MBD3

Перейти к навигацииПерейти к поиску
Белок метил-CpG связывающего домена 3
Доступные структуры
PDBПоиск ортологов: PDBe, RCSB
Список идентификаторов PDB

2MB7

Идентификаторы
СимволMBD3
Внешние IDOMIM: 603573 MGI: 1333812 HomoloGene: 2917 GeneCards: Ген MBD3
Генная онтология
Функция• RNA polymerase II core promoter proximal region sequence-specific DNA binding

• RNA polymerase II distal enhancer sequence-specific DNA binding
• DNA binding
• protein binding
• methyl-CpG binding

• nucleosomal DNA binding
Компонент клетки• nuclear chromatin

• heterochromatin
• cytoplasm
• NuRD complex

• protein complex
Биологический процесс• negative regulation of transcription from RNA polymerase II promoter

• in utero embryonic development
• methylation-dependent chromatin silencing
• transcription, DNA-templated
• tissue development
• histone acetylation

• ATP-dependent chromatin remodeling
Источники: Amigo / QuickGO
Профиль экспрессии РНК
Больше информации
Ортологи
ВидЧеловекМышь
Entrez5361517192
EnsemblENSG00000071655ENSMUSG00000035478
UniProtO95983Q9Z2D8
RefSeq (мРНК)NM_001281453NM_013595
RefSeq (белок)NP_001268382NP_038623
Локус (UCSC)Chr 19:
1.58 – 1.59 Mb		Chr 10:
80.39 – 80.4 Mb
Поиск в PubMedИскатьИскать

Белок метил-CpG-связывающего домена 3 — белок, кодируемый у человека геном MBD3[1][2][3].

Функция

Метилирование ДНК является основной модификацией генома эукариот и играет важную роль в развитии млекопитающих. Белки человека MECP2, MBD1, MBD2, MBD3 и MBD4 относятся к семейству ядерных белков, объединённых по признаку наличия метил-CpG связывающего домена[англ.]. Однако, в отличие от других членов семейства, MBD3 не способен связываться с метилированной ДНК, но вместо этого связывается с гидроксиметилированной ДНК [1]. Первичная структура MBD3 на 71 % и 94 % идентична структуре MBD2 (изоформа1) и мышиному Mbd3. MBD3 является субъединицей мультисубъединичного комплекса NuRD, способный модифицировать нуклеосомы и обладающего гистондеацетилазной активностью. MBD3 опосредует связывания метастаз-ассоциироованного белка 2 (MTA2) с ядром гистондеацетилазного комплекса[3].

MBD3 также содержит домен спиральной катушки (coiled-coil), общий для всех трех известных изоформ MBD3. Именно домен спиральной катушки, а не MBD домен, помогает поддерживать плюрипотентность эмбриональных стволовых клеток, направляя поликомб репрессорный комплекс 2 (PRC2) на подмножества генов, связанных с развитием и органогенезом, тем самым поддерживая их стабильную репрессию[4].

Взаимодействия

MBD3,как было выявлено, взаимодействует с:

