Mercury (кристаллография)

Перейти к навигацииПерейти к поиску
Mercury (Crystal Structure Visualisation, Exploration and Analysis software)
Скриншот программы Mercury (Crystal Structure Visualisation, Exploration and Analysis software)
Mercury 4. 2. 0. screenshot
АвторF. H. Allen
РазработчикКембриджским центром кристаллографических данных[англ.]
Операционные системы Windows, Linux 64-bit, MacOS
Первый выпуск2001; 23 года назад (2001)
Последняя версияMercury 4.2.0 (2019; 5 лет назад (2019))
Тестовая версияMercury 4.2.0
ЛицензияFree download software
Сайтccdc.cam.ac.uk/Community/csd-community/freemercury/

Mercury — бесплатное программное обеспечение, разработанное Кембриджским центром кристаллографических данных[англ.]. Первоначально разработано как инструмент визуализации кристаллической структуры . Mercury предоставляет возможность трехмерной визуализации кристаллической структуры, а также рисовании и анализе кристаллической упаковки и межмолекулярных взаимодействий[1]. Текущая версия Mercury может читать файлы типов «.cif», «.mol», «.mol2», «.pdb», «.res», «.sd» и «.xyz». Mercury имеет собственный формат файла с расширением имени файла «.mryx»[2].

История

Кембриджский центр кристаллографических данных (CCDC) разработал и запустил две программы, названные ConQuest и Mercury[3], которые работают под Windows и различными типами Unix, включая Linux. ConQuest как поисковый интерфейс для Cambridge Structural Database[англ.] (CSD) с кодом Fortran, который выполняет широкий спектр задач, таких как поиск двухмерных и трехмерных подструктур. Программа Mercury представлена как визуализатор кристаллической структуры, обладающий возможностями работы с межмолекулярными контактами. Программа Mercury полностью написана на объектно-ориентированном C++. Для создания графического интерфейса используется библиотека C++ Qt, а для рендеринга трехмерной графики — OpenGL. Основная цель первого поколения Mercury была обеспечить трехмерное изображение кристаллических структур в форматах .MOL2, .PDB, .CIF, .MOL[4]. В первой версии около 2800 пользователей подписались на список обновлений Mercury по электронной почте[5]. Версия Mercury 2.0, выпущенная в 2008 году, содержит дополнительные инструменты для интерпретации и сравнения тенденций упаковки в кристаллических структурах. С 2015 года Mercury предоставляет дополнительные функции для создания 3D-печати[6]. Текущая версия 4.0 Mercury в большей степени усовершенствовала свой визуальный интерфейс по сравнению со своими старыми версиями[2].

Лицензия

Mercury доступен в виде бесплатной загрузки программного обеспечения и полной версии Mercury с более расширенными функциями, доступными с лицензией CSD, расширенные функции отключаются при отсутствии такой лицензии. Кембриджский центр кристаллографических данных (CCDC) предоставляет лицензию CSD академическим учреждениям[2].

См. также

Примечания

  1. ↑ Clare F., Macrae (2006-02-28). "Mercury: visualization and analysis of crystal structures" (PDF). Journal of Applied Crystallography. 39. doi:10.1107/S002188980600731X.
  2. ↑ 1 2 3 Mercury User Guide and Tutorials. ccdc.cam.ac.uk. Дата обращения: 18 апреля 2022. Архивировано 19 апреля 2022 года.
  3. ↑ Allen, Frank H. (2002-05-29). "The Cambridge Structural Database: a quarter of a million crystal structures and rising". Acta Crystallographica Section B Structural Science. 58 (3). International Union of Crystallography (IUCr): 380—388. doi:10.1107/s0108768102003890. ISSN 0108-7681.
  4. ↑ Bruno, I. J. "New software for searching the Cambridge Structural Database and visualizing crystal structures". Acta Crystallographica Section B. B58. doi:10.1107/S0108768102003324. Архивировано 23 апреля 2022. Дата обращения: 18 апреля 2022.
  5. ↑ I. Sovago, C. F. Macrae. "Mercury 4.0: from visualization to analysis, design and prediction" (PDF). Journal of Applied Crystallography. 53. doi:10.1107/S1600576719014092. Архивировано (PDF) 3 февраля 2022. Дата обращения: 18 апреля 2022.
  6. ↑ 3D Printing: Easy as 1, 2, 3! (англ.). The Cambridge Crystallographic Data Centre (CCDC) (19 августа 2015). Дата обращения: 18 мая 2019. Архивировано 18 мая 2019 года.

Ссылки