Риновирусы — группа мелких РНК-содержащих видов вирусов рода энтеровирусов, вирионы которых не имеют наружной оболочки, а геном представлен одноцепочечной линейной нефрагментированной молекулой РНК, связанной с белком VPg; включает возбудителей острых респираторных заболеваний (ОРЗ). Нуклеокапсид организован по типу икосаэдрической симметрии. После его удаления экстрагированная РНК сохраняет инфекционность.
Коронавирусы (лат. Coronaviridae) — семейство РНК-содержащих вирусов, включающее на май 2020 года 45 видов, объединённых в два подсемейства. Поражают млекопитающих, птиц и земноводных. Название связано со строением вируса, шиповидные отростки которого напоминают солнечную корону. Известно 7 коронавирусов, поражающих человека:
- HCoV-229E — альфакоронавирус, впервые выявлен в середине 1960-х годов;
- HCoV-NL63 — альфакоронавирус, возбудитель был выявлен в Нидерландах в 2004 году;
- HCoV-OC43 — бетакоронавирус A, возбудитель выявлен в 1967 году;
- HCoV-HKU1 — бетакоронавирус A, возбудитель обнаружен в Гонконге в 2005 году;
- SARS-CoV-1 — бетакоронавирус B, возбудитель тяжёлого острого респираторного синдрома, первый случай заболевания которым был зарегистрирован в 2002 году;
- MERS-CoV — бетакоронавирус C, возбудитель ближневосточного респираторного синдрома, вспышка которого произошла в 2015 году;
- SARS-CoV-2 — бетакоронавирус B, выявлен во второй половине 2019 года, вызвал пандемию COVID-19, следствием которой стало закрытие границ и введение экстренных мер безопасности.
Афтовирусы — род вирусов из семейства пикорнавирусов. Вирусы нестабильны при рН ниже 5,0. Вызывают генерализованные инфекции с везикулёзной сыпью у коров, свиней, овец, коз и лошадей, в том числе ящур. Размножаются в клеточных культурах многих видов.
Международный комитет по таксономии вирусов — занимается организацией таксономической классификации вирусов. ICTV была разработана универсальная система таксономии для описания всех существующих вирусов. Члены комитета являются признанными мировыми экспертами в области вирусологии. Комитет организован и управляется Отделением Вирусологии International Union of Microbiological Societies. Разделение видов внутри семейств производится отдельными исследовательскими группами, в которых входят эксперты по данным семействам.
Nucleocytoviricota (лат.) — тип вирусов эукариот, относимый к царству Bamfordvirae и включающий классы Megaviricetes и Pokkesviricetes. Также представители типа известны как крупные ядерно-цитоплазматические ДНК-содержащие вирусы или гигантские вирусы, поскольку отличаются очень большими геномами и крупными вирионами, достигающими от 200 нм до 1000 нм в диаметре, и, таким образом, сравнимы по этим параметрам с бактериями.
РНК-содержащие вирусы — вирусы, геном которых представлен рибонуклеиновой кислотой. Обычно она одноцепочечная (оцРНК), но может быть и двуцепочечной (дцРНК). Наиболее серьёзными заболеваниями человека, вызываемыми РНК-вирусами, являются геморрагическая лихорадка Эбола, ТОРС, COVID-19, бешенство, простуда, грипп, гепатит C, гепатит E, лихорадка Западного Нила, полиомиелит и корь.
Riboviria (лат.) — реалм РНК-содержащих вирусов, которые реплицируются с помощью РНК-зависимых РНК-полимераз и всех вирусов, кодирующих собственную РНК-зависимую ДНК-полимеразу. В состав реалма входят вирусы из нескольких групп классификации вирусов по Балтимору: группа III (дцРНК-вирусы), группа IV (+оцРНК-вирусы), группа V (-оцРНК-вирусы), группа VI и группа VII.
Иридовирусы — семейство крупных вирусов с двухцепочечными геномами ДНК. Естественными хозяевами служат амфибии, рыбы и беспозвоночные, такие как членистоногие. В настоящее время в этом семействе 12 видов, разделенных на два подсемейства и пять родов.
Negarnaviricota — тип вирусов, представители которого имеют геном состоящий из негативной (антисмысловой), одноцепочечной рибонуклеиновой кислоты. Их геном представляют комплиментарную цепь, на матрице которой, при помощи вирусного фермента РНК-зависимая РНК-полимераза (RdRp) синтезируется матричная РНК (мРНК). Во время репликации генома вируса, RdRp синтезирует смысловую (положительную) цепь вирусного РНК генома, которая используется в качестве матрицы для создания негативных цепей РНК, являющихся потомством вируса. РНК-вирусы с негативной цепью также обладают рядом других общих характеристик: большинство имеет вирусную оболочку, окружающую капсид с РНК вируса, геном вирусов обычно представляет линейную молекулу, и их геном чаще всего сегментирован.
