Систе́ма органи́ческого ми́ра — это систематическое описание всех существующих в настоящее время и существовавших ранее организмов.
Enterobacterales (лат.) — большой порядок бактерий, включающий в себя такие известные патогены как: сальмонеллы, кишечная палочка, чумная палочка и т. д. До 2016 года употреблялось название «Enterobacteriales», но этот таксон был описан с нарушением норм Международного кодекса номенклатуры прокариот в орфографии и у него отсутствовал типовой род, поэтому это название было заменено. При описании порядка изменили его классификацию, разделив семейство энтеробактерий (Enterobacteriaceae), единственное в порядке «Enterobacteriales», на 8 самостоятельных семейств.
Thermoproteales (лат.) — порядок архей из типа кренархеот (Crenarchaeota).
Протеобактерии — наиболее многочисленная группа бактерий — 1534 вида или примерно треть от всех известных видов бактерий.
Verrucomicrobia — тип бактерий, к которому относятся в основном некультивируемые формы. Как указывают метагеномные данные, в природе они распространены исключительно широко. Они составляют от 1 до 10 % почвенной микробиоты и потому имеют важное экологическое значение.
Gemmatimonas (лат.) — описанный в 2013 году род бактерий из семейства Gemmatimonadaceae типа Gemmatimonadetes, включающий два вида.
Thermomicrobia (лат.) — класс бактерий, включающий термофильные зелёные несерные бактерии. Раньше Thermomicrobia являлся отдельным типом, но в 2004 году таксон был понижен в ранге до класса и перенесён в тип Chloroflexi на основании генетического родства.
Thermoplasmatales (лат.) — порядок архей из типа эвриархеот (Euryarchaeota), единственный в классе Thermoplasmata.
Acidilobales (лат.) — порядок архей из типа кренархеот (Crenarchaeota).
Desulfurococcales (лат.) — порядок архей из типа кренархеот (Crenarchaeota).
Sulfolobaceae (лат.) — семейство архей из типа кренархеот (Crenarchaeota), единственное в порядке Sulfolobales. Первый представитель семейства был выделен Т. Броком из горячего источника в национальном парке Йеллоустон. Первоначально он был назван Caldariella acidophila, однако сейчас этот вид известен как Sulfolobus acidocaldarius.
Фузобактерии — порядок бактерий в монотипных типе Fusobacteria и классе Fusobacteriia. Грамотрицательные анаэробные полиморфные микроорганизмы, часто имеют форму тонких длинных палочек с заострёнными концами размером 0,5—1 × 2—3 мкм, не имеющие жгутиков и не образующие спор и капсул.
Methanomicrobiaceae (лат.) — семейство архей из порядка Methanomicrobiales.
Methanosarcinales (лат.) — порядок архей из класса Methanomicrobia.
Methanosarcinaceae (лат.) — семейство архей из порядка Methanosarcinales.
Methanococcales (лат.) — порядок метанообразующих архей, на июнь 2017 года единственный в классе Methanococci Boone 2002.
Rhodospirillaceae (лат.) — семейство бактерий из типа протеобактерий. Большинство из них — пурпурные несерные бактерии, получающие энергию путём фотосинтеза; изначально всех пурпурных несерных бактерий включали в это семейство.
Acetobacteraceae (лат., возможное русское название — уксуснокислые бактерии) — семейство бактерий из типа протеобактерий, которые получают энергию, окисляя этанол до уксусной кислоты (являются строго облигатными аэробами). Поэтому они часто развиваются вслед за дрожжами, используя продукт спиртового брожения как субстрат для роста. Это грамотрицательные аэробные палочковидные бактерии, слабоподвижные за счёт перитрихиально или полярно расположенных жгутиков или неподвижные. Довольно требовательны к субстратам для роста. Почти все виды нуждаются в отдельных витаминах, в первую очередь в пантотеновой кислоте, однако есть формы, способные к синтезу всех факторов роста. Не стоит путать их с родом Acetobacterium, которые являются анаэробными гомоацетогенными факультативными автотрофами (ацетогенами) и могут восстанавливать CO2 до уксусной кислоты (см. статью Acetobacterium woodii). Для производства уксуса применяются в основном представители двух родов — Gluconobacter и Acetobacter.
Термотоговые — семейство бактерий из типа и класса термотог (Thermotogae). Грамотрицательные анаэробные, в основном термофильные и гипертермофильные микроорганизмы. Название типового рода Thermotoga, от которого произошли названия более высоких таксонов, отражает его существование при высоких температурах, вкупе с характерной, похожей на футляр структурой, называемой «тога», окружающей клетки этих видов.
Bacteroidetes (лат.) — тип грамотрицательных неспорообразующих анаэробных палочковидных бактерий, широко распространённых в окружающей среде, включая почву, ил, морскую воду, а также желудочно-кишечный тракт и кожу животных.