SATB1

SATB гомеобокс 1
SATB гомеобокс 1
	PDB представлено на примере 1yse.
Доступные структуры
PDB	Поиск ортологов: PDBe, RCSB
	Список идентификаторов PDB 1YSE, 2L1P, 2O49, 2O4A, 3NZL, 3TUO
Идентификаторы
Символ	SATB1
Внешние ID	OMIM: 602075 MGI: 105084 HomoloGene: 2232 GeneCards: Ген SATB1
Функция	• chromatin binding; • double-stranded DNA binding; • sequence-specific DNA binding transcription factor activity; • protein binding; • sequence-specific DNA binding;
Компонент клетки	• nucleus; • nucleoplasm; • nuclear heterochromatin; • nuclear matrix; • PML body;
Биологический процесс	• negative regulation of transcription from RNA polymerase II promoter; • chromatin organization; • chromatin remodeling; • transcription, DNA-templated; • apoptotic process; • cellular component disassembly involved in execution phase of apoptosis; • epidermis development; • viral process; • histone methylation; • CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation; • CD8-positive, alpha-beta T cell differentiation; • activated T cell proliferation; • reflex;
	Источники: Amigo / QuickGO
Профиль экспрессии РНК
	Больше информации
Ортологи

ATB1 (специальный богатый АТ связывающий последовательности белок 1) — белок, кодируемый у человека геном SATB1^[1].

Функция

SATB1, глобальный организатор хроматина и фактор транскрипции, возник как ключевой фактор более высокого порядка интеграции архитектуры хроматина с генной регуляцией^[2]. Недавние исследования разгадали роль SATB1 в организации цикличности хроматина и его динамичный характер реакции на физиологические стимулы^[3]. На уровне генома, SATB1 по-видимому, играет важную роль в организации транскрипционно уравновешенного хроматина. SATB1 организует локус MHC class-I в различных петлях хроматина, связывая MAR ядерных матриц при фиксированных расстояниях. Сайленсинг SATB1 имитирует эффекты IFN-γ^[англ.] обработки на петле хроматина архитектуры локуса MHC class I^[англ.] и изменения экспрессии генов в локусе. SATB1, как также было выявлено, может вызвать рост опухоли рака молочной железы и метастазирования путём изменения экспрессии большого числа генов.

Взаимодействия

SATB1, как было выявлено, взаимодействует с HDAC1^[4], SMARCA5^[4], MTA2^[4], CHD4^[4], CUTL1^[5], POLR2J^[6] и BAZ1A^[4].

Примечания

↑ Entrez Gene: SATB1 SATB homeobox 1 (неопр.). Архивировано 5 декабря 2010 года.
↑ Pavan Kumar P., Purbey P.K., Sinha C.K., Notani D., Limaye A., Jayani R.S., Galande S. Phosphorylation of SATB1, a global gene regulator, acts as a molecular switch regulating its transcriptional activity in vivo (англ.) // Mol. Cell^[англ.] : journal. — 2006. — April (vol. 22, no. 2). — P. 231—243. — doi:10.1016/j.molcel.2006.03.010. — PMID 16630892.
↑ Galande S., Purbey P.K., Notani D., Kumar P.P. The third dimension of gene regulation: organization of dynamic chromatin loopscape by SATB1 (англ.) // Curr. Opin. Genet. Dev. : journal. — 2007. — October (vol. 17, no. 5). — P. 408—414. — doi:10.1016/j.gde.2007.08.003. — PMID 17913490.
↑ ¹ ² ³ ⁴ ⁵ Yasui, Dag; Miyano Masaru, Cai Shutao, Varga-Weisz Patrick, Kohwi-Shigematsu Terumi. SATB1 targets chromatin remodelling to regulate genes over long distances (англ.) // Nature : journal. — England, 2002. — October (vol. 419, no. 6907). — P. 641—645. — ISSN 0028-0836. — doi:10.1038/nature01084. — PMID 12374985.
↑ Liu, J; Barnett A; Neufeld E J; Dudley J P. Homeoproteins CDP and SATB1 Interact: Potential for Tissue-Specific Regulation (англ.) // Mol. Cell. Biol. : journal. — UNITED STATES, 1999. — July (vol. 19, no. 7). — P. 4918—4926. — ISSN 0270-7306. — PMID 10373541. — PMC 84297.
↑ Durrin, Linda K; Krontiris Theodore G. The thymocyte-specific MAR binding protein, SATB1, interacts in vitro with a novel variant of DNA-directed RNA polymerase II, subunit 11 (англ.) // Genomics : journal. — United States: Academic Press, 2002. — June (vol. 79, no. 6). — P. 809—817. — ISSN 0888-7543. — doi:10.1006/geno.2002.6772. — PMID 12036295.

