А́да (Ada) — язык программирования, созданный в 1979—1980 годах в ходе проекта Министерства обороны США с целью разработать единый язык программирования для встроенных систем. Имелись в виду прежде всего бортовые системы управления военными объектами. Перед разработчиками не стояло задачи создать универсальный язык, поэтому решения, принятые авторами Ады, нужно воспринимать в контексте особенностей выбранной предметной области. Язык назван в честь Ады Лавлейс.
Метод молекулярной динамики — метод, в котором временная эволюция системы взаимодействующих атомов или частиц отслеживается интегрированием их уравнений движения
Биоинформа́тика — междисциплинарная область, объединяющая общую биологию, молекулярную биологию, кибернетику, генетику, химию, компьютерные науки, математику и статистику. Крупномасштабные биологические проблемы, требующие анализа больших объёмов данных, решаются биоинформатикой с вычислительной точки зрения. Биоинформатика главным образом включает в себя изучение и разработку компьютерных методов и направлена на получение, анализ, хранение, организацию и визуализацию биологических данных.
Влади́мир Влади́мирович А́ристов — советский и российский поэт, прозаик, эссеист и учёный-математик.
MDGrape-3 — суперкомпьютер предназначенный для решения задач молекулярной динамики, а именно моделирования сворачивания белков. На момент ввода в работу обладал рекордной теоретической производительностью в 1000 триллионов операций в секунду.
Физический движок — компьютерная программа, которая производит компьютерное моделирование физических законов реального мира в виртуальном мире, с той или иной степенью аппроксимации. Чаще всего физические движки для физического моделирования используются не как отдельные самостоятельные программные продукты, а как составные компоненты (подпрограммы) других программ.
Европейская молекулярно-биологическая лаборатория — фундаментальный научно-исследовательский институт, который финансируется из средств, выделяемых двадцатью странами-участниками и страной-партнером Австралией. Лаборатория была основана в 1974 году. Научную деятельность в EMBL ведут около 85 независимых групп, которые покрывают все области молекулярной биологии. Лаборатория состоит из пяти отделений: главная лаборатория в Гейдельберге (Германия), филиалы в Гренобле (Франция), Гамбурге (Германия), Монтерондо и Европейский Институт Биоинформатики в Хинкстоне.
Newton Game Dynamics — физический движок реального времени, моделирующий реалистичное поведение твёрдых тел в компьютерных играх и других приложениях реального времени. «Newton» является свободным физическим движком, распространяемым под лицензией zlib.
Молекулярное моделирование (ММ) — собирательное название методов исследования структуры и свойств молекул вычислительными методами с последующей визуализацией результатов, обеспечивающие их трехмерное представления при заданных в расчете условиях.
Институт элементоорганических соединений Российской Академии наук им. А. Н. Несмеянова — основан в 1954 году. В структуре лаборатории элементоорганического, полимерного профиля и лаборатории физико-химических методов исследования.
Ascalaph Designer — программа молекулярного моделирования общего назначения. Она предоставляет графическое окружение для консольных программ квантовой и классической механики Firefly, CP2K и MDynaMix, имеет возможности для конструирования молекулярных моделей, конформационной оптимизации и молекулярной динамики. Firefly/PC GAMESS предоставляет широкий ряд квантовохимических методов.
Charm++ — параллельный объектно-ориентированный язык программирования на базе Си++, разработанный в Лаборатории Параллельного Программирования Иллинойсского университета. Charm++ спроектирован с целью повышения эффективности кодирования за счёт высокоуровневых абстракций, и в то же время увеличения производительности на широком разнообразии аппаратных платформ. Программы на языке Charm++ разбиваются на несколько взаимодействующих посредством сообщений объектов, которые называются чарами (chare). Когда программа вызывает метод объекта, система исполнения Charm++ посылает сообщение вызванному объекту, который может обрабатываться на локальном процессоре или на удалённом процессоре при параллельных вычислениях. Это сообщение вызывает исполнение метода внутри чара для асинхронной обработки сообщения.
Институт математических проблем биологии РАН — филиал Федерального государственного учреждения «Федеральный исследовательский центр Институт прикладной математики им. М. В. Келдыша Российской академии наук», так стало выглядеть официальное название института по итогам реорганизации 2015—2016 гг.
GROMACS пакет программ для моделирования физико-химических процессов в молекулярной динамике. Разработан командой Германа Берендсена, работающей в отделении биофизической химии университета Гронингена. В настоящее время развивается и поддерживается усилиями энтузиастов, в число которых входят представители университета Уппсалы и королевского технологического института. Пакет предназначен для моделирования биомолекул, имеющих много связанных взаимодействий между атомами. Обеспечивает высокую скорость расчётов для несвязанных взаимодействий. Считается одним из самых быстрых инструментов. Является свободным программным обеспечением с открытым исходным кодом. Исходный код доступен под лицензией GPL.
LAMMPS — свободный пакет для классической молекулярной динамики, написанный группой из Сандийских национальных лабораторий. Пакет может применяться для крупных расчётов. Для работы на многопроцессорных системах используется интерфейс MPI. Пакет распространяется по лицензии GPL и доступен в виде исходных кодов, а также в виде скомпилированных пакетов для Microsoft Windows.
Молекулярная динамика Ка́ра — Паррине́лло — метод расчёта ab initio квантово-механической молекулярной динамики, а также одноимённый программный пакет, позволяющий производить такие расчёты. В отличие от классической молекулярной динамики молекулярная динамика Кара — Парринелло позволяет включать в расчёт взаимодействия электронов в расчётах энергии, силы и движения.
Серге́й Арту́рович Недоспа́сов — советский и российский биолог, специалист в области молекулярной биологии и генетики, иммунологии и биотехнологии.
Dynamics — слово, которое присутствует в названии ряда компаний и их продуктов.
Берни Джулиан Алдер — американский физик, специалист по статистической механике, пионер метода молекулярной динамики. Сотрудник Ливерморской национальной лаборатории, член Национальной академии наук (1970). Удостоен Национальной научной медали (2009).
Александр Александрович Грановский — российсский квантовый химик, автор программного пакета для ab initio квантовохимических расчётов Firefly, ранее известного как PC GAMESS.
