Выра́внивание после́довательностей — биоинформатический метод, основанный на размещении двух или более последовательностей мономеров ДНК, РНК или белков друг под другом таким образом, чтобы легко увидеть сходные участки в этих последовательностях. Сходство первичных структур двух молекул может отражать их функциональные, структурные или эволюционные взаимосвязи. Выровненные последовательности оснований нуклеотидов или аминокислот обычно представляются в виде строк матрицы. Добавляются разрывы между основаниями таким образом, чтобы одинаковые или похожие элементы были расположены в следующих друг за другом столбцах матрицы.
Ви́русные белки́ — белки, входящие в состав вирусной частицы или выполняющие иную, неструктурную функцию в вирусе. Структурные белки формируют вирусную оболочку и капсид. Кроме того, существуют вирусные неструктурные белки и вирусные регуляторные и дополнительные белки.
Простра́нственное выра́внивание — способ установления гомологии между двумя или более полимерными структурами на основании их трёхмерной структуры. Этот процесс обычно применяется к третичной структуре белков, но может также использоваться и для больших молекул РНК. В противоположность простому наложению структур, когда известно по крайней мере несколько эквивалентных аминокислотных остатков, пространственное выравнивание не требует никаких предварительных данных, кроме координат атомов.
UniProt — открытая база данных последовательностей белков. Консорциум UniProt действует с 2003 года. Единая база данных UniProt была создана путём объединения нескольких баз. UniProt состоит из четырёх крупных баз данных и охватывает различные аспекты анализа белковых последовательностей. Многие из последовательностей стали известны в результате реализации проектов секвенирования геномов последних лет. Кроме того, база данных UniProt содержит большое количество информации о биологических функциях белков, полученной из научной литературы.
Белок-белковые взаимодействия (ББВ) — обладающие высокой специфичностью физические контакты между двумя и более белками. Эти контакты образуются в результате биохимических событий с помощью электростатических взаимодействий, в том числе гидрофобного эффекта.
Связанный со сперматогенезом белок 7 — белок, что у человека кодируется геном SPATA7.
В этом списке собрано программное обеспечение и интернет ресурсы, предназначенные для визуализации филогенетических деревьев.
Суперсемейство белков — это наиболее крупная единица группировки белков, для которых может быть предположено наличие общего эволюционного предка. Обычно суперсемейство объединяется по принципу сходства вторичных и третичных структур белков, входящих в него и по принципу сходства механизма действия белков, несмотря на то, что сходства аминокислотных последовательностей в пределах суперсемейства может не наблюдаться и чаще всего не наблюдается. Суперсемейства обычно содержат несколько семейств белков, которые проявляют сходство аминокислотных последовательностей внутри семейств, но не между семействами. Термин «клан белков» часто применяется по отношению к суперсемействам протеаз, на основании классификации MEROPS.
Семейство белков — это группа эволюционно связанных белков, обладающих гомологичной аминокислотной последовательностью. Этот термин почти синонимичен термину «семейство генов», поскольку, если белки имеют гомологичные аминокислотные последовательности, то и кодирующие их гены также должны проявлять значительную степень гомологии в нуклеотидных последовательностях ДНК. Этот термин не следует путать с термином «семейство» в таксономии видов живых организмов.
Хеликаза малого ядерного рибонуклеопротеина 200 кДа (U5) — фермент, который в организме человека кодируется геном SNRNP200.
Субъединица RPB9 ДНК-зависимой РНК-полимеразы II — фермент, кодируемый у человека геном POLR2I.
Хостфактор клеток 1 , также известный как VP16-вспомогательный белок — белок, который у человека кодируется геном HCFC1 .
Предполагаемая АТФ-зависимая РНК-геликаза DDX5, известная также как белок бокса DEAD 5 или РНК геликаза p68 — фермент, кодируемый у человека геном DDX5.
С-конец связывающий белок 1, известный также как CtBP1 — белок, кодируемый у человека геном CTBP1.
ДНК (цитозин-5)-метилтрансфераза 3-подобный фермент англ. DNA (cytosine-5)-methyltransferase 3-like, DNMT3L — фермент, кодируемый у человека геном DNMT3L.
STRING — база данных и веб-ресурс для поиска информации об известных и предсказанных белок-белковых взаимодействиях.
Белок эксцизионной репарации ДНК ERCC-6 — белок, кодируемый у человека геном ERCC6 . Ген ERCC6 расположен на длинном плече хромосомы 10 в позиции 11.23.
Hsp17-термометр — это цис-регуляторный элемент (РНК-термометр), обнаруженный в 5'-нетранслируемых областях (5'-UTR) информационной РНК белка Hsp17. Hsp17 — это цианобактериальный белок теплового шока из семейства белков Hsp20.
Субъединица 3 комплекса конденсина, также известный как субъединица конденсина CAP-G (CAP-G) — белок, который у человека кодируется геном NCAPG. CAP-G — это субъединица конденсина II, большого белкового комплекса, который участвует в конденсации хромосом.
Предсказа́ние фу́нкции белка́ — определение биологической роли белка и значения в контексте клетки. Предсказание функций проводится для плохо изученных белков или для гипотетических белков, предсказанных на основе данных геномных последовательностей. Источником информации для предсказания могут служить гомология нуклеотидных последовательностей, профили экспрессии генов, доменная структура белков, интеллектуальный анализ текстов публикаций, филогенетические и фенотипические профили, белок-белковые взаимодействия.