Adnaviria (лат.) — реалм ДНК-содержащих вирусов, на июль 2020 года включающий единственный класс Tokiviricetes.
Zobellviridae — семейство преимущественно морских бактериофагов с подовирусной морфологией.
Finnlakeviridae (лат.) — семейство ДНК-содержащих бактериофагов неясного систематического положения. По состоянию на 2022 год в семейство входит единственный род Finnlakevirus, представленный единственным видом Flavobacterium phage FLiP. Этот вирус был описан в 2010 году и стал первым известным вирусом с геномом в виде одноцепочечной ДНК (оцДНК), который имеет внутреннюю мембрану. Длина генома Finnlakevirus составляет около 9,2 тысяч нуклеотидов. По геномной последовательности Finnlakevirus не демонстрирует сходства с какими-либо другими описанными вирусами.
В вирусологии реалм — это высший таксономический ранг, созданный для вирусов Международным комитетом по таксономии вирусов, который курирует работу над таксономией вирусов. Примерно соответствует рангу домена клеточных организмов. По состоянию на 2023 год признаны шесть реалмов вирусов, они объединены специфическими высококонсервативными признаками:
- Adnaviria, который содержит архейные нитчатые вирусы с геномами двухцепочечной ДНК A-формы, кодирующей уникальный альфа-спиральный главный капсидный белок;
- Duplodnaviria, который содержит все вирусы с двухцепочечной ДНК, кодирующие главный капсидный белок HK97-fold;
- Monodnaviria, который содержит все вирусы с одноцепочечной ДНК (оцДНК), кодирующие эндонуклеазу суперсемейства HUH, и её потомков;
- Riboviria, в который включены все РНК-содержащие вирусы, кодирующие РНК-зависимую РНК-полимеразу, и все вирусы, кодирующие обратную транскриптазу;
- Ribozyviria, который содержит дельта-подобные вирусы гепатита с кольцевыми геномами negative-sense ssRNA;
- Varidnaviria, который содержит все вирусы с двухцепочечной ДНК, которые кодируют основной капсидный белок с вертикальным желеобразным рулетом.
Ortervirales — это отряд, который включает все общепринятые виды одноцепочечных РНК-вирусов, которые реплицируются через промежуточное звено ДНК, и все принятые виды двухцепочечных ДНК-вирусов, которые реплицируются через промежуточное звено РНК. Название происходит от реверса слова ретро.
Revtraviricetes — это класс вирусов, который содержит все вирусы, кодирующие обратную транскриптазу. В эту группу входят все вирусы ssRNA-RT (VI)(включая ретровирусы) и вирусы dsDNA-RT (VII). Это единственный класс в типе Artverviricota, который является единственным типом в царстве Pararnavirae. Название группы представляет собой сочетание слов «обратная транскриптаза» и -viricetes, которое является суффиксом для класса вирусов.
Семотивирус — единственный род вирусов семейства Belpaoviridae. Виды существуют как ретротранспозоны в геноме эукариотического хозяина. Транспозоны BEL/pao встречаются только у животных.
Orthornavirae — царство вирусов, геномы которых состоят из рибонуклеиновой кислоты (РНК) и кодируют РНК-зависимую РНК-полимеразу (RdRp). RdRp используется для транскрипции генома вирусной РНК в информационную РНК (мРНК) и для репликации генома. Вирусы этого царства также имеют ряд общих характеристик, связанных с эволюцией, включая высокую скорость генетических мутаций, рекомбинаций и реассортации.
Shotokuvirae — название царства вирусов из реалма Monodnaviria, созданной Международным комитетом по таксономии вирусов (ICTV).
Pararnavirae — царство вирусов, созданное Международным Комитетом по таксономии вирусов, которое включает в себя все ретротранскрибируемые вирусы. Он включает в себя группы VI и VII по Балтиморской классификации. они могут содержать ДНК или РНК, но их репликация происходит с использованием обратной транскриптазы, то есть через промежуточную цепь генетического материала, отличного от того, из которого они состоят. Царство включает в себя два порядка и шесть семейств.
Pisuviricota — тип РНК-вирусов, который включает все вирусы с положительной и двухцепочечной РНК, инфицирующие эукариоты и не принадлежащие к типам Kitrinoviricota, Lenarviricota или Duplornaviricota. Название группы представляет собой слоговую аббревиатуру от « pi cornavirus supergroup» с суффиксом -viricota, указывающим на тип вируса. Филогенетический анализ предполагает, что Birnaviridae и Permutotetraviridae, которые в настоящее время не относятся к типу Orthornavirae, также принадлежат к этому типу и что обе являются сестринскими группами. Другое предлагаемое семейство этого типа — неназначенные Polymycoviridae в Riboviria.
