Ретрови́русы — семейство РНК-содержащих вирусов, заражающих преимущественно позвоночных. Наиболее известный и активно изучаемый представитель — вирус иммунодефицита человека.
Пикорнави́русы — семейство, объединяющее маленькие икосаэдрические вирусы высших позвоночных, содержащих одноцепочечную геномную РНК положительной полярности. Размер капсида составляет около 27—30 нм, размер генома — около 7—8 тысяч оснований. Размножение пикорнавирусов происходит в цитоплазме заражённой клетки. К пикорнавирусам относятся возбудители таких заболеваний, как полиомиелит, ринит, ящур, гепатит A и др. В мире вирусов пикорнавирусы выделяются очень высокой скоростью мутирования, что обуславливает высокую вероятность появления вредоносных для человека их вариантов.
Дельтаретровирусы — род вирусов из семейства ретровирусов (Retroviridae). Состоит из экзогенных горизонтально передаваемых вирусов, которые выделяются в нескольких группах млекопитающих.
Провирус — геном вируса, встроенный в ДНК клетки хозяина. Процесс встраивания провируса в геном называют интеграцией, эта реакция катализируется ферментом интегразой.
Длинные концевые повторы — последовательности ДНК, повторенные сотни или тысячи раз. Длинные концевые повторы фланкируют гены и обнаружены в геномной ДНК ретровирусов и в ретротранспозонах. Вирусы используют LTR для встраивания собственного генома в геном хозяина.
Лентивирусы — род вирусов из семейства ретровирусов (Retroviridae) с длительным инкубационным периодом.
Mononegavirales (лат.) — порядок вирусов, содержащих одноцепочечную (−)РНК. Выделен в 1990 году, первым среди порядков вирусов, в составе 3 семейств, в дальнейшем объём порядка был увеличен.
Колимовирусы — семейство ДНК-содержащих вирусов растений с механизмом обратной транскрипции и двуцепочечной ДНК, то есть вирусов, содержащих стадию обратной транскрипции в своём репликативном цикле.
Вирофа́ги — группа вирусов, которые могут размножаться в клетках только в присутствии другого вируса (вируса-хозяина), однако имеющих более сложные геномы и вирионы, чем другие вирусы-сателлиты. Вирофаги имеют икосаэдрические капсиды, их геномы представлены двуцепочечными молекулами ДНК. Первые представители этой группы вирусов описаны в 2008 году, и к концу 2016 года было известно 18 геномов вирофагов, два из которых почти полностью секвенированы. Вирофаги обнаружены в самых разных местообитаниях — в глубоководных районах океанов и на суше; один вирофаг был выделен из жидкости для контактных линз, поэтому, возможно, вирофаги взаимодействуют и с организмом человека.
Medusavirus — гигантский вирус, поражающий амёбу Acanthamoeba castellanii. Имеет икосаэдрический капсид с необычными придатками, имеющими сферические наконечники. Морфологически и филогенетически Medusavirus сильно отличается от остальных гигантских вирусов, поэтому предлагается выделить его в отдельное семейство Medusaviridae.
Все известные на данный момент ви́русы архе́й имеют геномы, представленные ДНК: одноцепочечной или двухцепочечной, кольцевой или линейной. Недавно, однако, в горячих источниках Йеллоустонского национального парка, которые населены почти исключительно видом архей Sulfolobus solfataricus, с помощью метагеномики обнаружили вирусный РНК-геном, отдалённо напоминающий эукариотические РНК-содержащие вирусы, поэтому, возможно, существуют и РНК-содержащие вирусы архей.
Riboviria (лат.) — реалм РНК-содержащих вирусов, которые реплицируются с помощью РНК-зависимых РНК-полимераз и всех вирусов, кодирующих собственную РНК-зависимую ДНК-полимеразу. В состав реалма входят вирусы из нескольких групп классификации вирусов по Балтимору: группа III (дцРНК-вирусы), группа IV (+оцРНК-вирусы), группа V (-оцРНК-вирусы), группа VI и группа VII.
Adnaviria (лат.) — реалм ДНК-содержащих вирусов, на июль 2020 года включающий единственный класс Tokiviricetes.
Finnlakeviridae (лат.) — семейство ДНК-содержащих бактериофагов неясного систематического положения. По состоянию на 2022 год в семейство входит единственный род Finnlakevirus, представленный единственным видом Flavobacterium phage FLiP. Этот вирус был описан в 2010 году и стал первым известным вирусом с геномом в виде одноцепочечной ДНК (оцДНК), который имеет внутреннюю мембрану. Длина генома Finnlakevirus составляет около 9,2 тысяч нуклеотидов. По геномной последовательности Finnlakevirus не демонстрирует сходства с какими-либо другими описанными вирусами.
Alphavirus — род РНК-вирусов, единственный род в семействе Togaviridae. Альфавирусы принадлежат к группе IV Балтиморской классификации вирусов с одноцепочечным геномом (+)РНК. Существует 32 альфавируса, которые заражают различных позвоночных, таких как люди, грызуны, рыбы, птицы и более крупных млекопитающих, таких как лошади, а также беспозвоночных. Альфавирусы, которые могут инфицировать как позвоночных, так и членистоногих, называются альфавирусами с двойным хозяином, в то время как альфавирусы, специфичные для насекомых, такие как вирус Эйлат и вирус Яда-яда, ограничены их компетентным переносчиком из членистоногих. Передача между видами и отдельными особями происходит в основном через комаров, что делает альфавирусы членом коллекции арбовирусов или вирусов, переносимых членистоногими. Частицы альфавируса имеют оболочку диаметром в 70 нм, сферической формы. Нуклеокапсид изометрический 40 нм в диаметре.
Ortervirales — это отряд, который включает все общепринятые виды одноцепочечных РНК-вирусов, которые реплицируются через промежуточное звено ДНК, и все принятые виды двухцепочечных ДНК-вирусов, которые реплицируются через промежуточное звено РНК. Название происходит от реверса слова ретро.
Pseudoviridae — семейство вирусов, включающее три рода.
Pararnavirae — царство вирусов, созданное Международным Комитетом по таксономии вирусов, которое включает в себя все ретротранскрибируемые вирусы. Он включает в себя группы VI и VII по Балтиморской классификации. они могут содержать ДНК или РНК, но их репликация происходит с использованием обратной транскриптазы, то есть через промежуточную цепь генетического материала, отличного от того, из которого они состоят. Царство включает в себя два порядка и шесть семейств.
Ретротранспозоны LTR представляют собой мобильный элемент класса I, характеризующийся наличием длинных концевых повторов (LTR), непосредственно фланкирующих внутреннюю кодирующую область. Как ретротранспозоны, они мобилизуются посредством обратной транскрипции своей мРНК и интеграции вновь созданной кДНК в другое место. Их механизм ретротранспозиции аналогичен ретровирусам, с той разницей, что большинство LTR-ретротранспозонов не образуют инфекционных частиц, которые покидают клетки и, следовательно, реплицируются только внутри своего генома. Те, которые действительно (иногда) образуют вирусоподобные частицы, классифицируются как Ortervirales.
Гаммаретровирус — род из семейства ретровирусов. Примерами видов являются вирус лейкемии мышей и вирус лейкемии кошек. Они вызывают различные саркомы, лейкемии и иммунодефициты у млекопитающих, рептилий и птиц.
