HAVCR1

Перейти к навигацииПерейти к поиску
HAVCR1
Доступные структуры
PDBПоиск ортологов: PDBe RCSB
Список идентификаторов PDB

5DZO, 5F70

Идентификаторы
ПсевдонимыHAVCR1, HAVCR, HAVCR-1, KIM-1, KIM1, TIM, TIM-1, TIM1, TIMD-1, TIMD1, CD365, hepatitis A virus cellular receptor 1
Внешние IDOMIM: 606518 MGI: 2159680 HomoloGene: 134424 GeneCards: HAVCR1
Расположение гена (человек)
5-я хромосома человека
Хр.5-я хромосома человека[1]
5-я хромосома человека
Расположение в геноме HAVCR1
Расположение в геноме HAVCR1
Локус5q33.3Начало157,029,413 bp[1]
Конец157,059,119 bp[1]
Расположение гена (Мышь)
11-я хромосома мыши
Хр.11-я хромосома мыши[2]
11-я хромосома мыши
Расположение в геноме HAVCR1
Расположение в геноме HAVCR1
Локус11|11 B1.1Начало46,625,907 bp[2]
Конец46,670,405 bp[2]
Паттерн экспрессии РНК
Bgee
ЧеловекМышь (ортолог)
Наибольшая экспрессия в
Наибольшая экспрессия в
Дополнительные справочные данные
BioGPS
Дополнительные справочные данные
Генная онтология
Молекулярная функция
Компонент клетки
Биологический процесс
Источники: Amigo, QuickGO
Ортологи
ВидЧеловекМышь
Entrez

26762

171283

Ensembl

ENSG00000113249

ENSMUSG00000040405

UniProt

Q96D42

Q5QNS5

RefSeq (мРНК)

NM_001099414
NM_001173393
NM_001308156
NM_012206

NM_001166631
NM_001166632
NM_134248

RefSeq (белок)

NP_001166864
NP_001295085
NP_036338

NP_001160103
NP_001160104
NP_599009

Локус (UCSC)Chr 5: 157.03 – 157.06 MbChr 11: 46.63 – 46.67 Mb
Поиск по PubMedИскать[3]Искать[4]
Логотип Викиданных Информация в Викиданных
Смотреть (человек)Смотреть (мышь)

HAVCR1, или TIM-1 (англ. Hepatitis A virus cellular receptor 1, или англ. T-cell immunoglobulin and mucin domain 1 (TIM-1) ) — мембранный белок, продукт гена HAVCR1[5][6][7]. Член семейства белков TIM (T cell transmembrane, immunoglobulin, and mucin), которые играют критическую роль в регулировании активности иммунных клеток, в особенности в ответ на вирусную инфекцию. Семейство включает 8 генов (от TIM-1 до TIM-8), из которых у человека присутствуют 3: TIM-1, TIM-3 и TIM-4. Кроме этого, белок участвует в процессах аллергического ответа, астмы и толерантности к транспланту.

Функции

Белки семейства TIM являются гликопротеинами клеточной поверхности, в структуре которых присутствуют иммуноглобулино-подобный домен, муциновый домен определённой длины, один трансмембранный домен и короткий C-концевой цитоплазматический фрагмент.

TIM-1 экспрессирован преимущественно на клетках Th2 и действует как стимулирующая молекула в процессе активации T-лимфоцитов[8]. TIM-3 находится на клетках Th1 и Tc1 и функционирует как ингибиторный белок, который опосредует апоптоз этих клеток[9]. TIM-4 представлен на антигенпредставляющих клетках и модулирует фагоцитоз апоптозных клетеок за счёт взаимодействия с фосфатидилсерином клеточной мембраны апоптозных клеток[10].

Структура

Белок состоит из 364 аминокислот, молекулярная масса — 39,25 кДа. Это мембранный белок, содержит единственный трансмембранный участок. Содержит иммуноглобулиновый домен V-типа и домен с 12 аминокислотными повторами (V-P-T-T-T-T).

