Штамм — чистая культура бактерий, грибов, и иных микроорганизмов, а также вирусов и прионов, выделенная из определённого источника и идентифицированная по тестам современной классификации. Поскольку многие микроорганизмы размножаются бинарным делением или митозом, без участия полового процесса, по существу, виды у таких микроорганизмов состоят из клональных линий, генетически и морфологически идентичных исходной клетке. Штамм не является таксономической категорией, один и тот же штамм не может быть выделен второй раз из того же источника в другое время.
Броже́ние — биохимический процесс, основанный на окислительно-восстановительных превращениях органических соединений в анаэробных условиях. В ходе брожения происходит образование АТФ за счёт субстратного фосфорилирования. При брожении субстрат окисляется не полностью, поэтому брожение энергетически малоэффективно в сравнении с дыханием, в ходе которого АТФ образуется не за счёт субстратного фосфорилирования, а за счёт окислительного фосфорилирования. Таким образом, основной биологический смысл брожения заключается не в получении энергии, а в окислении НАДН и обеспечении гликолитических процессов окисленной формой (НАД+) этого кофермента в условиях отсутствия кислорода.
Пробио́тики — живые микроорганизмы, приносящие пользу хозяину при введении в адекватных количествах. По другому определению это микроорганизмы, использующиеся в терапевтических целях, а также пищевые продукты и биологически активные добавки, содержащие живые микрокультуры.
Асперги́лл, также асперги́ллюс , — род аэробных плесневых грибов из отдела аскомицетов. Включает несколько сотен видов, распространённых по всему миру в различных климатических условиях. Аспергиллы хорошо растут на различных субстратах, образуя плоские пушистые колонии, вначале белые, а затем, в зависимости от вида, разной окраски, связанной с метаболитами гриба и спороношением. Мицелий гриба очень сильный[прояснить], с характерными для высших грибов перегородками.
В списке даны определения терминов, используемых в микологии.
Сахаромице́ты — класс сумчатых грибов (аскомицетов). Это — единственный класс подотдела сахаромико́товые. Класс содержит единственный порядок сахаромице́товые ; порядок включает 13 семейств и 99 родов.
Кише́чная па́лочка — вид грамотрицательных палочковидных бактерий, широко распространённых в нижней части кишечника теплокровных животных. Большинство штаммов E. coli являются безвредными, однако серотип O157:H7 может вызывать тяжёлые пищевые отравления у людей и животных. Безвредные штаммы являются частью нормальной флоры кишечника человека и животных. Кишечная палочка приносит пользу организму хозяина, например, синтезируя витамин K, а также предотвращая развитие патогенных микроорганизмов в кишечнике.
Ортохантавирус — род вирусов человека и животных из семейства Hantaviridae (хантавирусов) порядка Bunyavirales. Сферические вирионы размером от 228 до 5051 нм покрыты липидной оболочкой. Типовой штамм был впервые описан в 1978 году. Как члены порядка Bunyavirales, Orthohantavirus имеют трёхсоставный фрагментированный геном из однонитевой РНК отрицательной полярности. Большой сегмент генома кодирует РНК-зависимую РНК-полимеразу (репликазу), средний — два гликопротеина внешней мембраны вируса, а малый — белок нуклеокапсида. Заражение хантавирусами у жителей Европы и Азии проявляется в лёгкой форме геморрагической лихорадки с почечным синдромом, хотя в последние годы сообщалось о летальных исходах у больных с вирусом Добрава-Белград, из них четыре случая зафиксировано в 2009 году в Краснодарском крае. Наименования вирусам присваивают в соответствии с традицией таксономии для арбовирусов и робовирусов — в соответствии с географической областью, где он был обнаружен. С 2017 года во избежание путаницы в названиях видов из одного региона для рода Orthohantavirus слово virus в них заменено на orthohantavirus.
Acidiphílium (лат.) — род бактерий из семейства Acetobacteraceae класса альфа-протобактерий. Название Acidiphilium происходит от латинского acidum, что означает «кислота» и philum — «друг», «любящий», и обозначает дословно: «любящий кислоту».
Sulfolobaceae (лат.) — семейство архей из типа кренархеот (Crenarchaeota), единственное в порядке Sulfolobales. Первый представитель семейства был выделен Т. Броком из горячего источника в национальном парке Йеллоустон. Первоначально он был назван Caldariella acidophila, однако сейчас этот вид известен как Sulfolobus acidocaldarius.
Гипертермофилы — организмы, растущие и размножающиеся при экстремально высоких температурах — свыше 60 °C. Оптимальная температура для существования гипертермофилов — более 80 °C. Гипертермофилы являются типом экстремофилов и включают в основном организмы, относящиеся к домену археи, хотя некоторые бактерии также могут выдерживать температуры, превышающие 100 °C. Многие гипертермофилы также могут противостоять другим экстремальным факторам, таким как высокая кислотность или радиация.
Methanofollis (лат.) — род архей из семейства Methanomicrobiaceae порядка Methanomicrobiales.
Methanosphaerula palustris — вид метанообразующих архей из семейства Methanoregulaceae, типовой и единственный известный на июнь 2017 года в роде Methanosphaerula.
Methanoregula formicica (лат.) — вид архей из семейства Methanoregulaceae. Изначально был известен как штамм SMSPT.
Methanosarcinaceae (лат.) — семейство архей из порядка Methanosarcinales.
Methanosarcina barkeri (лат.) — типовой вид архей рода Methanosarcina из семейства Methanosarcinaceae. Метаногены. Штамм Methanosarcina barkeri fusaro был выделен из ила озера Фузаро близ Неаполя. Представляют собой дольчатые кокки.
Methanohalobium evestigatum (лат.) — вид архей из семейства Methanosarcinaceae порядка Methanosarcinales. На июнь 2017 года единственный в роду Methanohalobium.
Methermicoccus shengliensis (лат.) — вид архей, единственный представитель рода Methermicoccus и семейства Methermicoccaceae.
Desulfobulbus propionicus (лат.) — грамотрицательная хемоорганотрофная бактерия класса дельта-протеобактерии, типовой вид рода Desulfobulbus. Известны три штамма этого вида, обозначаемые 1pr3T, 2pr4 и 3pr10. Это первая бактерия из выделенных в чистой культуре, способная осуществлять диспропорционирование элементарной серы на сульфат и сульфид.
Beggiatoa (лат.) — род гамма-протеобактерий из порядка Thiotrichales. Представители рода населяют местообитания, богатые серой. Именно у бактерий этого рода в 1887 году русский исследователь С. Н. Виноградский открыл литотрофию.