Литература

Dickinson L.A., Joh T., Kohwi Y., Kohwi-Shigematsu T. A tissue-specific MAR/SAR DNA-binding protein with unusual binding site recognition (англ.) // Cell : journal. — Cell Press, 1992. — Vol. 70, no. 4. — P. 631—645. — doi:10.1016/0092-8674(92)90432-C. — PMID 1505028.
Robertson N.G., Khetarpal U., Gutiérrez-Espeleta G.A., et al. Isolation of novel and known genes from a human fetal cochlear cDNA library using subtractive hybridization and differential screening (англ.) // Genomics : journal. — Academic Press, 1995. — Vol. 23, no. 1. — P. 42—50. — doi:10.1006/geno.1994.1457. — PMID 7829101.
Nakagomi K., Kohwi Y., Dickinson L.A., Kohwi-Shigematsu T. A novel DNA-binding motif in the nuclear matrix attachment DNA-binding protein SATB1 (англ.) // Mol. Cell. Biol. : journal. — 1994. — Vol. 14, no. 3. — P. 1852—1860. — PMID 8114718. — PMC 358543.
Xu L., Deng H.X., Xia J.H., et al. Assignment of SATB1 to human chromosome band 3p23 by in situ hybridization (англ.) // Cytogenet. Cell Genet.^[англ.] : journal. — 1997. — Vol. 77, no. 3—4. — P. 205—206. — doi:10.1159/000134577. — PMID 9284917.
Reddy P.H., Stockburger E., Gillevet P., Tagle D.A. Mapping and characterization of novel (CAG)n repeat cDNAs from adult human brain derived by the oligo capture method (англ.) // Genomics : journal. — Academic Press, 1998. — Vol. 46, no. 2. — P. 174—182. — doi:10.1006/geno.1997.5044. — PMID 9417904.
Escalier D., Allenet B., Badrichani A., Garchon H.J. High level expression of the Xlr nuclear protein in immature thymocytes and colocalization with the matrix-associated region-binding SATB1 protein (англ.) // J. Immunol.^[англ.] : journal. — 1999. — Vol. 162, no. 1. — P. 292—298. — PMID 9886398.
Liu J., Barnett A., Neufeld E.J., Dudley J.P. Homeoproteins CDP and SATB1 Interact: Potential for Tissue-Specific Regulation (англ.) // Mol. Cell. Biol. : journal. — 1999. — Vol. 19, no. 7. — P. 4918—4926. — PMID 10373541. — PMC 84297.
Galande S., Dickinson L.A., Mian I.S., et al. SATB1 Cleavage by Caspase 6 Disrupts PDZ Domain-Mediated Dimerization, Causing Detachment from Chromatin Early in T-Cell Apoptosis (англ.) // Mol. Cell. Biol. : journal. — 2001. — Vol. 21, no. 16. — P. 5591—5604. — doi:10.1128/MCB.21.16.5591-5604.2001. — PMID 11463840. — PMC 87280.
Kieffer L.J., Greally J.M., Landres I., et al. Identification of a candidate regulatory region in the human CD8 gene complex by colocalization of DNase I hypersensitive sites and matrix attachment regions which bind SATB1 and GATA-3 (англ.) // J. Immunol.^[англ.] : journal. — 2002. — Vol. 168, no. 8. — P. 3915—3922. — doi:10.4049/jimmunol.168.8.3915. — PMID 11937547.
Durrin L.K., Krontiris T.G. The thymocyte-specific MAR binding protein, SATB1, interacts in vitro with a novel variant of DNA-directed RNA polymerase II, subunit 11 (англ.) // Genomics : journal. — Academic Press, 2002. — Vol. 79, no. 6. — P. 809—817. — doi:10.1006/geno.2002.6772. — PMID 12036295.
Yasui D., Miyano M., Cai S., et al. SATB1 targets chromatin remodelling to regulate genes over long distances (англ.) // Nature. — 2002. — Vol. 419, no. 6907. — P. 641—645. — doi:10.1038/nature01084. — PMID 12374985.
Strausberg R.L., Feingold E.A., Grouse L.H., et al. Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences (англ.) // Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America : journal. — 2003. — Vol. 99, no. 26. — P. 16899—16903. — doi:10.1073/pnas.242603899. — PMID 12477932. — PMC 139241.
Cai S., Han H.J., Kohwi-Shigematsu T. Tissue-specific nuclear architecture and gene expression regulated by SATB1 (англ.) // Nat. Genet. : journal. — 2003. — Vol. 34, no. 1. — P. 42—51. — doi:10.1038/ng1146. — PMID 12692553.
Fujii Y., Kumatori A., Nakamura M. SATB1 makes a complex with p300 and represses gp91(phox) promoter activity (англ.) // Microbiol. Immunol. : journal. — 2004. — Vol. 47, no. 10. — P. 803—811. — doi:10.1111/j.1348-0421.2003.tb03438.x. — PMID 14605447.
Gerhard D.S., Wagner L., Feingold E.A., et al. The Status, Quality, and Expansion of the NIH Full-Length cDNA Project: The Mammalian Gene Collection (MGC) (англ.) // Genome Res. : journal. — 2004. — Vol. 14, no. 10B. — P. 2121—2127. — doi:10.1101/gr.2596504. — PMID 15489334. — PMC 528928.
Gocke C.B., Yu H., Kang J. Systematic identification and analysis of mammalian small ubiquitin-like modifier substrates (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — 2005. — Vol. 280, no. 6. — P. 5004—5012. — doi:10.1074/jbc.M411718200. — PMID 15561718.
Wen J., Huang S., Rogers H., et al. SATB1 family protein expressed during early erythroid differentiation modifies globin gene expression (англ.) // Blood^[англ.] : journal. — American Society of Hematology^[англ.], 2005. — Vol. 105, no. 8. — P. 3330—3339. — doi:10.1182/blood-2004-08-2988. — PMID 15618465.
Seo J., Lozano M.M., Dudley J.P. Nuclear matrix binding regulates SATB1-mediated transcriptional repression (англ.) // J. Biol. Chem. : journal. — 2005. — Vol. 280, no. 26. — P. 24600—24609. — doi:10.1074/jbc.M414076200. — PMID 15851481.
Nakayama Y., Mian I.S., Kohwi-Shigematsu T., Ogawa T. A nuclear targeting determinant for SATB1, a genome organizer in the T cell lineage (англ.) // Cell Cycle^[англ.] : journal. — 2006. — Vol. 4, no. 8. — P. 1099—1106. — PMID 15970696.
Rual J.F., Venkatesan K., Hao T., et al. Towards a proteome-scale map of the human protein-protein interaction network (англ.) // Nature : journal. — 2005. — Vol. 437, no. 7062. — P. 1173—1178. — doi:10.1038/nature04209. — PMID 16189514.