Примечания

  1. ↑ 1 2 3 GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000113249 - Ensembl, May 2017
  2. ↑ 1 2 3 GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000040405 - Ensembl, May 2017
  3. ↑ Ссылка на публикацию человека на PubMed: Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ↑ Ссылка на публикацию мыши на PubMed: Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ↑ Feigelstock D., Thompson P., Mattoo P., Zhang Y., Kaplan G. G. The human homolog of HAVcr-1 codes for a hepatitis A virus cellular receptor (англ.) // Journal of Virology[англ.] : journal. — 1998. — August (vol. 72, no. 8). — P. 6621—6628. — PMID 9658108. — PMC 109848.
  6. ↑ McIntire J. J., Umetsu S. E., Akbari O., Potter M., Kuchroo V. K., Barsh G. S., Freeman G. J., Umetsu D. T., DeKruyff R. H. Identification of Tapr (an airway hyperreactivity regulatory locus) and the linked Tim gene family (англ.) // Nature Immunology : journal. — 2001. — November (vol. 2, no. 12). — P. 1109—1116. — doi:10.1038/ni739. — PMID 11725301.
  7. ↑ Entrez Gene: HAVCR1 hepatitis A virus cellular receptor 1.
  8. ↑ Umetsu S. E., Lee W. L., McIntire J. J., Downey L., Sanjanwala B., Akbari O., Berry G. J., Nagumo H., Freeman G. J., Umetsu D. T., DeKruyff R. H. TIM-1 induces T cell activation and inhibits the development of peripheral tolerance (англ.) // Nature Immunology : journal. — 2005. — May (vol. 6, no. 5). — P. 447—454. — doi:10.1038/ni1186. — PMID 15793575.
  9. ↑ Zhu C., Anderson A. C., Schubart A., Xiong H., Imitola J., Khoury S. J., Zheng X. X., Strom T. B., Kuchroo V. K. The Tim-3 ligand galectin-9 negatively regulates T helper type 1 immunity (англ.) // Nature Immunology : journal. — 2005. — December (vol. 6, no. 12). — P. 1245—1252. — doi:10.1038/ni1271. — PMID 16286920.
  10. ↑ Kobayashi N., Karisola P., Peña-Cruz V., Dorfman D. M., Jinushi M., Umetsu S. E., Butte M. J., Nagumo H., Chernova I., Zhu B., Sharpe A. H., Ito S., Dranoff G., Kaplan G. G., Casasnovas J. M., Umetsu D. T., Dekruyff R. H., Freeman G. J. TIM-1 and TIM-4 glycoproteins bind phosphatidylserine and mediate uptake of apoptotic cells (англ.) // Immunity : journal. — Cell Press, 2007. — December (vol. 27, no. 6). — P. 927—940. — doi:10.1016/j.immuni.2007.11.011. — PMID 18082433. — PMC 2757006.

