Бактериофа́ги, или фа́ги (от др.-греч. φᾰ́γω — «пожираю»), — вирусы, заражающие бактериальные клетки. Ранее бактериофагами называли и вирусы архей, однако в настоящее время этот термин принято относить исключительно к бактериальным вирусам. Бактериофаги, как и любые иные вирусы, размножаются внутри клетки хозяина. Высвобождение потомства большинства бактериофагов происходит путём лизиса инфицированной бактериальной клетки, однако при размножении бактериофагов некоторых групп, например, нитчатых фагов, выход вирусных частиц происходит без разрушения клетки, которая сохраняет свою жизнеспособность. Вирусная частица или вирион бактериофага состоит из оболочки, как правило белковой, и генетического материала — одноцепочечной или двуцепочечной нуклеиновой кислоты (ДНК или, реже, РНК). Общая численность бактериофагов в большинстве природных местообитаний примерно равна численности бактерий или превышает ее в 2—10 раз, при этом общее количество фаговых частиц в биосфере Земли составляет 1030—1032 частиц. Бактериофаги активно участвуют в круговороте химических веществ и энергии, оказывают заметное влияние на состав, динамику и активность микробных сообществ, влияют на эволюцию микробов, на их взаимодействия между собой и с многоклеточными организмами и даже участвуют в контроле экспрессии собственных генов микроорганизмов. У бактерий существует также большое число генетических элементов и кодируемых ими молекулярных структур, имеющих общее происхождение с бактериофагами, «приспособленных» микробами для тех или иных собственных нужд: дефектные профаги, бактериоцины типов R и F, AFP-профаги (от англ. antifeeding prophage — профаги, препятствующие питанию), системы секреции VI типа (T6SS), сократимые системы, ассоциированные с метаморфозом (MAC), агенты переноса генов (GTA — gene tranfer agents) и другие. Бактериофаги, а также антивирусные (противофаговые) системы бактерий послужили источником большей части инструментария современной генетической инженерии и ряда других технологий.
Иерси́нии — род бактерий из семейства Yersiniaceae, грамотрицательные палочки несколько микрометров длиной и доли микрометра в диаметре, факультативные анаэробы.
Enterobacterales (лат.) — большой порядок бактерий, включающий в себя такие известные патогены как: сальмонеллы, кишечная палочка, чумная палочка и т. д. До 2016 года употреблялось название «Enterobacteriales», но этот таксон был описан с нарушением норм Международного кодекса номенклатуры прокариот в орфографии и у него отсутствовал типовой род, поэтому это название было заменено. При описании порядка изменили его классификацию, разделив семейство энтеробактерий (Enterobacteriaceae), единственное в порядке «Enterobacteriales», на 8 самостоятельных семейств.
Бордетеллы — род бактерий из семейства Alcaligenaceae.
Verrucomicrobia — тип бактерий, к которому относятся в основном некультивируемые формы. Как указывают метагеномные данные, в природе они распространены исключительно широко. Они составляют от 1 до 10 % почвенной микробиоты и потому имеют важное экологическое значение.
Chrysiogenes arsenatis (лат.) — вид облигатно анаэробных хемолитоавтотрофных бактерий монотипного рода Chrysiogenes. Это единственная бактерия, способная использовать арсенат как конечный акцептор электронов в ходе так называемого «арсенатного дыхания».
Thermomicrobia (лат.) — класс бактерий, включающий термофильные зелёные несерные бактерии. Раньше Thermomicrobia являлся отдельным типом, но в 2004 году таксон был понижен в ранге до класса и перенесён в тип Chloroflexi на основании генетического родства.
Aquificales (лат.) — порядок бактерий, включающий экстремально термофильные бактерии, способные размножаться при температурах до 95 °C, единственный порядок одноимённых типа и класса Aquificae. Включает три семейства и род, не отнесённый к какому-либо семейству:
- Aquificaceae Reysenbach 2002
- Desulfurobacteriaceae L'Haridon et al. 2006
- Hydrogenothermaceae Eder and Huber 2003
- Thermosulfidibacter Nunoura et al. 2008
Клебсиеллы — род условно-патогенных бактерий, относящихся к семейству энтеробактерий (Enterobacteriaceae). Назван в честь немецкого бактериолога и патологоанатома Эдвина Клебса . В феврале 2017 года ВОЗ причислила клебсиеллы к наиболее опасным бактериям в связи с их резистентностью к существующим антибактериальным препаратам.
Rhodospirillum (лат.) — род бактерий из семейства Rhodospirillaceae класса альфа-протобактерий.
Азоспири́ллы — род бактерий из семейства Rhodospirillaceae класса альфа-протеобактерий. Эти бактерии способствуют фиксации азота корнями растений, что отражено в префиксе azo-, что повышает способность корней удерживать воду и усиливает рост корневой системы в целом,
Фузобактерии — порядок бактерий в монотипных типе Fusobacteria и классе Fusobacteriia. Грамотрицательные анаэробные полиморфные микроорганизмы, часто имеют форму тонких длинных палочек с заострёнными концами размером 0,5—1 × 2—3 мкм, не имеющие жгутиков и не образующие спор и капсул.
Rhizobium (лат.) — род бактерий из семейства Rhizobiaceae класса альфа-протеобактерий, входящий в группу клубеньковых бактерий. Это грамотрицательные почвенные бактерии, способные к фиксации азота. Вступают в симбиотические отношения с представителями семейства бобовых, а также растениями рода Parasponia из семейства коноплёвых.
Bacteroidetes (лат.) — тип грамотрицательных неспорообразующих анаэробных палочковидных бактерий, широко распространённых в окружающей среде, включая почву, ил, морскую воду, а также желудочно-кишечный тракт и кожу животных.
Heliobacteriaceae (лат.) (гелиобактерии) — небольшое семейство бактерий, которые получают энергию через фотосинтез, используя реакционный центр, сходный с фотосистемой I. Морфологически представляют собой одноклеточные плейоморфные палочковидные или спиральные организмы. Могут передвигаться путём скольжения или с помощью жгутиков.
Aquificaceae (лат.) — семейство бактерий, живущих в экстремальных местообитаниях, таких как горячие источники, серные озёра, и гидротермальные источники. Хотя, в отличие от других экстремофилов, они не относятся к археям, а являются настоящими бактериями, семейство Aquificaceae всё же представляет собой очень древнюю филогенетическую ветвь.
Alcaligenaceae (лат.) — семейство грамотрицательных бактерий порядка Burkholderiales. Представители семейства распространены в воде, почве, в организмах животных и человека. Определённые виды, такие как Bordetella bronchiseptica, являются патогенными для человека и некоторых животных.
Yersiniaceae (лат.) — семейство грамотрицательных бактерий из порядка Enterobacterales класса Gammaproteobacteria, выделенное в 2016 году. В состав семейства включают некоторые известные патогены, например, типовым видом рода Yersinia является Yersinia pestis — возбудитель чумы.
LILRA2 — белок семейства иммуноглобулиноподобных рецепторов, входящих в суперсемейство иммуноглобулинов. Продукт гена человека LILRA2
Zobellviridae — семейство преимущественно морских бактериофагов с подовирусной морфологией.
