практик, которые обеспечивают бесплатный, оперативный, постоянный, полнотекстовый онлайн доступ к научным публикациям. Будапештская инициатива открытого доступа определяет работы в ОД как размещённые в интернете и открытые для чтения, копирования, распространения и сканирования. Помимо этого, пользователи могут использовать их в качестве данных для программного обеспечения, или для любых законных целей, без каких-либо ценовых, юридических или технических барьеров. При этом авторы имеют право на осуществление контроля за целостностью работы, а также на надлежащую атрибуцию. Главной целью ОД является устранение любых ограничений доступа к научному знанию.
PubMed — бесплатная поисковая система по биомедицинским исследованиям, созданная Национальным центром биотехнологической информации в 1997 году. Ежедневно портал посещают около 2,5 млн пользователей.
Электро́нное архиви́рование — ряд практик, стратегий и рабочих процессов по защите электронных документов от устаревания и потери информации. Деятельность по архивации цифровых данных направлена на создание, обслуживание и сохранение целостности цифровой информации. Для обозначения практик электронного архивирования используют несколько терминов — digital preservation, digital archiving или digital management. Зачастую эти понятия употребляют как взаимозаменяемые, однако использование отдельных терминов зависит от страны.
Открытые данные — концепция, отражающая идею о том, что определённые данные должны быть свободно доступны для машиночитаемого использования и дальнейшей републикации без ограничений авторского права, патентов и других механизмов контроля.
Открытые научные данные — вид открытых данных, представляющий собой результаты научных исследований, доступные для свободного использования и анализа. Концепция открытых научных данных активно обсуждалась с 1950-х годов, однако лишь с развитием Интернета удалось существенно снизить затраты и время, необходимые на публикацию данных и доступ к ним.
Открытая наука — собирательный термин для обозначения различных движений, деятельность которых направлена на устранение барьеров в обмене и производстве научных знаний. К ним относят движения за открытый доступ, открытые данные, открытое программное обеспечение, открытую кооперацию между учёными, открытый процесс рецензирования, краудфандинг и другое. В начале 2000-х годов для обозначения влияния интернета на производство и распространение научного знания широко использовались термины Science 2.0 и e-Science. Однако с 2014 года понятие «Открытая наука» стало общепринятым. В этот год Европейская комиссия организовала опрос и общественные консультации с 500 респондентами, большинство из которых проголосовали за использование понятия «Открытая наука» вместо «Science 2.0».
Cytoscape — биоинформатическая платформа с открытым исходным кодом, предназначенная для визуализации сетей молекулярных взаимодействий и биологических путей с возможностью использования дополнительных данных, таких как функциональная аннотация, информация об уровне экспрессии генов и прочих. Несмотря на то, что исходно Cytoscape был разработан для биологических исследований, сейчас он широко используется для решения различных задач по анализу сетей и их визуализации.
Семантическая публикация или публикация в семантическом вебе — размещение информации в Интернете в формате документов, сопровождаемых семантической разметкой. Семантическая публикация даёт возможность поисковым машинам более точно интерпретировать структуру и смысл опубликованной информации, что делает поиск информации в Интернете и интеграции данных более эффективным.
Open Journal Systems — открытое программное обеспечение для организации рецензируемых научных изданий, разработанное некоммерческим исследовательским проектом Public Knowledge Project. Распространяется по лицензии GNU General Public License.
Будапе́штская инициати́ва откры́того до́ступа — принятая в 2002 году инициатива, определившая понятие открытый доступ (ОД) и обозначившая основные стратегии для его достижения. Будапештская инициатива определяет ОД как бесплатный доступ к научной литературе, осуществляемый через интернет и позволяющий любому пользователю читать, загружать, копировать, распространять, распечатывать, искать или ссылаться на полные тексты работ при отсутствии любых финансовых, правовых и технических ограничений. Единственным возможным ограничением на распространение и воспроизведение работ является право автора на контролирование целостности текста, а также обязательное указание авторства при использовании и цитировании. Помимо этого, БИОД выступает за установление единого стандарта системы лицензирования посредством введения открытых лицензий для всех исследований, финансируемых на средства государства. По состоянию на начало апреля 2021 года, декларацию подписали 976 организаций и 6141 частных пользователей.
Figshare — научный онлайн-репозиторий, где пользователи могут сделать доступными результаты своих исследований.
Zenodo — универсальный репозиторий с открытым доступом, разработанный в рамках европейской программы OpenAIRE и управляемый ЦЕРН.
Берли́нская деклара́ция об откры́том до́ступе к нау́чному и гуманита́рному зна́нию — принятая в 2003 году декларация, которая вместе с Будапештской инициативой 2002 года и Бетесдским заявлением об открытом доступе к публикациям 2003 года определили ведущие принципы движения за открытый доступ (ОД). Берлинская декларация была опубликована 22 октября 2003 года по итогам конференции, организованной Обществом Макса Планка в Берлине, в которой приняли участие представители крупнейших международных научных и спонсорских организаций. Берлинская декларация предложила практические пути внедрения ОД — предоставление финансирования исследователям и стипендиатам для публикации работ в журналах открытого доступа, продвижение идей открытой науки в просветительской сфере, а также содействие юридическим и финансовым аспектам политики ОД и создание онлайн-репозиториев для хранения копий работ. Главным отличием Берлинской декларации от предыдущих документов стало то, что она определяла открытый доступ не только в отношении к рецензируемым научным работам, но и к базам данных, источникам, цифровым копиям графических материалов и научным работам в мультимедийной форме.
Gratis versus libre — различие между двумя понятиями английского прилагательного «free», которое переводят как «свободный», «бесплатный» или «открытый». Впервые термины gratis («свободный») и libre («открытый») использовали сторонники свободного программного обеспечения для разделения свободного и открытого ПО в 1988 году. Понятием gratis обозначали фундаментальную этику и свободу пользователя в копировании, изучении, применении и изменении программного обеспечения, а термином libre — практические аспекты пользования открытыми лицензиями. Несмотря на идеологические и философские различия между концепциями, оба термина характеризуют об одних и тех же проблемах в сфере движения за свободное ПО. По этой причине, их часто называют собирательным понятием «свободное и открытое программное обеспечение».
Реформирование системы публикации научных работ — комплекс мер по преобразованию способов производства и распространению научных журналов в цифровую эпоху. Сторонники реформ утверждают, что современная система публикации исследовательских работ имеет ряд фундаментальных проблем, связанных с коммерциализацией издательской деятельности и использованием формальных метрик для оценки вклада исследователей.
Набор данных — коллекция данных. В случае с табличными данными, набор данных соответствует одной или нескольким таблицам баз данных, где каждый столбец таблицы соответствует отдельной переменной, и каждая строка соответствует записи в наборе данных. Наборы данных хранят значения для каждой переменной, например, высота и вес объекта для каждого члена набора данных. Наборы данных могут также состоять из коллекции документов или файлов.