Примечания

  1. ↑ Hendrich B., Bird A. Identification and characterization of a family of mammalian methyl-CpG binding proteins (англ.) // Mol Cell Biol : journal. — 1998. — November (vol. 18, no. 11). — P. 6538—6547. — PMID 9774669. — PMC 109239.
  2. ↑ Hendrich B., Abbott C., McQueen H., Chambers D., Cross S., Bird A. Genomic structure and chromosomal mapping of the murine and human Mbd1, Mbd2, Mbd3, and Mbd4 genes (англ.) // Mamm Genome[англ.] : journal. — 1999. — September (vol. 10, no. 9). — P. 906—912. — doi:10.1007/s003359901112. — PMID 10441743.
  3. ↑ 1 2 Entrez Gene: MBD3 methyl-CpG binding domain protein 3.
  4. ↑ Hirasaki, M., Ueda, A., Asaka, M. N., Uranishi, K., Suzuki, A., Kohda, M., ... & Koseki, H. (2018). Identification of the Coiled‐Coil Domain as an Essential Mbd3 Element for Preserving Lineage Commitment Potential of Embryonic Stem Cells. STEM CELLS. doi:10.1002/stem.2849
  5. ↑ 1 2 3 Sakai H., Urano T., Ookata K., Kim M.H., Hirai Y., Saito M., Nojima Y., Ishikawa F. MBD3 and HDAC1, two components of the NuRD complex, are localized at Aurora-A-positive centrosomes in M phase (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — 2002. — Vol. 277, no. 50. — P. 48714—48723. — doi:10.1074/jbc.M208461200. — PMID 12354758.
  6. ↑ Brackertz M., Boeke J., Zhang R., Renkawitz R. Two highly related p66 proteins comprise a new family of potent transcriptional repressors interacting with MBD2 and MBD3 (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — 2002. — Vol. 277, no. 43. — P. 40958—40966. — doi:10.1074/jbc.M207467200. — PMID 12183469.
  7. ↑ Feng Q., Cao R., Xia L., Erdjument-Bromage H., Tempst P., Zhang Y. Identification and functional characterization of the p66/p68 components of the MeCP1 complex (англ.) // Mol. Cell. Biol. : journal. — 2002. — Vol. 22, no. 2. — P. 536—546. — doi:10.1128/MCB.22.2.536-546.2002. — PMID 11756549. — PMC 139742.
  8. ↑ 1 2 3 Zhang Y., Ng H.H., Erdjument-Bromage H., Tempst P., Bird A., Reinberg D. Analysis of the NuRD subunits reveals a histone deacetylase core complex and a connection with DNA methylation (англ.) // Genes Dev. : journal. — 1999. — Vol. 13, no. 15. — P. 1924—1935. — doi:10.1101/gad.13.15.1924. — PMID 10444591. — PMC 316920.
  9. ↑ 1 2 Saito M., Ishikawa F. The mCpG-binding domain of human MBD3 does not bind to mCpG but interacts with NuRD/Mi2 components HDAC1 and MTA2 (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — 2002. — Vol. 277, no. 38. — P. 35434—35439. — doi:10.1074/jbc.M203455200. — PMID 12124384.
  10. ↑ Jiang C.L., Jin S.G., Pfeifer G.P. MBD3L1 is a transcriptional repressor that interacts with methyl-CpG-binding protein 2 (MBD2) and components of the NuRD complex (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — 2004. — Vol. 279, no. 50. — P. 52456—52464. — doi:10.1074/jbc.M409149200. — PMID 15456747.