[entrez-1] Entrez Gene: SATB1 SATB homeobox 1 (неопр.). Архивировано 5 декабря 2010 года.

[pmid16630892-2] Pavan Kumar P., Purbey P.K., Sinha C.K., Notani D., Limaye A., Jayani R.S., Galande S. Phosphorylation of SATB1, a global gene regulator, acts as a molecular switch regulating its transcriptional activity in vivo (англ.) // Mol. Cell^[англ.] : journal. — 2006. — April (vol. 22, no. 2). — P. 231—243. — doi:10.1016/j.molcel.2006.03.010. — PMID 16630892.

[pmid17913490-3] Galande S., Purbey P.K., Notani D., Kumar P.P. The third dimension of gene regulation: organization of dynamic chromatin loopscape by SATB1 (англ.) // Curr. Opin. Genet. Dev. : journal. — 2007. — October (vol. 17, no. 5). — P. 408—414. — doi:10.1016/j.gde.2007.08.003. — PMID 17913490.

[pmid12374985-4] ¹ ² ³ ⁴ ⁵ Yasui, Dag; Miyano Masaru, Cai Shutao, Varga-Weisz Patrick, Kohwi-Shigematsu Terumi. SATB1 targets chromatin remodelling to regulate genes over long distances (англ.) // Nature : journal. — England, 2002. — October (vol. 419, no. 6907). — P. 641—645. — ISSN 0028-0836. — doi:10.1038/nature01084. — PMID 12374985.

[pmid10373541-5] Liu, J; Barnett A; Neufeld E J; Dudley J P. Homeoproteins CDP and SATB1 Interact: Potential for Tissue-Specific Regulation (англ.) // Mol. Cell. Biol. : journal. — UNITED STATES, 1999. — July (vol. 19, no. 7). — P. 4918—4926. — ISSN 0270-7306. — PMID 10373541. — PMC 84297.

[pmid12036295-6] Durrin, Linda K; Krontiris Theodore G. The thymocyte-specific MAR binding protein, SATB1, interacts in vitro with a novel variant of DNA-directed RNA polymerase II, subunit 11 (англ.) // Genomics : journal. — United States: Academic Press, 2002. — June (vol. 79, no. 6). — P. 809—817. — ISSN 0888-7543. — doi:10.1006/geno.2002.6772. — PMID 12036295.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

SATB1

Содержание

Функция

Взаимодействия

Примечания

Литература

Похожие исследовательские статьи