
HTTP — протокол прикладного уровня передачи данных, изначально — в виде гипертекстовых документов в формате HTML, в настоящее время используется для передачи произвольных данных.
IMAP — протокол прикладного уровня для доступа к электронной почте.

X Window System — оконная система, обеспечивающая стандартные инструменты и протоколы для построения графического интерфейса пользователя. Используется в UNIX-подобных ОС.
SSL — криптографический протокол, который подразумевает более безопасную связь. Он использует асимметричную криптографию для аутентификации ключей обмена, симметричное шифрование для сохранения конфиденциальности, коды аутентификации сообщений для целостности сообщений. Протокол широко использовался для обмена мгновенными сообщениями и передачи голоса через IP в таких приложениях, как электронная почта, интернет-факс и др. В 2014 году правительство США сообщило об уязвимости в текущей версии протокола. SSL должен быть исключён из работы в пользу TLS.

XFree86 — реализация сервера X Window System, которая использовалась в операционных системах UNIX, Linux, и частично в Mac OS X. В настоящее время практически не используется — большинство открытых операционных систем приняло X.Org Server вместо XFree86, а большинство разработчиков XFree86 перешло к X.Org Server.

Subversion — свободная централизованная система управления версиями, официально выпущенная в 2004 году компанией CollabNet. С 2010 года Subversion является одним из проектов Apache Software Foundation и официально называется Apache Subversion.

PuTTY — свободно распространяемый клиент для различных протоколов удалённого доступа, включая SSH, Telnet, rlogin. Также имеется возможность работы через последовательный порт.

Zune — объектно-ориентированный графический интерфейс пользователя в операционной системе AROS. В процессе развития операционной системы перед разработчиками возникла проблема обеспечения возможности компиляции Open Source приложений, использующих графический интерфейс MUI, так как сам MUI являлся shareware-продуктом. Длительные переговоры об открытии исходных кодов с автором MUI не привели к положительному результату, поэтому было принято решение создавать интерфейс, полностью совместимый с MUI, «с нуля». Проект начинался как GPLed MUI-клон для X11 и постепенно переводился в полностью нативный код. Цель была достигнута в полном объёме к 2002 году и с этого момента Zune развивается уже самостоятельно. Автором Zune является итальянец Флавио Станчина.

freedesktop.org — инициативная группа по стандартизации различных графических сред пользователя для операционных систем POSIX. Хотя формально она не представляет стандартов, тем не менее большинство разработчиков опираются именно на рекомендации freedesktop. Группа определяет такие вещи, как формат ярлыков, взаимодействие с помощью перетаскивания и т. п.

Xlib — библиотека функций клиента системы X Window, написанная на языке Си.
Протокол RLOGIN — протокол прикладного уровня, часть стека TCP/IP. Позволяет пользователям UNIX подключаться к системам UNIX на других машинах и работать так же, как при прямом подключении терминала к машине. Этот протокол обеспечивает такой же сервис, как протокол TELNET.
Основной (корневой) протокол X Window System — формат взаимодействия системы X Window, сетевой оконной системы для растровых видеотерминалов. X Window основана на клиент-серверной модели, то есть один сервер управляет всем вводом-выводом, таким как экран(ы), клавиатура и «мышь», все приложения работают как клиенты, взаимодействуя с пользователем и другими клиентами через сервер. Это взаимодействие и обеспечивается корневым протоколом. Существуют также другие протоколы, которые являются как «надстройками» над корневым, так и совершенно независимыми.

The X Window System (X11) — реализация X11 от Apple для Mac OS.

VirtualGL — свободное программное обеспечение, перенаправляет команды 3D-рендеринга из Unix и Linux OpenGL приложений в аппаратный 3D-ускоритель на выделенный сервер и отображает выходные данные интерактивно с помощью тонкого клиента, расположенного в других местах в сети.

Дисплейный менеджер X Window System — программа, которая позволяет запуск сессии на XServer, локально или удалённо. Является частью X Window System.
Secure Remote Password Protocol (SRPP) — протокол парольной аутентификации, устойчивый к прослушиванию и MITM-атаке и не требующий третьей доверенной стороны. SRP содержит некоторые элементы из других протоколов обмена ключами и идентификации, при этом вносит небольшие усовершенствования и уточнения. Протокол сохраняет стойкость и эффективность протоколов класса Encrypted key exchange, при этом избавляясь от некоторых их недостатков.

XCB — библиотека языка программирования Си для X Window System. Является свободным программным обеспечением и предназначена для замены Xlib. Проект был основан в 2001 году Bart Massey.
MTProto — криптографический протокол, используемый в системе обмена сообщениями Telegram для шифрования переписки пользователей. Протокол был разработан Николаем Дуровым и другими программистами Telegram.
Lyra2 — криптографическая хеш-функция, которая может также использоваться, как функция формирования ключа. Lyra2 была создана Маркосом Симплисио младшим, Леонардо К. Алмейда, Эвертоном Р. Андраде, Паулу К. Ф. Сантушем и Паулу С. Л. М. Баррето из Политехнической школы Университета Сан-Паулу. Lyra2 является одним из широко используемых алгоритмов хеширования наряду с PBKDF2, bcrypt и scrypt. Тем не менее, до появления Lyra2 scrypt был единственным доступным решением, учитывающим затраты памяти и времени обработки. Lyra2 представил улучшения, такие как: разделение памяти и параметров обработки, что даёт дополнительную гибкость пользователям; использование одной базовой функции губки, а не двух, используемых в scrypt; более высокая устойчивость к атакам, использующим компромиссы между временем и памятью; и более высокая производительность, позволяющая увеличить использование памяти при аналогичном времени обработки.

Xephyr это дисплейный сервер реализующий дисплейный протокол X11 основанный на KDrive который использует окно на основном X сервере как его фрэймбуфер. Он был написан Мэтью Аллумом. Xephyr это реализация X сервера, работающего поверх другого запущенного X сервера. Так же он работает с Glamor. Будущие версии смогут использовать libinput. Замена Xephyr на xf86-video-dummy и xf86-video-nested drivers в обычном X.Org сервере планируется как часть X11R7.8.