Литература

  • Shen L., Zhang Y. 5-Hydroxymethylcytosine: generation, fate, and genomic distribution (англ.) // Current Opinion in Cell Biology[англ.] : journal. — Elsevier, 2013. — Vol. 25, no. 3. — P. 289—296. — doi:10.1016/j.ceb.2013.02.017. — PMID 23498661.
  • Abbott W.M., Mellor A., Edwards Y., Feizi T. Soluble bovine galactose-binding lectin. cDNA cloning reveals the complete amino acid sequence and an antigenic relationship with the major encephalitogenic domain of myelin basic protein. (англ.) // Biochem. J.[англ.] : journal. — 1989. — Vol. 259, no. 1. — P. 283—290. — PMID 2470348. — PMC 1138502.
  • Zhang Y., LeRoy G., Seelig H.P., Lane W.S., Reinberg D. The dermatomyositis-specific autoantigen Mi2 is a component of a complex containing histone deacetylase and nucleosome remodeling activities. (англ.) // Cell : journal. — Cell Press, 1998. — Vol. 95, no. 2. — P. 279—289. — doi:10.1016/S0092-8674(00)81758-4. — PMID 9790534.
  • Tong J.K., Hassig C.A., Schnitzler G.R., Kingston R.E., Schreiber S.L. Chromatin deacetylation by an ATP-dependent nucleosome remodelling complex. (англ.) // Nature : journal. — 1998. — Vol. 395, no. 6705. — P. 917—921. — doi:10.1038/27699. — PMID 9804427.
  • Zhang Y., Ng H.H., Erdjument-Bromage H., Tempst P., Bird A., Reinberg D. Analysis of the NuRD subunits reveals a histone deacetylase core complex and a connection with DNA methylation. (англ.) // Genes Dev. : journal. — 1999. — Vol. 13, no. 15. — P. 1924—1935. — doi:10.1101/gad.13.15.1924. — PMID 10444591. — PMC 316920.
  • Wade P.A., Gegonne A., Jones P.L., Ballestar E., Aubry F., Wolffe A.P. Mi-2 complex couples DNA methylation to chromatin remodelling and histone deacetylation. (англ.) // Nat. Genet. : journal. — 1999. — Vol. 23, no. 1. — P. 62—6. — doi:10.1038/12664. — PMID 10471500.
  • Tatematsu K.I., Yamazaki T., Ishikawa F. MBD2-MBD3 complex binds to hemi-methylated DNA and forms a complex containing DNMT1 at the replication foci in late S phase. (англ.) // Genes Cells[англ.] : journal. — 2000. — Vol. 5, no. 8. — P. 677—688. — doi:10.1046/j.1365-2443.2000.00359.x. — PMID 10947852.
  • Humphrey G.W., Wang Y., Russanova V.R., Hirai T., Qin J., Nakatani Y., Howard B.H. Stable histone deacetylase complexes distinguished by the presence of SANT domain proteins CoREST/kiaa0071 and Mta-L1. (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — 2001. — Vol. 276, no. 9. — P. 6817—6824. — doi:10.1074/jbc.M007372200. — PMID 11102443.
  • Shi Y., Downes M., Xie W., Kao H.Y., Ordentlich P., Tsai C.C., Hon M., Evans R.M. Sharp, an inducible cofactor that integrates nuclear receptor repression and activation. (англ.) // Genes Dev. : journal. — 2001. — Vol. 15, no. 9. — P. 1140—1151. — doi:10.1101/gad.871201. — PMID 11331609. — PMC 312688.
  • Feng Q., Cao R., Xia L., Erdjument-Bromage H., Tempst P., Zhang Y. Identification and functional characterization of the p66/p68 components of the MeCP1 complex. (англ.) // Mol. Cell. Biol. : journal. — 2002. — Vol. 22, no. 2. — P. 536—546. — doi:10.1128/MCB.22.2.536-546.2002. — PMID 11756549. — PMC 139742.
  • Schlegel J., Güneysu S., Mennel H.D. Expression of the genes of methyl-binding domain proteins in human gliomas. (англ.) // Oncol. Rep.[англ.] : journal. — 2002. — Vol. 9, no. 2. — P. 393—395. — doi:10.3892/or.9.2.393. — PMID 11836615.
  • Saito M., Ishikawa F. The mCpG-binding domain of human MBD3 does not bind to mCpG but interacts with NuRD/Mi2 components HDAC1 and MTA2. (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — 2002. — Vol. 277, no. 38. — P. 35434—35439. — doi:10.1074/jbc.M203455200. — PMID 12124384.
  • Brackertz M., Boeke J., Zhang R., Renkawitz R. Two highly related p66 proteins comprise a new family of potent transcriptional repressors interacting with MBD2 and MBD3. (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — 2002. — Vol. 277, no. 43. — P. 40958—40966. — doi:10.1074/jbc.M207467200. — PMID 12183469.
  • Sakai H., Urano T., Ookata K., Kim M.H., Hirai Y., Saito M., Nojima Y., Ishikawa F. MBD3 and HDAC1, two components of the NuRD complex, are localized at Aurora-A-positive centrosomes in M phase. (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — 2003. — Vol. 277, no. 50. — P. 48714—48723. — doi:10.1074/jbc.M208461200. — PMID 12354758.
  • Fujita N., Jaye D.L., Kajita M., Geigerman C., Moreno C.S., Wade P.A. MTA3, a Mi-2/NuRD complex subunit, regulates an invasive growth pathway in breast cancer. (англ.) // Cell : journal. — Cell Press, 2003. — Vol. 113, no. 2. — P. 207—219. — doi:10.1016/S0092-8674(03)00234-4. — PMID 12705869.
  • Fujita N., Jaye D.L., Geigerman C., Akyildiz A., Mooney M.R., Boss J.M., Wade P.A. MTA3 and the Mi-2/NuRD complex regulate cell fate during B lymphocyte differentiation. (англ.) // Cell : journal. — Cell Press, 2004. — Vol. 119, no. 1. — P. 75—86. — doi:10.1016/j.cell.2004.09.014. — PMID 15454082.