Литература

  • Kumanogoh A., Kikutani H. Immune semaphorins: a new area of semaphorin research (англ.) // Journal of Cell Science[англ.] : journal. — The Company of Biologists[англ.], 2004. — Vol. 116, no. Pt 17. — P. 3463—3470. — doi:10.1242/jcs.00674. — PMID 12893810.
  • McIntire J. J., Umetsu D. T., DeKruyff R. H. TIM-1, a novel allergy and asthma susceptibility gene (англ.) // Springer Seminars in Immunopathology : journal. — 2004. — Vol. 25, no. 3—4. — P. 335—348. — doi:10.1007/s00281-003-0141-3. — PMID 15007635.
  • Thompson P., Lu J., Kaplan G. G. The Cys-rich region of hepatitis A virus cellular receptor 1 is required for binding of hepatitis A virus and protective monoclonal antibody 190/4 (англ.) // Journal of Virology[англ.] : journal. — 1998. — Vol. 72, no. 5. — P. 3751—3761. — PMID 9557657. — PMC 109597.
  • Bailly V., Zhang Z., Meier W., Cate R., Sanicola M., Bonventre J. V. Shedding of kidney injury molecule-1, a putative adhesion protein involved in renal regeneration (англ.) // Journal of Biological Chemistry : journal. — 2002. — Vol. 277, no. 42. — P. 39739—39748. — doi:10.1074/jbc.M200562200. — PMID 12138159.
  • Noguchi E., Nakayama J., Kamioka M., Ichikawa K., Shibasaki M., Arinami T. Insertion/deletion coding polymorphisms in hHAVcr-1 are not associated with atopic asthma in the Japanese population (англ.) // Genes and Immunity[англ.] : journal. — 2003. — Vol. 4, no. 2. — P. 170—173. — doi:10.1038/sj.gene.6363935. — PMID 12618867.
  • McIntire J. J., Umetsu S. E., Macaubas C., Hoyte E. G., Cinnioglu C., Cavalli-Sforza L. L., Barsh G. S., Hallmayer J. F., Underhill P. A., Risch N. J., Freeman G. J., DeKruyff R. H., Umetsu D. T. Immunology: hepatitis A virus link to atopic disease (англ.) // Nature : journal. — 2003. — Vol. 425, no. 6958. — P. 576. — doi:10.1038/425576a. — Bibcode: 2003Natur.425..576M. — PMID 14534576.
  • Chae S. C., Song J. H., Heo J. C., Lee Y. C., Kim J. W., Chung H. T. Molecular variations in the promoter and coding regions of human Tim-1 gene and their association in Koreans with asthma (англ.) // Human Immunology[англ.] : journal. — 2004. — Vol. 64, no. 12. — P. 1177—1182. — doi:10.1016/j.humimm.2003.09.011. — PMID 14630400.
  • Chae S. C., Song J. H., Lee Y. C., Kim J. W., Chung H. T. The association of the exon 4 variations of Tim-1 gene with allergic diseases in a Korean population (англ.) // Biochemical and Biophysical Research Communications[англ.] : journal. — 2004. — Vol. 312, no. 2. — P. 346—350. — doi:10.1016/j.bbrc.2003.10.125. — PMID 14637143.
  • Vilà M. R., Kaplan G. G., Feigelstock D., Nadal M., Morote J., Porta R., Bellmunt J., Meseguer A. Hepatitis A virus receptor blocks cell differentiation and is overexpressed in clear cell renal cell carcinoma (англ.) // Kidney International[англ.] : journal. — 2004. — Vol. 65, no. 5. — P. 1761—1773. — doi:10.1111/j.1523-1755.2004.00601.x. — PMID 15086915.
  • Mesri M., Smithson G., Ghatpande A., Chapoval A., Shenoy S., Boldog F., Hackett C., Pena C. E., Burgess C., Bendele A., Shimkets R. A., Starling G. C. Inhibition of in vitro and in vivo T cell responses by recombinant human Tim-1 extracellular domain proteins (англ.) // International Immunology[англ.] : journal. — 2006. — Vol. 18, no. 3. — P. 473—484. — doi:10.1093/intimm/dxh388. — PMID 16481347.
  • Lim J., Hao T., Shaw C., Patel A. J., Szabó G., Rual J. F., Fisk C. J., Li N., Smolyar A., Hill D. E., Barabási A. L., Vidal M., Zoghbi H. Y. A protein-protein interaction network for human inherited ataxias and disorders of Purkinje cell degeneration (англ.) // Cell : journal. — Cell Press, 2006. — Vol. 125, no. 4. — P. 801—814. — doi:10.1016/j.cell.2006.03.032. — PMID 16713569.
  • Kotsis F., Nitschke R., Boehlke C., Bashkurov M., Walz G., Kuehn E. W. Ciliary calcium signaling is modulated by kidney injury molecule-1 (Kim1) (англ.) // Pflügers Archiv[англ.] : journal. — 2007. — Vol. 453, no. 6. — P. 819—829. — doi:10.1007/s00424-006-0168-0. — PMID 17205356.