Linux — семейство Unix-подобных операционных систем на базе ядра Linux, включающих тот или иной набор утилит и программ проекта GNU, и, возможно, другие компоненты. Как и ядро Linux, системы на его основе, создаются и распространяются в соответствии с моделью разработки свободного и открытого программного обеспечения. Linux-системы распространяются в основном бесплатно в виде различных дистрибутивов — в форме, готовой для установки и удобной для сопровождения и обновлений, и имеющих свой набор системных и прикладных компонентов, как свободных, так и проприетарных.
Свободное программное обеспе́чение, свободный софт — программное обеспечение, пользователи которого имеют права («свободы») на его неограниченную установку, запуск, свободное использование, изучение, распространение и изменение (совершенствование), а также распространение копий и результатов изменения. Если на программное обеспечение есть исключительные права, то свободы объявляются при помощи свободных лицензий.
GNU General Public License — лицензия на свободное программное обеспечение, созданная в рамках проекта GNU в 1988 г., по которой автор передаёт программное обеспечение в общественную собственность. Её также сокращённо называют GNU GPL или даже просто GPL, если из контекста понятно, что речь идёт именно о данной лицензии. Вторая версия этой лицензии была выпущена в 1991 году, третья версия, после многолетней работы и длительной дискуссии — в 2007 году. GNU Lesser General Public License (LGPL) — это ослабленная версия GPL, предназначенная для некоторых библиотек ПО. GNU Affero General Public License — усиленная версия GPL для программ, предназначенных для доступа к ним через сеть.
Открытое программное обеспечение — программное обеспечение с открытым исходным кодом. Исходный код таких программ доступен для просмотра, изучения и изменения, что позволяет убедиться в отсутствии уязвимостей и неприемлемых для пользователя функций, принять участие в доработке само́й открытой программы, использовать код для создания новых программ и исправления в них ошибок — через заимствование исходного кода, если это позволяет совместимость лицензий, или через изучение использованных алгоритмов, структур данных, технологий, методик и интерфейсов.
Gentoo Linux — дистрибутив GNU/Linux с мощной и гибкой технологией Portage, совмещающей в себе возможности конфигурирования и настройки, а также автоматизированную систему управления пакетами. Последняя создавалась под влиянием системы управления пакетами FreeBSD. Отличительной особенностью Gentoo является возможность оптимизации под конкретное аппаратное обеспечение.
Fedora — дистрибутив Linux, разрабатываемый Проектом Fedora, спонсируемый компаниями Red Hat и IBM и содержащий возможности, которые в будущем предполагаются к использованию в дистрибутиве Red Hat Enterprise Linux. Цель проекта — построение целостной операционной системы из свободного программного обеспечения силами сообщества в духе экосистемы Red Hat Linux. Версии выходят каждые 6—8 месяцев по публичному расписанию.
RPM — формат пакетов программного обеспечения, а также программа, созданная для управления этими пакетами, используемые в ряде Linux-дистрибутивов; является основным форматом пакетов в LSB.
Arch Linux — независимый дистрибутив GNU/Linux для опытных пользователей, оптимизированный для архитектуры x86-64, который стремится предоставить последние «новейшие» версии программ, следуя модели rolling release. По умолчанию пользователю предоставляется минималистичная базовая система, в которую пользователь может добавить то, что ему требуется. Для установки, удаления и обновления пакетов используется пакетный менеджер Pacman.
apt — программа для установки, обновления и удаления программных пакетов в операционных системах Debian и основанных на них, иногда также используется в дистрибутивах, основанных на Mandrake, например Mandriva, ALT Linux и PCLinuxOS. Способна автоматически устанавливать и настраивать программы для UNIX-подобных операционных систем как из предварительно откомпилированных пакетов, так и из исходных кодов.
Scilab — пакет прикладных математических программ, предоставляющий открытое окружение для инженерных (технических) и научных расчётов. Это самая полная общедоступная альтернатива MATLAB.
Portage — основная система управления пакетами в Gentoo Linux. Аналог системы портов FreeBSD. Представляет собой набор утилит на Python и Bash, призванных облегчить и упорядочить установку программного обеспечения из исходных кодов или бинарных пакетов, с учётом всех зависимостей.
OpenFOAM — открытая интегрируемая платформа для численного моделирования задач механики сплошных сред.
Sabayon Linux — дистрибутив на ядре Linux, основанный на мета-дистрибутиве Gentoo и полностью с ним совместимый.
НауLinux — некоммерческий дистрибутив Linux, базируется на Scientific Linux Cyrillic Edition (SL).
GAMESS (US) — программа пакета вычислительной квантовой химии. Аббревиатура расшифровывается как General Atomic and Molecular Electronic Structure System. В 1981 году появилось две стабильных ветви GAMESS: GAMESS (US) и GAMESS (UK), с тех пор их развитие шло самостоятельно и на сегодняшний день эти две программы отличаются довольно существенно. Проект GAMESS поддерживается членами исследовательской группы Гордона в Государственном Университете штата Айова.
LAMMPS — свободный пакет для классической молекулярной динамики, написанный группой из Сандийских национальных лабораторий. Пакет может применяться для крупных расчётов. Для работы на многопроцессорных системах используется интерфейс MPI. Пакет распространяется по лицензии GPL и доступен в виде исходных кодов, а также в виде скомпилированных пакетов для Microsoft Windows.
Дистрибутив Linux — скомпонованный в дистрибутивный пакет подобранный набор компонентов операционной системы Linux — ядро, библиотеки и утилиты проекта GNU, программа установки, другие утилиты и программы для Linux; основная форма распространения Linux-систем.
Debian — операционная система, состоящая из свободного ПО с открытым исходным кодом. В настоящее время Debian GNU/Linux — один из самых популярных и важных дистрибутивов GNU/Linux, в первичной форме оказавший значительное влияние на развитие этого типа ОС в целом. Также существует проект на основе другого ядра: Debian GNU/Hurd. Debian может использоваться в качестве операционной системы как для серверов, так и для рабочих станций.
paldo — операционная система, созданная на базе ядра Linux, и использующая утилиты GNU. Первоначально она была разработана Юрг Биллером и Раффаэлем Сандрини, и выпущена в 2004 году с лицензией GPL.
