Ген — в классической генетике — наследственный фактор, который несёт информацию об определённом признаке или функции организма, и который является структурной и функциональной единицей наследственности. В таком качестве термин «ген» был введён в 1909 году датским ботаником, физиологом растений и генетиком Вильгельмом Йоханнсеном.
Гено́м — совокупность наследственного материала, заключённого в клетке организма. Геном содержит биологическую информацию, необходимую для построения и поддержания организма. Большинство геномов, в том числе геном человека и геномы всех остальных клеточных форм жизни, построено из ДНК, однако некоторые вирусы имеют геномы из РНК.
РНК-интерференция — процесс подавления экспрессии гена на стадии транскрипции, трансляции, деаденилирования или деградации мРНК при помощи малых молекул РНК.
Ми́кроРНК — малые некодирующие молекулы РНК длиной 18—25 нуклеотидов, обнаруженные у растений, животных и некоторых вирусов, принимающие участие в транскрипционной и посттранскрипционной регуляции экспрессии генов путём РНК-интерференции. Помимо внутриклеточной обнаружена внеклеточная (циркулирующая) микроРНК.
Альтернати́вный спла́йсинг — вариант сплайсинга матричных РНК (мРНК), при котором в ходе экспрессии гена на основе одного и того же первичного транскрипта (пре-мРНК) происходит образование нескольких зрелых мРНК. Структурные и функциональные различия образовавшихся транскриптов могут быть вызваны как выборочным включением в зрелую мРНК экзонов первичного транскрипта, так и сохранением в ней частей интронов. Наиболее распространённая разновидность альтернативного сплайсинга предусматривает пропуск экзона: отдельные экзоны транскрипта при определённых условиях могут быть как включены в зрелую мРНК, так и пропущены.
Резухови́дка Та́ля, или Резу́шка Та́ля — небольшое цветковое растение, вид рода Резуховидка (Arabidopsis) семейства Капустные (Brassicaceae). Его исходный ареал включает Европу, Азию и север Африки, а в наше время резуховидка Таля распространилась по всем континентам, кроме Антарктиды.
Энхансер — небольшой участок ДНК, который после связывания с ним факторов транскрипции стимулирует транскрипцию с основных промоторов гена или группы генов. Энхансеры не обязательно находятся в непосредственной близости от генов, активность которых они регулируют, и даже не обязательно располагаются с ними на одной хромосоме. Энхансеры могут располагаться как в 5'-, так и в 3'-положении относительно матричной цепи регулируемого гена и в любой ориентации к ней. Энхансеры также могут находиться внутри интронов. Тем не менее для работы энхансера необходим его физический контакт с промотором, который осуществляется за счёт «выпетливания» ДНК между энхансером и промотором. Молекулярный механизм действия энхансера заключается в том, что он благодаря собранному на нём белковому комплексу привлекает РНК-полимеразу II и кофакторы транскрипции в область промотора.
Редакти́рование РНК — процесс, в ходе которого нуклеотиды в новосинтезированной РНК подвергаются химическим модификациям. Редактирование РНК также может включать вставку, делецию или замену нуклеотидов в молекуле РНК. Редактирование РНК — довольно редкий процесс, и типичные этапы процессинга мРНК обычно не рассматриваются как редактирование.
MADS-box (MADS-бокс) — консервативная последовательность нуклеотидов, кодирующая MADS-домен, при помощи которого белки связываются с ДНК. MADS-домен белков связывается с ДНК, в которой есть последовательность CC[A/T]6GG, коротко обозначаемая как CArG-box. Большинство белков, содержащих этот домен, являются транскрипционными факторами и влияют на экспрессию генов. Разные исследователи приводят разные данные относительно длины MADS-box, но обычно она составляет около 168—180 пар оснований, то есть закодированный в ней MADS-домен состоит из 56—60 аминокислот. Существуют данные, согласно которым MADS-домен эволюционировал из последовательности белка топоизомераза второго типа, который, как полагают, был у общего предка всех ныне живущих эукариот.
AGAMOUS (AG) — ген, кодирующий MADS-бокс содержащий транскрипционный фактор растения Arabidopsis thaliana. Номер гена в базе данных The Arabidopsis Information Resource — AT4G18960. В дословном переводе с английского agamous означает «бесполый». При мутации по этому гену, происходит нарушения развития цветка, когда на месте тычинок развиваются лепестки, а на месте плодолистиков — чашелистики.
SMC5 или белок структурной поддержки хромосом номер пять — это белок, который у человека кодируется геном SMC5.
Развитие цветка — это процесс, посредством которого цветковые растения запускают каскад экспрессии генов в меристеме, который приводит к образованию органа полового размножения — цветка. Чтобы это произошло, растение должно пройти три стадии развития и сопутствующие им физиологические изменения: во-первых, оно должно достичь половой зрелости и стать половозрелой особью ; во-вторых, должно произойти преобразование апикальной меристемы из вегетативной во флоральную меристему ; и, наконец, рост и развитие индивидуальных органов цветка. Для объяснения механизма последней стадии была придумана модель ABC, которая пытается описать биологическую основу процесса с точки зрения молекулярной генетики и биологии развития.
Superman — ген растения резуховидка Таля, обеспечивает связь развития тычинок и плодолистиков. Ген назван в честь героя комиксов — Супермена, поэтому связанные гены kryptonite (ген) и clark kent были названы соответственно. Он кодирует транскрипционный фактор. При мутации по этому гену у резуховидки происходит снижение количества плодолистиков в цветке и увеличение числа тычинок. Гомологичные гены известны у петунии и львиного зева, где они тоже участвуют в развитии цветка, хотя в обоих случаях есть существенные отличия в их функциях от функции superman в Arabidopsis. Superman начинает экспрессироваться уже на ранних этапах развития цветка, продукт гена обнаруживается в мутовке тычинок, смежной с мутовкой плодолистиков. Ген взаимодействует с гомеозисными генами из модели ABC и даёт множество необычных фенотипов.
Stp4 — ген модельного растения Arabidopsis thaliana. Этот ген кодирует интегральный мембранный белок плазматической мембраны клеток в корнях, пыльниках и проводящих тканях.
Спираль-поворот-спираль — мотив в белках, способный взаимодействовать с ДНК. Он состоит из двух α-спиралей, соединенных короткой цепью аминокислот и входит в состав многих белков, регулирующих экспрессию генов. Не следует путать с доменом типа «спираль-петля-спираль».
Парамута́ция — взаимодействие двух аллелей одного локуса, при котором один аллель вызывает наследуемые изменения в другом аллеле. Эти изменения могут заключаться в изменении паттерна метилирования ДНК или модификации гистонов. Аллель, индуцирующий эти изменения, называется парамутагенным, а тот аллель, который эпигенетически изменяется, называется парамутабельным. Парамутабельный аллель может иметь изменённые уровни экспрессии, которые могут сохраняться у потомства, унаследовавшего этот аллель, даже в отсутствие парамутагенного аллеля. Парамутации могут иметь место, например, у генетически идентичных растений, демонстрирующих совершенно разные фенотипы.
Флориген, или гормон цветения — гипотетическая гормоноподобная молекула, ответственная за контроль или инициирование цветения растений. Флориген образуется в листьях и действует в меристемах почек и растущих побегов. Известно, что он передаётся прививанием и даже функционирует между видами. Однако, несмотря на поиски с 1930-х годов, точная природа флоригена до сих пор не выяснена.
Список растений с секвенированным геномом включает растения, для которых в публичном доступе имеется полная собранная, аннотированная последовательность генома. В список не включены растения геномы, которых не собраны и представлены отдельными последовательностями. Также в представленный список не включены растения для которых доступны только геномы органелл . Для всех клад живых организмов, см. список секвенированных геномов.
Гены-сироты — это гены без обнаруженных гомологов в других эволюционных ветвях. Сироты — подгруппа таксономически ограниченных генов (TRG), которые являются уникальными для определённого таксономического уровня. В отличие от несиротных TRG, сироты обычно считаются уникальными для очень узкого таксона, в основном вида.
Ретротранспозоны LTR представляют собой мобильный элемент класса I, характеризующийся наличием длинных концевых повторов (LTR), непосредственно фланкирующих внутреннюю кодирующую область. Как ретротранспозоны, они мобилизуются посредством обратной транскрипции своей мРНК и интеграции вновь созданной кДНК в другое место. Их механизм ретротранспозиции аналогичен ретровирусам, с той разницей, что большинство LTR-ретротранспозонов не образуют инфекционных частиц, которые покидают клетки и, следовательно, реплицируются только внутри своего генома. Те, которые действительно (иногда) образуют вирусоподобные частицы, классифицируются как Ortervirales.